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[资源] Linux组建计算化学集群的教程

算是个比较详细的教程吧

下载地址: http://struchem.nankai.edu.cn/software/Cluster.pdf

[ Last edited by coolrainbow on 2011-6-3 at 10:53 ]

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1楼 2011-06-03 10:51:36

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coolrainbow

木虫 (著名写手)

引用回帖:

Originally posted by zhangguangping at 2011-06-15 09:36:52:
新手一个，请教一个问题：按照教程里面写的搭建起来的机器群。所有的用户计算储存硬盘就是挂载在控制节点上的那些是吗？每一个节点上自己带的硬盘是不是不能用来储存用户计算的数据？另外，在计算节点上计算过程中 ...

我明白你的意思，就是说某些软件以“当前目录”作为存储中间文件的目录，但是“当前目录”是控制节点的，通过NFS读取会大量浪费时间，想通过对计算节点进行分解来解决这个问题......

首先，我所知道的所有软件中，这个存储中间文件（特别是比较大的文件时候）的路径都是可以设置的，尽量把它设置到计算节点的本地硬盘上面

其次，如果确实无法设置，你可以在提交作业的脚本中写一些处理过程，比如先把文件拷贝到一个计算节点的/temp上，以这个副本提交，然后把生成的计算结果的文件拷贝回来，就可以了。这个过程可以全部写在提交脚本中。如：

#PBS ...

mkdir /temp/$PBSID
cp foo.inp /temp/$PBSID
cd /temp/$PBSID
<>
cp foo.out /home/user
rm -rf /temp/$PBSID

引用回帖:

也就是说计算节点上硬盘分为两个分区，一个分区自己所有，另一个分区大家共享，都能相互看见。计算节点计算的结果就写到这个分区上。逻辑上计算节点的第二个分区都属于控制节点的。

这是可以的啊，不过对于小型集群，没有必要。而且可以告诉你，如果集群使用超过一年，这写计算节点很可能会突然坏掉，使得用户文件丢失，但是控制节点坏掉的概率会小的多，有利于系统的稳定和数据安全