| 查看: 2288 | 回复: 8 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
shuifeng1988金虫 (小有名气)
木虫
|
[求助]
perl脚本求助，我想将一万多个文件从fasta格序，改为phylip4格式
|
||
| 求助，如何利用bioperl批量修改序列格式!我在iny文件夹中有一万多个.fasta文件，我想将它们修改序列格式为phylip4，并存在out文件夹中！我电脑上已经装好bioperl，请问怎么写脚本？？ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 perl语言专栏 |
» 猜你喜欢
求材料调剂
已经有8人回复
-
294求调剂材料与化工专硕
已经有5人回复
-
一志愿华中科技大学，080502，354分求调剂
已经有4人回复
-
一志愿吉林大学材料学硕321求调剂
已经有6人回复
-
085410人工智能专硕317求调剂（0854都可以）
已经有3人回复
-
330求调剂
已经有3人回复
-
一志愿中海洋材料工程专硕330分求调剂
已经有5人回复
-
304求调剂
已经有5人回复
-
311求调剂
已经有4人回复
-
354求调剂
已经有7人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求助有机牛人，有什么办法可以强有力的促进还原消除啊~~
已经有13人回复
- 求助：筛菌中有关试剂和培养基的问题
已经有1人回复
- 同个任务同样的节点数VASP4.6能算，而VASP5.2不能
已经有9人回复
- rtl格式的文件怎么打开？
已经有3人回复
- 参考文献格式求助
已经有6人回复
- 【分享】处理DOSCAR文件的脚本和程序
已经有19人回复
- 【求助】namd、vmd推荐个学习修改和编写脚本网站和地方吧
已经有3人回复
- 【求助】用vasp4.6计算GaAs的能带结构
已经有18人回复
shuifeng1988
金虫 (小有名气)
木虫
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 999
- 红花: 1
- 帖子: 60
- 在线: 42.5小时
- 虫号: 1076748
- 注册: 2010-08-18
- 性别: GG
- 专业: 基因组学
jjdg:编辑内容 2011-10-12 04:46
|
#/usr/bin/perl use Bio::AlignIO; my @name = glob("*.fasta" ); foreach $name (@name) { $in = Bio::AlignIO -> new(-file => "$name", '-format' => 'fasta'); $out = Bio::AlignIO -> new(-file => ">..\\sequence03\\$name", '-format' => 'phylip'); while (my $aln = $in -> next_aln()) {$out ->write_aln($aln); } } [ Last edited by jjdg on 2011-10-12 at 04:46 ] |
4楼2011-10-11 21:33:56
【答案】应助回帖
★ ★
jjdg(金币+2): 感谢应助 2011-06-20 11:55:32
shuifeng1988(金币+5): 2011-10-12 13:30:19
jjdg(金币+2): 感谢应助 2011-06-20 11:55:32
shuifeng1988(金币+5): 2011-10-12 13:30:19
|
话说，我粗略的看了下上述两种格式，简单的脚本就能解决，用不着什么bioperl的大炮吧， google 大神给出的两个貌似能解决问题的链接： python 版本 http://miss.ieph.net/archives/970 awk 版本 http://www.unix.com/shell-progra ... -phylip-format.html |
2楼2011-06-19 22:45:55
【答案】应助回帖
★ ★
微尘、梦想(金币+2): 谢谢参与应助！ 2011-06-20 19:38:40
shuifeng1988(金币+5): 2011-10-12 13:30:27
微尘、梦想(金币+2): 谢谢参与应助！ 2011-06-20 19:38:40
shuifeng1988(金币+5): 2011-10-12 13:30:27
|
google大神还提供了这个：http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/reformat 看起来是cgi写的，就当perl脚本咯~ |
3楼2011-06-20 12:01:36
shuifeng1988
金虫 (小有名气)
木虫
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 999
- 红花: 1
- 帖子: 60
- 在线: 42.5小时
- 虫号: 1076748
- 注册: 2010-08-18
- 性别: GG
- 专业: 基因组学
★ ★
jjdg:编辑内容 2011-10-12 04:45
jjdg:编辑内容 2011-10-12 04:45
jjdg(金币+2): 感谢分享 2011-10-12 04:46:43
shuifeng1988: 回帖置顶 2011-12-27 16:51:38
jjdg:编辑内容 2011-10-12 04:45
jjdg:编辑内容 2011-10-12 04:45
jjdg(金币+2): 感谢分享 2011-10-12 04:46:43
shuifeng1988: 回帖置顶 2011-12-27 16:51:38
|
#/usr/bin/perl use Bio::AlignIO; my @name = glob("*.fasta" ); foreach $name (@name) { $in = Bio::AlignIO -> new(-file => "$name", '-format' => 'fasta'); $out = Bio::AlignIO -> new(-file => ">..\\sequence03\\$name", '-format' => 'phylip'); while (my $aln = $in -> next_aln()) {$out ->write_aln($aln); } } [ Last edited by jjdg on 2011-10-12 at 04:45 ] |
5楼2011-10-11 21:34:12
