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1楼 2011-06-10 13:02:55

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recoli

金虫 (正式写手)

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楼上达人

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3楼2011-06-11 01:48:37

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ChemiAndy

木虫 (正式写手)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
zhou2009(金币+5): 好！ 2011-06-11 08:40:25
liuyusuc(金币+2): 2011-06-12 14:04:33

引用回帖:

Originally posted by liuyusuc at 2011-06-10 13:02:55:
想请教大家一下，如何运用势能面扫描获得范德华相互作用参数，还是用其他的什么办法可以获得？

扫描势能面，然后用范德华作用能表达式拟合这个势能面，即不断改变势阱参数和半径参数，直到两势能面差距的平方和最小，即可得到最佳范德华作用参数。不过前提是你需要先得到电荷参数，因为静电作用对势能面有很大贡献呢，要大于范德华作用。

遗憾的是，这样得到的参数，并不能用于分子模拟。因为你的势能面一般是在气相中优化得到的，缺少多体效应。在凝聚态中，由于诱导，极化等效应，体现为介电常数不同，故而其势能面与在气相中有很大差别。电荷也不同，自然范德华参数也就难以精确获取。

那么我们用的范德华参数从哪里来的呢？是Jorgensen他老人家用以下方法得到的：
选定初始参数，做分子模拟，然后看模拟结果和实验值的差别，然后调整参数，继续模拟，直到达到收敛标准。说起来简单，其实很难。参数很多，实验值有限，这是一个约束数量少于未知数的线性方程组，是一个多解问题。所以要加上很多经验修正。特别是需要先固定一些参数，如C, H的电荷和范德华参数。并根据化学性质区分不同的原子类型，然后给不同的原子类型以不同的参数。

所以，不存在单独的“范德华相互作用参数”，因为它是分子力学力场的一个部分。要做一个力场，你就必须先确定分子力学模型：要不要极化，要不要氢键；然后选定势函数模型：键参数咋搞，非键咋搞；然后确定原子类型划分标准，然后确定参数化流程和实验值拟合收敛标准（e.g. <5%），然后开始搞。。。

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2楼2011-06-11 01:22:00

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