| 查看: 12121 | 回复: 54 | |||||||||
| 【奖励】 本帖被评价41次，作者coolrainbow增加金币 32.4 个 | |||||||||
[资源]
Linux组建计算化学集群的教程
|
|||||||||
|
算是个比较详细的教程吧 下载地址: http://struchem.nankai.edu.cn/software/Cluster.pdf  [ Last edited by coolrainbow on 2011-6-3 at 10:53 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 第一性原理 | 分子模拟 | 模型 - 模拟 - 统计 - 热力学 | 下载 |
| 各种资料 | 计算 | 量化计算 |
» 猜你喜欢
华南师范大学先进光电子研究院电子纸团队诚聘2026级博士研究生
已经有0人回复
-
QE利用声子计算的一系列lambda和Tc如何选
已经有8人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有124人回复
-
理论计算合作
已经有4人回复
-
小木虫的论文辅导靠谱吗？有没有用过的同学？
已经有1人回复
-
QE计算声子ph.out的Γ点出现虚频（-30cm-1）vasp计算没有
已经有0人回复
-
40-50万/年，中国散裂中子源诚聘计算模拟方向博士后
已经有81人回复
-
请问四氢呋喃溶解的聚合物用甲醇沉淀时，如何使沉淀过程加速？
已经有2人回复
-
书籍求助：汽车市场营销理论与实务（电子版）——章小平
已经有0人回复
-
东方理-中科大联合博士生招聘
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Linux集群增加新用户的问题
已经有6人回复
- 怎样在linux系统上提交高斯的输入文件，运算已经查看输出文件
已经有3人回复
- SSH登录服务器节点问题！
已经有3人回复
- Linux集群rocks的安装和SGE管理调度MS5.5作业
已经有16人回复
- BASH脚本的一个小问题
已经有3人回复
- Linux下怎样使用批处理让任务一个接一个算？
已经有13人回复
- rsh无密码节点间互访
已经有19人回复
- 最适合科学计算的linux版本
已经有25人回复
- 集群上的用户管理
已经有34人回复
- 在linux下提交任务错误
已经有5人回复
- 求助组建高性能计算集群，性能、配置、价格等等
已经有8人回复
- 计算集群里什么命令查看所有计算机呢？？？
已经有5人回复
- G09集群计算结果的chk文件转换问题
已经有7人回复
- 【求助】集群节点之间运行问题
已经有13人回复
- 【求助】不同的节点数计算的结果差很多
已经有6人回复
- 【整理】计算化学杂志，系列丛书，教材和参考书，一些网络资源
已经有13人回复
- 【原创】Ubuntu 9.04下MPICH2集群搭建
已经有8人回复
- 【原创】MS 5.0 LINUX 版小集群并行安装手记
已经有47人回复
2楼2011-06-03 11:13:56
4楼2011-06-03 14:24:04
5楼2011-06-03 14:38:30
6楼2011-06-03 14:56:27
7楼2011-06-03 15:09:50
8楼2011-06-03 15:40:54
9楼2011-06-03 15:49:01
10楼2011-06-03 16:01:20
|
本帖内容被屏蔽 |
11楼2011-06-03 17:11:57
12楼2011-06-03 17:12:52
|
多谢！ 其实，我这个东西都是当初摸索集群时候弄得，弄完之后几乎就没学过啥新技术了，还是转回编程和化学了 网络部署安装的东西我不会，因为组建集群时候机器是陆续来的，刚开始就三台，那时候连linux还不会了，本着装完就用的精神，没学过那么高级的东西。等集群稳定了，建好了，也没有地方实验那种技术了，也懒得弄了 见笑了。 第二部我全是用bash shell写的脚本，呵呵，pdsh没用过 NTP我倒是弄了，但是没写，这是个疏忽 ganglia我倒是下了，但是当时本着我老板提出的“集群上的软件越少越好”的原则，这个就没装 如果过些日子集群崩溃了，要重装，我就试试你讲的新技术吧，不过集群已经稳定了一年多了，估计再坏的时候我也该毕业走人了，哈哈 多谢赐教！！ |
13楼2011-06-03 17:25:20
14楼2011-06-03 17:55:29
15楼2011-06-03 19:18:08
16楼2011-06-03 19:36:26
17楼2011-06-03 23:37:52
18楼2011-06-03 23:39:40
19楼2011-06-04 04:26:05
20楼2011-06-04 06:09:29
22楼2011-06-04 07:46:54
23楼2011-06-04 10:09:22
24楼2011-06-04 15:44:20
25楼2011-06-05 14:25:42
26楼2011-06-07 17:04:25
28楼2011-06-08 00:47:53
29楼2011-06-08 07:16:00
30楼2011-06-08 08:13:24
31楼2011-06-08 15:18:53
32楼2011-06-08 22:01:21
★★★★★ 五星级,优秀推荐
|
新手一个，请教一个问题：按照教程里面写的搭建起来的机器群。所有的用户计算储存硬盘就是挂载在控制节点上的那些是吗？每一个节点上自己带的硬盘是不是不能用来储存用户计算的数据？另外，在计算节点上计算过程中产生的临时文件，有些软件不是放到/temp下，而是提交任务的目录下。那这样话，是不是这些临时文件都放到了控制节点的硬盘上了。如果这样，通过网络读写硬盘岂不是很浪费时间啊。如果是计算软件将所有的临时文件都放到/temp目录的话，那么计算的临时文件统统放到计算节点的/temp目录下面，等计算完毕，将最后的计算结果写回控制节点提交任务的目录里面。 我的理解对吗？ 如果不对请指教。 有什么办法让计算节点的硬盘也能当成主节点的，用来存储用户的计算结果。哪个节点计算，就放在哪个节点上。同时用户只要登录控制节点，就能看到自己的计算结果。 也就是说计算节点上硬盘分为两个分区，一个分区自己所有，另一个分区大家共享，都能相互看见。计算节点计算的结果就写到这个分区上。逻辑上计算节点的第二个分区都属于控制节点的。 这个可行吗？ |
34楼2011-06-15 09:36:52
35楼2011-06-15 10:11:09
|
我明白你的意思，就是说某些软件以“当前目录”作为存储中间文件的目录，但是“当前目录”是控制节点的，通过NFS读取会大量浪费时间，想通过对计算节点进行分解来解决这个问题...... 首先，我所知道的所有软件中，这个存储中间文件（特别是比较大的文件时候）的路径都是可以设置的，尽量把它设置到计算节点的本地硬盘上面 其次，如果确实无法设置，你可以在提交作业的脚本中写一些处理过程，比如先把文件拷贝到一个计算节点的/temp上，以这个副本提交，然后把生成的计算结果的文件拷贝回来，就可以了。这个过程可以全部写在提交脚本中。如： #PBS ... mkdir /temp/$PBSID cp foo.inp /temp/$PBSID cd /temp/$PBSID < cp foo.out /home/user rm -rf /temp/$PBSID 这是可以的啊，不过对于小型集群，没有必要。而且可以告诉你，如果集群使用超过一年，这写计算节点很可能会突然坏掉，使得用户文件丢失，但是控制节点坏掉的概率会小的多，有利于系统的稳定和数据安全 |
36楼2011-06-15 10:18:42
37楼2011-06-15 11:15:41
38楼2011-06-15 12:08:32
39楼2011-06-15 16:04:07
40楼2011-10-26 21:29:36
41楼2011-12-20 00:11:35
42楼2011-12-31 11:42:02
43楼2011-12-31 17:24:07
44楼2012-01-06 14:07:06
45楼2012-02-13 23:13:05
47楼2012-02-28 22:27:22
48楼2012-04-04 14:09:55
49楼2012-09-13 20:58:15
50楼2013-04-18 12:03:15
简单回复
2011-06-03 12:11
回复
五星好评 
Quan.21楼
2011-06-04 07:08
回复
五星好评 谢谢分享！！！！！！！！！！！！！！！
duotojh27楼
2011-06-08 00:19
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
zhangfan219233楼
2011-06-11 20:06
回复
五星好评 谢谢分享
xiaowu75946楼
2012-02-14 06:36
回复
五星好评 谢谢分享！