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liuyusuc

禁虫 (正式写手)

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recoli

金虫 (正式写手)

3楼2011-06-11 01:48:37
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
zhou2009(金币+5): 好! 2011-06-11 08:40:25
liuyusuc(金币+2): 2011-06-12 14:04:33
引用回帖:
Originally posted by liuyusuc at 2011-06-10 13:02:55:
想请教大家一下,如何运用势能面扫描获得范德华相互作用参数,还是用其他的什么办法可以获得?

扫描势能面,然后用范德华作用能表达式拟合这个势能面,即不断改变势阱参数和半径参数,直到两势能面差距的平方和最小,即可得到最佳范德华作用参数。不过前提是你需要先得到电荷参数,因为静电作用对势能面有很大贡献呢,要大于范德华作用。

遗憾的是,这样得到的参数,并不能用于分子模拟。因为你的势能面一般是在气相中优化得到的,缺少多体效应。在凝聚态中,由于诱导,极化等效应,体现为介电常数不同,故而其势能面与在气相中有很大差别。电荷也不同,自然范德华参数也就难以精确获取。

那么我们用的范德华参数从哪里来的呢?是Jorgensen他老人家用以下方法得到的:
选定初始参数,做分子模拟,然后看模拟结果和实验值的差别,然后调整参数,继续模拟,直到达到收敛标准。说起来简单,其实很难。参数很多,实验值有限,这是一个约束数量少于未知数的线性方程组,是一个多解问题。所以要加上很多经验修正。特别是需要先固定一些参数,如C, H的电荷和范德华参数。并根据化学性质区分不同的原子类型,然后给不同的原子类型以不同的参数。

所以,不存在单独的“范德华相互作用参数”,因为它是分子力学力场的一个部分。要做一个力场,你就必须先确定分子力学模型:要不要极化,要不要氢键;然后选定势函数模型:键参数咋搞,非键咋搞;然后确定原子类型划分标准,然后确定参数化流程和实验值拟合收敛标准(e.g. <5%),然后开始搞。。。
2楼2011-06-11 01:22:00
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