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04nylxb木虫 (正式写手)
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[求助]
请问MS-linux-cluster安装之后无法并行的问题？
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我是让MS用rsh进行的，cluster上已经成功配置好rsh的免认证登陆了，我在运行的时候，总是提示，然后很快就failed bash: /opt/hpmpi/bin/mpid: No such file or directory bash: /opt/hpmpi/bin/mpid: No such file or directory 求指点安装完之后，是否还需要对hpmpi作一些配置？ （rsh配置好的，是免认证登录的，rsh nodexx 不需要任何密码就切换了） 求高人指点……不胜感激。 我将gw-info.sbd和gwparams.cfg的cpucorestotal都改成总数了，64。并修改了mpi运行参数，支持ib。 选择4个进程（单节点）运行时，出现这样的错误：求指点，貌似是mpi出问题了 Current trace stack: model_write_occ_eigenvalues model_write_all model_write geom_BFGS geometry_optimise castep Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting... Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting... Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting... MPI_CPU_AFFINITY set to RANK, setting affinity of rank 2 pid 23177 on host master to cpu 2 MPI_CPU_AFFINITY set to RANK, setting affinity of rank 3 pid 23178 on host master to cpu 3 MPI_CPU_AFFINITY set to RANK, setting affinity of rank 1 pid 23176 on host master to cpu 1 MPI_CPU_AFFINITY set to RANK, setting affinity of rank 0 pid 23175 on host master to cpu 0 MPI Application rank 0 exited before MPI_Finalize() with status 1 ———————————————————————————————————————— （分割线下是旧问题，呵呵） att，ms并行机安装，安装过程提示 should hpmpi use ssh? [Y/n] 我十六个节点，配置的是rsh的免认证登陆，ssh没有配置，如果我上面选择no 的话，是否后面进行并行计算的时候就是以rsh的方式进行了呢？ 求高人指点，呵呵。 另，linux下如何卸载ms？因为我之前用msi账户安装的时候选择了ssh，结果忘了并行机上配置的是rsh，如果配置ssh的话，比较麻烦。 我将主节点整个home目录都做成了nfs共享到各个计算节点了，这样在主节点master上 生成一个key的时候，就被共享到其它节点了 （$ ssh-keygen -t rsa，默认生成~./ssh id_rsa id_rsa.pub）。在其它节点进行同样操作的时候，当生成密钥的时候，也是放在home下面的，这时候因为主节点共享了home，就会提示已经有key存在了，需要覆盖，晕。然后我就不知道该如何解决了。 请指点。 [ Last edited by 04nylxb on 2011-6-22 at 08:31 ] |
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lbambool
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2楼2011-06-22 20:04:20
lbambool
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【答案】应助回帖
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04nylxb(金币+3): 收到，多谢啊。呵呵。我一个一个节点验证，发现有几个节点不行 2011-06-23 13:00:32
zzy870720z(金币+2): 谢谢指教 2011-06-23 14:17:53
04nylxb(金币+3): 收到，多谢啊。呵呵。我一个一个节点验证，发现有几个节点不行 2011-06-23 13:00:32
zzy870720z(金币+2): 谢谢指教 2011-06-23 14:17:53
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你用InfiniBand？这技术我没有接触过，如果dmol3可以使用，但castep不可用的话，先检查一下是否是lic的问题，如果不是的话硬件配置问题可能性较大了，下面是网上查到的一些信息，希望对你有用。你可以让你的管理员看一下这段文字，看能否处理一下。 What is warning:regcache incompatible with malloc ? Myrinet MX uses registration cache (see the "Acronyms in high performance interconnect world" table above) to achieve higher performance. When registration cache feature is enabled, Myrinet MX will manage all memory allocations by itself, i.e. it has its own implemetation of malloc, free, realloc, mremap, munmap, sbrk, etc (see mx__regcache.c in libmyriexpress package) The warning message in question pops up when mx__regcache_works returns 0. For Linux, this means when calling a pair of malloc/free, the variable mx__hook_triggered is not triggerred. Registration cache checks can be disabled by setting the environmental variable MX_RCACHE to 2. Registration cache can sometimes cause weird errors. It can be disabled by setting the environmental variable MX_RCACHE to 0. |
5楼2011-06-23 09:04:09