应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 表面吸附
483/5返回列表上一页12345下一页
查看: 1632  |  回复: 47
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 3 个 1ST强帖 ，点击这里进行查看

kmw.8668

金虫 (正式写手)

归期守望者
引用回帖:
Originally posted by kmw.8668 at 2011-05-23 10:56:08:
A0001    A     0.333330000    0.666670000    0.300680000
A0002    A     0.333330000    0.666670000    0.433560000
A0003    A     0.333332795    0.666667213    0.567652256
A0004    A     0.333 ...

说错了，是从MS中导出的文件
赞一下 回复此楼
臾兮，臾兮，何时是归期！
21楼2011-05-23 11:23:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiao72379

木虫 (正式写手)

宅男甲

【答案】应助回帖

★
kmw.8668(金币+3): 谢谢，我也发现自己错了 2011-05-23 15:05:57
franch(金币+1): 谢谢回帖交流 2011-05-23 15:35:07
引用回帖:
Originally posted by kmw.8668 at 2011-05-23 10:56:08:
A0001    A     0.333330000    0.666670000    0.300680000
A0002    A     0.333330000    0.666670000    0.433560000
A0003    A     0.333332795    0.666667213    0.567652256
A0004    A     0.333 ...

这个是不对的  你概念就弄错了  半径也就是距离（单位是埃）和POSCAR中的分数坐标不是一个概念  你在MS里面加一个H是很简单的 用测量工具就能设置好2原子间的距离，然后把建好模的cif文件导出来 就拿到加上的H原子的分数坐标了 之后就可以做POSCAR计算了
赞一下(1人) 回复此楼
天行健君子以自强不息
22楼2011-05-23 11:28:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
★
franch(金币+1): 谢谢回帖交流 2011-05-23 18:56:10
引用回帖:
Originally posted by kmw.8668 at 2011-05-16 10:50:25:
1.作表面吸附的时候，如果吸附的是一个分子O2，那O－O键长该如何确定呢，就是在建模的时候，是把O2分子作为一个整体放上去还是将O原子一个一个放上呢？
2.文献中常常出现coverge 是多少ML，怎样确定覆盖面是多少 ...

有关系coverage的，我在这里的回复已经提到了的：
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3178624&authorid=1007127
赞一下(1人) 回复此楼
23楼2011-05-23 18:34:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
franch(金币+3): 谢谢回帖交流 2011-05-23 18:57:29
kmw.8668(金币+8): 非常感谢 2011-05-24 08:57:27
kmw.8668(金币+2): 2011-05-24 09:22:26
youzhizhe(1ST强帖+1): 谢谢交流。授予EPI一个。 2011-05-26 19:25:22
引用回帖:
Originally posted by kmw.8668 at 2011-05-17 20:35:46:
1.谢谢，懒懒的问一下，也是为了确保正确。我们通常说的O2吸附中O－O键长的实验值是多少啊，O2是什麽结构的？还后CO中的C－O键长呢？
2.如果表面层有不同的原子A，B，分析吸附的时候是不是A，B之间的桥位，空 ...

1). O2分子键长实验值在1.21 angstrom (http://en.wikipedia.org/wiki/Oxygen)这个用google或文献里面很容易找到的。CO(1.128 angstrom,见http://en.wikipedia.org/wiki/Carbon_monoxide) 的键长与O2的键长应该是不同,

2)" 如果表面层有不同的原子A，B，分析吸附的时候是不是A，B之间的桥位，空位也要考虑？"

当然了，要分别考虑，比如分别考虑将吸附物放在A原子或B原子的顶位。若A的最近邻只是B的话，那考虑A-B之间的桥位，若A的最近近邻及有A也有B的话，那么得考虑A-A的桥位，A-B的桥位等。总之得尽可能考虑所有的构型。对每一个构型进行结构优化，并计算总能，根据每一个构型的总能高低，找出总能最低的那个构型。

3) “如果吸附的是CO分子，那在桥位，顶位，空位的时候，CO只能垂直放在表层原子组成的桥位，顶位，空位的上面？水平岂不是不对了吗？”

垂直放置，和水平放置都得考虑，构造相应的初始结构之后，再进行优化。


4) "要是CO分子垂直放在表面的话，是C原子里表面最近，还是氧原子呢？亦或是这两种情况都要考虑？"

根据分子的最高占据分子轨道(highest occupied molecular orbital, HOMO)和最低未占据分子轨道(lowest unoccupied molecular orbital, LUMO)的特征，即是哪个原子的波函数占大的贡献，以及根据衬底费米能级附近态密度的特征，即是衬底的哪个原子的贡献最大.通过这些信息来考虑是C-还是O与称底原子相结合。

5) "这里说的“比较能量”，是指结合能吗？"
这里指的是总能:E_total(吸附物吸附在衬底后)。当然也可以用结合能了，这是因为:
结合能 = E_total(吸附物吸附在衬底后) - E_total(衬底)- E_total(吸附物)
赞一下(2人) 回复此楼
24楼2011-05-23 18:53:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kmw.8668

金虫 (正式写手)

归期守望者
引用回帖:
Originally posted by valenhou001 at 2011-05-23 18:53:19:
1). O2分子键长实验值在1.21 angstrom (http://en.wikipedia.org/wiki/Oxygen)这个用google或文献里面很容易找到的。CO(1.128 angstrom,见[url]http://en.wikipedia.org/wiki/Carbon_monoxide)[/ur ...

恩，你说的很详细！我还想再问几点：
1.如果吸附的CO分子水平放在表面的话，假如最靠近表面的C原子（假设是C原子）处在顶位，桥位，或者空位，那O原子岂不是保证不了在顶位，桥位，或者空位了？还是说只需C原子在这些位置就可以了，O原子可以随便放，只要O与C所成的键长是实验的键长值就可以了？亦或是说其它的方法？
2.你说的第四个问题中提到“根据衬底费米能级附近态密度的特征，即是衬底的哪个原子的贡献最大”，如果知道了衬底的哪个原子贡献最大，可这有怎样去确定吸附的CO分子中是C原子还是O原子最接近表面呢？
3.如果吸附的是多个CO分子，那它的结合能是不是为：
结合能 = ［E_total(衬底 + nCO) - E_total(衬底)- nE_total(CO)］／n
要是这样的话，结合能不就和吸附能的公式，以及得出的数值一样的吗？
4.结合能，形成能，吸附能，这三个能的公式你能帮我解释清楚吗？
谢谢了
赞一下 回复此楼
臾兮，臾兮，何时是归期！
25楼2011-05-24 09:22:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
kmw.8668(金币+5): 谢谢 2011-05-26 10:11:31
youzhizhe(金币+2, 1ST强帖+1): 谢谢交流。 2011-05-26 19:24:58
kmw.8668(金币+8): 多谢你的信件回复！ 2011-05-31 16:21:00
1. 吸附的时候有多种，不能一一给你列全。最好按CO的键长的实验值去构造初始结构。
2. 分别单独计算衬底和吸附物的来进行分析，并不是指吸附之后的情况。
3.  4： 要注意结合能，形成能，吸附能它们使用的场合，前两者通常指，有反应物参与的情况，或者某物与某物结合形成另一种状态的某物。吸附能特指吸附的情况，吸附物吸附到衬底上所需要的能量。在一定场合下，计算结合能的公式与吸附能的公式会是相同的，如你说那样。
赞一下(1人) 回复此楼
26楼2011-05-25 21:07:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kmw.8668

金虫 (正式写手)

归期守望者
引用回帖:
Originally posted by valenhou001 at 2011-05-25 21:07:20:
1. 吸附的时候有多种，不能一一给你列全。最好按CO的键长的实验值去构造初始结构。
2. 分别单独计算衬底和吸附物的来进行分析，并不是指吸附之后的情况。
3.  4： 要注意结合能，形成能，吸附能它们使用的场合， ...

非常谢谢你，解决了我这麽多问题！希望你能继续帮我解答。
1.我用vasp计算了一个H原子的能量（10x10x10的晶胞里放一个H原子）得出的值才-0.00027eV，但是当我把INCAR文件中添加了ISPIN＝2之后，得出的能量值就-1.12eV了，这是怎末回事？
2.我计算一个H2分子的能量（也是放到10x10x10的晶胞中）不加ISPIN＝2这一项，得出的能量值为-4.54eV。我想问如果我想得到一个H原子的能量，是用-0.00027eV呢，还是用加了自旋以后得出的-1.12eV，亦或是用H2分子的能量-4.54除以2呢？
3.若计算H原子的能量时必须要加NSPIN＝2，那计算H2分子的能量时需要加这一项吗？
赞一下 回复此楼
臾兮，臾兮，何时是归期！
27楼2011-05-26 10:27:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kmw.8668

金虫 (正式写手)

归期守望者
错了，第四个问题是加ISPIN这一项。。。。。
赞一下 回复此楼
臾兮，臾兮，何时是归期！
28楼2011-05-26 10:28:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kmw.8668

金虫 (正式写手)

归期守望者
引用回帖:
Originally posted by valenhou001 at 2011-05-25 21:07:20:
1. 吸附的时候有多种，不能一一给你列全。最好按CO的键长的实验值去构造初始结构。
2. 分别单独计算衬底和吸附物的来进行分析，并不是指吸附之后的情况。
3.  4： 要注意结合能，形成能，吸附能它们使用的场合， ...

看文献上经常说以解离的形式吸附，我想问一下您，怎样去判断解离呢？除了键长发生变化外，还有没有其它的方法？
赞一下 回复此楼
臾兮，臾兮，何时是归期！
29楼2011-05-26 10:37:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

胡同学

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-05-26 19:24:28
我计算一个H2分子的能量（也是放到10x10x10的晶胞中）不加ISPIN＝2这一项，得出的能量值为-6.699907ev,加spin则为-6.685360ev，H原子加spin为-1.103034ev,不加spin为-0.062981ev。我认为加spin的时候，结果中包含极化能，所以会比不加spin时要要大，但为什么H2的结果相差不大呢？
赞一下(1人) 回复此楼
人生苦短，抓紧科研，抓紧找对象。
30楼2011-05-26 10:54:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 kmw.8668 的主题更新
483/5返回列表上一页12345下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭