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shuifeng1988金虫 (小有名气)
木虫
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[求助]
perl脚本求助，我想将一万多个文件从fasta格序，改为phylip4格式
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| 求助，如何利用bioperl批量修改序列格式!我在iny文件夹中有一万多个.fasta文件，我想将它们修改序列格式为phylip4，并存在out文件夹中！我电脑上已经装好bioperl，请问怎么写脚本？？ |
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shuifeng1988
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jjdg:编辑内容 2011-10-12 04:45
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jjdg(金币+2): 感谢分享 2011-10-12 04:46:43
shuifeng1988: 回帖置顶 2011-12-27 16:51:38
jjdg:编辑内容 2011-10-12 04:45
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shuifeng1988: 回帖置顶 2011-12-27 16:51:38
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#/usr/bin/perl use Bio::AlignIO; my @name = glob("*.fasta" ); foreach $name (@name) { $in = Bio::AlignIO -> new(-file => "$name", '-format' => 'fasta'); $out = Bio::AlignIO -> new(-file => ">..\\sequence03\\$name", '-format' => 'phylip'); while (my $aln = $in -> next_aln()) {$out ->write_aln($aln); } } [ Last edited by jjdg on 2011-10-12 at 04:45 ] |
5楼2011-10-11 21:34:12
【答案】应助回帖
★ ★
jjdg(金币+2): 感谢应助 2011-06-20 11:55:32
shuifeng1988(金币+5): 2011-10-12 13:30:19
jjdg(金币+2): 感谢应助 2011-06-20 11:55:32
shuifeng1988(金币+5): 2011-10-12 13:30:19
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话说，我粗略的看了下上述两种格式，简单的脚本就能解决，用不着什么bioperl的大炮吧， google 大神给出的两个貌似能解决问题的链接： python 版本 http://miss.ieph.net/archives/970 awk 版本 http://www.unix.com/shell-progra ... -phylip-format.html |
2楼2011-06-19 22:45:55
【答案】应助回帖
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微尘、梦想(金币+2): 谢谢参与应助！ 2011-06-20 19:38:40
shuifeng1988(金币+5): 2011-10-12 13:30:27
微尘、梦想(金币+2): 谢谢参与应助！ 2011-06-20 19:38:40
shuifeng1988(金币+5): 2011-10-12 13:30:27
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google大神还提供了这个：http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/reformat 看起来是cgi写的，就当perl脚本咯~ |
3楼2011-06-20 12:01:36
shuifeng1988
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jjdg:编辑内容 2011-10-12 04:46
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#/usr/bin/perl use Bio::AlignIO; my @name = glob("*.fasta" ); foreach $name (@name) { $in = Bio::AlignIO -> new(-file => "$name", '-format' => 'fasta'); $out = Bio::AlignIO -> new(-file => ">..\\sequence03\\$name", '-format' => 'phylip'); while (my $aln = $in -> next_aln()) {$out ->write_aln($aln); } } [ Last edited by jjdg on 2011-10-12 at 04:46 ] |
4楼2011-10-11 21:33:56
