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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » ①Dyella marensis为何菌？②Biolog菌种鉴定问题。
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Virginiaの

金虫 (小有名气)

[求助] ①Dyella marensis为何菌？②Biolog菌种鉴定问题。

①如题，百度未搜到Dyella marensis为何菌，GOOGLE上说是Dyella属的新种，虫友们是否知道它的中文名是什么，还是它还未有中文名？在网上看了伯杰氏细菌系统分类学手册的附录2（该书我们这里木有，所以只能在网上看其中一部分），在该附录中未有Dyella这个属 ，急切想知道它的中文名以及属于哪一科、哪一目、哪一纲。
②关于Biolog菌种自动鉴定仪，我用的是GENIII的微平板，IF-A的接种液，每孔接种量为100μl，浊度大概为95%，接种后分别在24h、48h、64h时间点用电脑检测菌株对碳源的利用情况。但是结果都是显示No ID:False Positive，然后下面提示说：Retest with Lower Inoculum(T98) or Protocol B。这时候该怎么做呢？是不是还要培养长一点的时间呢。False Positive指的是什么意思咧？
③我重新用了比之前更少的接种量进行检测，但是还是出现上述情况，不过，下面列出的几个可能的菌种刚好是我想要的结果，这样的结果是否可用呢？有哪位虫友也做这个的可否帮忙分析下。谢谢。
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闲看庭前花开花落，漫随天外云卷云舒。
1楼 2011-05-30 01:53:50
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yguang

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
rainwander(金币+2): 鼓励交流 2011-05-30 08:06:37
Virginiaの(金币+2): 呵呵，这也是我Google上看到的。 2011-05-30 12:28:33
Int J Syst Evol Microbiol. 2009 Jun;59(Pt 6):1397-400.
Dyella marensis sp. nov., isolated from cliff soil.
Lee DW, Lee SD.
SourceDepartment of Science Education, Cheju National University, Jeju 690-756, Republic of Korea.

Abstract
A novel, Gram-negative bacterium, designated CS5-B2(T), was isolated from soil that had been collected from a cliff on Mara Island, Republic of Korea. Phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene sequences showed that the strain fell within the radiation of the genus Dyella. The closest relatives were the type strains of Dyella koreensis, Dyella ginsengisoli and Dyella japonica and 16S rRNA gene sequence similarities between strain CS5-B2(T) and these strains were 99.0, 97.9 and 97.8 %, respectively. The sequence similarities between the novel isolate and other related taxa compared in the phylogenetic analysis were less than 96.7 %. The cells of strain CS5-B2(T) were aerobic, oxidase-negative, catalase-positive, motile rods. The temperature range for growth was 20-37 degrees C, with optimal growth at 30-37 degrees C. Growth occurred at pH 5.1-9.1, with optimal growth at pH 6.1-9.1. NaCl tolerance for growth was from 1 to 2 % (w/v). Ubiquinone-8 was the predominant respiratory lipoquinone. The major fatty acids were iso-C(15 : 0) and iso-C(17 : 1)omega9c. The G+C content of the DNA was 65.7-66.6 mol%. The level of DNA-DNA relatedness with D. koreensis KCTC 12359(T) was 20.2 and 29.6 % in duplicate measurements. On the basis of phenotypic features, phylogenetic analysis and DNA-DNA relatedness, a novel species of the genus Dyella is proposed, with the name Dyella marensis sp. nov. The type strain is CS5-B2(T) (=JCM 14959(T) =KCTC 22144(T)).
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2楼2011-05-30 07:42:08
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wolfebst

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

Virginiaの(金币+2): 呃，我问的是两个问题哈，第一个和第二个没有联系的。 2011-05-30 12:30:46
Dyella是05年新发现的一个属，我博士时候做的菌也是这个属的另一个种
这个16S rDNA和Biolog对不上很正常
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3楼2011-05-30 10:48:25
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Virginiaの

金虫 (小有名气)
嘿嘿，我想问的是：
第一，Dyella这个属 是哪一科、哪一目、哪一纲的呢。
第二，Biolog菌种自动鉴定结果显示No ID:False Positive，然后下面提示说：Retest with Lower Inoculum(T98) or Protocol B。做了几个菌得到的都是这样的结果，这样代表的是什么意思呢？是不是说本来这个菌不该有这种反应，但是却出现了，这时候该怎么办？
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4楼2011-05-30 12:36:27
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wolfebst

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
Virginiaの(金币+3): 谢谢。 2011-05-30 15:25:59
amisking(金币+1): 鼓励应助 2011-05-30 19:50:33
Virginiaの(金币+3): 2011-05-31 13:41:19
1. Proteobacteria门；Gammaproteobacteria纲；Xanthomonadales目；Xanthomonadaceae科；Dyella属
2. 当DIS小于5.0，SIM大于0.75时为良好的匹配；SIM值越接近1，鉴定结果的可靠性越高
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5楼2011-05-30 12:57:31
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Virginiaの

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by wolfebst at 2011-05-30 12:57:31:
1. Proteobacteria门；Gammaproteobacteria纲；Xanthomonadales目；Xanthomonadaceae科；Dyella属
2. 当DIS小于5.0，SIM大于0.75时为良好的匹配；SIM值越接近1，鉴定结果的可靠性越高

那如果是显示像问题里讲的No ID现象呢？下面的DIS、SIM、PROB值可信么？
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6楼2011-05-30 21:38:36
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zxmzyu1025

铜虫 (小有名气)
请问楼主这个问题解决了没，我最近做的biolog和16SRDNA结果不一致，有ID值，但是DIS大于5.0，SIM小于0.75  ，不知这结果该怎么处理
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7楼2012-04-15 14:50:36
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