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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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n_xiwang

木虫 (正式写手)


[交流] 客体溶剂分子无序会不会影响计算的空腔体积

客体溶剂分子无序的话会不会影响计算的空腔体积大小,另外同构的数据(仅溶剂不同,单胞差不多,主体框架一致)的空腔体积会不会差很多?求高人指点...
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hjh509

铁杆木虫 (职业作家)


n_xiwang(金币+1): 谢谢回贴! 2011-06-11 08:33:23
你自己可以进行尝试计算就知道了呀!。实践出真知
2楼2011-06-09 16:34:08
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依秀春

木虫 (小有名气)



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n_xiwang(金币+1): 谢谢回贴! 2011-06-11 08:33:37
用platon计算一下就可以了。溶剂应该不影响孔隙率的。
3楼2011-06-10 08:44:02
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orpheus

铜虫 (正式写手)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
n_xiwang(金币+1): 谢谢回贴! 2011-06-11 08:34:30
楼上正解,最多也就小数点后面有点不同
4楼2011-06-10 10:01:13
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n_xiwang

木虫 (正式写手)


我做了一个晶体结构与之前导报过的同构,用PLATON计算,两个数据的空腔体积差很多,所以才有这个问题,会不会是我的游离的溶剂无序造成的空腔体积变小?
5楼2011-06-11 08:37:39
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lianxiaomi

木虫 (小有名气)



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引用回帖:
Originally posted by n_xiwang at 2011-06-11 08:37:39:
我做了一个晶体结构与之前导报过的同构,用PLATON计算,两个数据的空腔体积差很多,所以才有这个问题,会不会是我的游离的溶剂无序造成的空腔体积变小?

你所谓的“差很多?”是多少啊?差个1%-2%是很正常的
6楼2011-06-13 08:37:29
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n_xiwang

木虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by lianxiaomi at 2011-06-13 08:37:29:
你所谓的“差很多?”是多少啊?差个1%-2%是很正常的

空腔体积报导的为30%,我做的才2%,同构...会不会是溶剂无序处理时没有考虑啊?(单胞参数基本一致,差值在正负1之间)
7楼2011-06-13 14:31:08
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orpheus

铜虫 (正式写手)



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n_xiwang(金币+2): 谢谢了,去掉溶剂试了,现在好了,谢谢!嘿嘿~ 2011-06-15 19:04:46
引用回帖:
Originally posted by n_xiwang at 2011-06-13 14:31:08:
空腔体积报导的为30%,我做的才2%,同构...会不会是溶剂无序处理时没有考虑啊?(单胞参数基本一致,差值在正负1之间)

算孔洞率的时候是要去掉其中的guset的溶剂分子的呀.

你带溶剂算肯定不一样啦:但是很明显错了
8楼2011-06-13 15:20:47
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lianxiaomi

木虫 (小有名气)



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n_xiwang(金币+2): 我的确是带溶剂算的...汗...刚查了一下,现在好了,谢谢! 2011-06-15 19:04:17
引用回帖:
Originally posted by n_xiwang at 2011-06-13 14:31:08:
空腔体积报导的为30%,我做的才2%,同构...会不会是溶剂无序处理时没有考虑啊?(单胞参数基本一致,差值在正负1之间)

你是带溶剂算的啊??
报道出来的肯定是去掉溶剂的啊,这样就无法对比了!你重新处理一下,应该就没问题了。
9楼2011-06-13 16:52:57
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orpheus

铜虫 (正式写手)



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楼上的MM也是做PCP的?
10楼2011-06-14 09:09:21
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lianxiaomi

木虫 (小有名气)



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引用回帖:
Originally posted by orpheus at 2011-06-14 09:09:21:
楼上的MM也是做PCP的?

我们应该做的方向差不多,互相学习!
11楼2011-06-15 19:55:02
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orpheus

铜虫 (正式写手)



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xiaomi,呵呵,在那所高校哪个牛组里呀?
12楼2011-06-16 10:46:35
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