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n_xiwang

木虫 (正式写手)

[交流] 客体溶剂分子无序会不会影响计算的空腔体积

客体溶剂分子无序的话会不会影响计算的空腔体积大小，另外同构的数据（仅溶剂不同，单胞差不多，主体框架一致）的空腔体积会不会差很多？求高人指点...
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1楼 2011-06-09 10:41:05
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hjh509

铁杆木虫 (职业作家)
n_xiwang(金币+1): 谢谢回贴！ 2011-06-11 08:33:23
你自己可以进行尝试计算就知道了呀！。实践出真知
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2楼2011-06-09 16:34:08
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依秀春

木虫 (小有名气)
★
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n_xiwang(金币+1): 谢谢回贴！ 2011-06-11 08:33:37
用platon计算一下就可以了。溶剂应该不影响孔隙率的。
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3楼2011-06-10 08:44:02
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orpheus

铜虫 (正式写手)
★
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n_xiwang(金币+1): 谢谢回贴！ 2011-06-11 08:34:30
楼上正解,最多也就小数点后面有点不同
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4楼2011-06-10 10:01:13
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n_xiwang

木虫 (正式写手)
我做了一个晶体结构与之前导报过的同构，用PLATON计算，两个数据的空腔体积差很多，所以才有这个问题，会不会是我的游离的溶剂无序造成的空腔体积变小？
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5楼2011-06-11 08:37:39
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lianxiaomi

木虫 (小有名气)
★
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Originally posted by n_xiwang at 2011-06-11 08:37:39:
我做了一个晶体结构与之前导报过的同构，用PLATON计算，两个数据的空腔体积差很多，所以才有这个问题，会不会是我的游离的溶剂无序造成的空腔体积变小？

你所谓的“差很多？”是多少啊？差个1%-2%是很正常的
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6楼2011-06-13 08:37:29
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n_xiwang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by lianxiaomi at 2011-06-13 08:37:29:
你所谓的“差很多？”是多少啊？差个1%-2%是很正常的

空腔体积报导的为30%，我做的才2%，同构...会不会是溶剂无序处理时没有考虑啊？（单胞参数基本一致，差值在正负1之间）
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7楼2011-06-13 14:31:08
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orpheus

铜虫 (正式写手)
★
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n_xiwang(金币+2): 谢谢了，去掉溶剂试了，现在好了，谢谢！嘿嘿~ 2011-06-15 19:04:46
引用回帖:
Originally posted by n_xiwang at 2011-06-13 14:31:08:
空腔体积报导的为30%，我做的才2%，同构...会不会是溶剂无序处理时没有考虑啊？（单胞参数基本一致，差值在正负1之间）

算孔洞率的时候是要去掉其中的guset的溶剂分子的呀.

你带溶剂算肯定不一样啦:但是很明显错了
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8楼2011-06-13 15:20:47
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lianxiaomi

木虫 (小有名气)
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n_xiwang(金币+2): 我的确是带溶剂算的...汗...刚查了一下，现在好了，谢谢！ 2011-06-15 19:04:17
引用回帖:
Originally posted by n_xiwang at 2011-06-13 14:31:08:
空腔体积报导的为30%，我做的才2%，同构...会不会是溶剂无序处理时没有考虑啊？（单胞参数基本一致，差值在正负1之间）

你是带溶剂算的啊？？
报道出来的肯定是去掉溶剂的啊，这样就无法对比了！你重新处理一下，应该就没问题了。
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9楼2011-06-13 16:52:57
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orpheus

铜虫 (正式写手)
★
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楼上的MM也是做PCP的?
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10楼2011-06-14 09:09:21
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lianxiaomi

木虫 (小有名气)
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by orpheus at 2011-06-14 09:09:21:
楼上的MM也是做PCP的?

我们应该做的方向差不多，互相学习！
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11楼2011-06-15 19:55:02
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orpheus

铜虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
xiaomi,呵呵,在那所高校哪个牛组里呀?
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12楼2011-06-16 10:46:35
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