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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 蛋白补残基，各位帮帮忙看下啊！
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petersen

金虫 (小有名气)

[求助] 蛋白补残基，各位帮帮忙看下啊！

请问一下：有两个结构，其中一个结构比较完整，另外一个缺少了10个左右氨基酸，但是两个结构的坐标取值不一致，所以直接复制粘贴不行，我想把这10个氨基酸按照那个完整结构的二级结构形式添加到缺失结构的文件中，这个怎么搞？？？
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1楼 2011-05-23 15:29:13
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bamboosity

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
petersen(金币+3): 2011-05-23 21:56:04
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-05-23 22:46:11
叠合两个蛋白结构，坐标就一致了；也可以采取部分结构同源建模的办法补齐（这样麻烦点）。主要看你的目的是什么
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2楼2011-05-23 20:00:05
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petersen

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bamboosity at 2011-05-23 20:00:05:
叠合两个蛋白结构，坐标就一致了；也可以采取部分结构同源建模的办法补齐（这样麻烦点）。主要看你的目的是什么

请问一下这个具体怎么做？能简单说下么?
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3楼2011-05-23 20:54:13
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petersen

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bamboosity at 2011-05-23 20:00:05:
叠合两个蛋白结构，坐标就一致了；也可以采取部分结构同源建模的办法补齐（这样麻烦点）。主要看你的目的是什么

第一种方法我已经知道了，能问下部分同源建模怎么建的？
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4楼2011-05-23 21:55:32
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200699wang

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-05-24 10:05:18
残基可以用Discovery软件直接加上去
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5楼2011-05-24 08:35:30
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petersen

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 200699wang at 2011-05-24 08:35:30:
残基可以用Discovery软件直接加上去

丢失残基太多，直接加太不靠谱。
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6楼2011-05-24 12:14:09
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200699wang

新虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by petersen at 2011-05-24 12:14:09:
丢失残基太多，直接加太不靠谱。

难道还有更好的方法？10个不算多，我们几十个就是这样加上去的呀
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7楼2011-05-24 15:55:51
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petersen

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 200699wang at 2011-05-24 15:55:51:
难道还有更好的方法？10个不算多，我们几十个就是这样加上去的呀

同源建模会更可靠的吧！10多个的柔性很影响动力学的稳定性的，除非你跑的时间够长，我是不想把大量时间浪费在使那段添加的序列达到稳定啦，所以想问问上面那个高手说的部分同源建模是个怎么回事～
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8楼2011-05-24 16:24:11
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200699wang

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
petersen(金币+7): 2011-05-27 16:38:54
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-05-27 22:47:24
引用回帖:
Originally posted by petersen at 2011-05-24 16:24:11:
同源建模会更可靠的吧！10多个的柔性很影响动力学的稳定性的，除非你跑的时间够长，我是不想把大量时间浪费在使那段添加的序列达到稳定啦，所以想问问上面那个高手说的部分同源建模是个怎么回事～

discovery能进行同源模建结构预测，然后根据提供的信息，加上预测的二级结构就行了
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9楼2011-05-27 08:56:07
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petersen

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 200699wang at 2011-05-27 08:56:07:
discovery能进行同源模建结构预测，然后根据提供的信息，加上预测的二级结构就行了

唉！不知道为什么你总是跟我讲的问题总是叉开呢？我想说部分同源建模是咋回事，难道你说的就是部分同源建模？这个我也会了，还是多谢你关注了。
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10楼2011-05-27 16:38:25
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