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[资源] Linux组建计算化学集群的教程

算是个比较详细的教程吧

下载地址: http://struchem.nankai.edu.cn/software/Cluster.pdf




[ Last edited by coolrainbow on 2011-6-3 at 10:53 ]
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引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2011-06-15 09:36:52:
新手一个,请教一个问题:按照教程里面写的搭建起来的机器群。所有的用户计算储存硬盘就是挂载在控制节点上的那些是吗?每一个节点上自己带的硬盘是不是不能用来储存用户计算的数据?另外,在计算节点上计算过程中 ...

我明白你的意思,就是说某些软件以“当前目录”作为存储中间文件的目录,但是“当前目录”是控制节点的,通过NFS读取会大量浪费时间,想通过对计算节点进行分解来解决这个问题......

首先,我所知道的所有软件中,这个存储中间文件(特别是比较大的文件时候)的路径都是可以设置的,尽量把它设置到计算节点的本地硬盘上面

其次,如果确实无法设置,你可以在提交作业的脚本中写一些处理过程,比如先把文件拷贝到一个计算节点的/temp上,以这个副本提交,然后把生成的计算结果的文件拷贝回来,就可以了。这个过程可以全部写在提交脚本中。如:

#PBS ...

mkdir /temp/$PBSID
cp foo.inp  /temp/$PBSID
cd /temp/$PBSID
<>
cp foo.out /home/user
rm -rf /temp/$PBSID
引用回帖:
也就是说计算节点上硬盘分为两个分区,一个分区自己所有,另一个分区大家共享,都能相互看见。计算节点计算的结果就写到这个分区上。逻辑上计算节点的第二个分区都属于控制节点的。

这是可以的啊,不过对于小型集群,没有必要。而且可以告诉你,如果集群使用超过一年,这写计算节点很可能会突然坏掉,使得用户文件丢失,但是控制节点坏掉的概率会小的多,有利于系统的稳定和数据安全
36楼2011-06-15 10:18:42
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★★★★★ 五星级,优秀推荐

下载看了,很强大,谢谢分享!
2楼2011-06-03 11:13:56
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lihb734

铁杆木虫 (职业作家)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

感谢分享。
顺带看到了您的照片,可帅了。
4楼2011-06-03 14:24:04
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blueybz

木虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

引用回帖:
Originally posted by gmy1990 at 2011-06-03 11:13:56:
下载看了,很强大,谢谢分享!

顶,很强很暴力
7楼2011-06-03 15:09:50
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