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kmw.8668

金虫 (正式写手)

归期守望者

引用回帖:
Originally posted by kmw.8668 at 2011-05-23 10:56:08:
A0001    A     0.333330000    0.666670000    0.300680000
A0002    A     0.333330000    0.666670000    0.433560000
A0003    A     0.333332795    0.666667213    0.567652256
A0004    A     0.333 ...

说错了,是从MS中导出的文件
臾兮,臾兮,何时是归期!
21楼2011-05-23 11:23:25
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xiao72379

木虫 (正式写手)

宅男甲

【答案】应助回帖


kmw.8668(金币+3): 谢谢,我也发现自己错了 2011-05-23 15:05:57
franch(金币+1): 谢谢回帖交流 2011-05-23 15:35:07
引用回帖:
Originally posted by kmw.8668 at 2011-05-23 10:56:08:
A0001    A     0.333330000    0.666670000    0.300680000
A0002    A     0.333330000    0.666670000    0.433560000
A0003    A     0.333332795    0.666667213    0.567652256
A0004    A     0.333 ...

这个是不对的  你概念就弄错了  半径也就是距离(单位是埃)和POSCAR中的分数坐标不是一个概念  你在MS里面加一个H是很简单的 用测量工具就能设置好2原子间的距离,然后把建好模的cif文件导出来 就拿到加上的H原子的分数坐标了 之后就可以做POSCAR计算了
天行健君子以自强不息
22楼2011-05-23 11:28:27
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)


franch(金币+1): 谢谢回帖交流 2011-05-23 18:56:10
引用回帖:
Originally posted by kmw.8668 at 2011-05-16 10:50:25:
1.作表面吸附的时候,如果吸附的是一个分子O2,那O-O键长该如何确定呢,就是在建模的时候,是把O2分子作为一个整体放上去还是将O原子一个一个放上呢?
2.文献中常常出现coverge 是多少ML,怎样确定覆盖面是多少 ...

有关系coverage的,我在这里的回复已经提到了的:
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3178624&authorid=1007127
23楼2011-05-23 18:34:03
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
franch(金币+3): 谢谢回帖交流 2011-05-23 18:57:29
kmw.8668(金币+8): 非常感谢 2011-05-24 08:57:27
kmw.8668(金币+2): 2011-05-24 09:22:26
youzhizhe(1ST强帖+1): 谢谢交流。授予EPI一个。 2011-05-26 19:25:22
引用回帖:
Originally posted by kmw.8668 at 2011-05-17 20:35:46:
1.谢谢,懒懒的问一下,也是为了确保正确。我们通常说的O2吸附中O-O键长的实验值是多少啊,O2是什麽结构的?还后CO中的C-O键长呢?
2.如果表面层有不同的原子A,B,分析吸附的时候是不是A,B之间的桥位,空 ...

1). O2分子键长实验值在1.21 angstrom (http://en.wikipedia.org/wiki/Oxygen)这个用google或文献里面很容易找到的。CO(1.128 angstrom,见http://en.wikipedia.org/wiki/Carbon_monoxide) 的键长与O2的键长应该是不同,

2)" 如果表面层有不同的原子A,B,分析吸附的时候是不是A,B之间的桥位,空位也要考虑?"

当然了,要分别考虑,比如分别考虑将吸附物放在A原子或B原子的顶位。若A的最近邻只是B的话,那考虑A-B之间的桥位,若A的最近近邻及有A也有B的话,那么得考虑A-A的桥位,A-B的桥位等。总之得尽可能考虑所有的构型。对每一个构型进行结构优化,并计算总能,根据每一个构型的总能高低,找出总能最低的那个构型。

3) “如果吸附的是CO分子,那在桥位,顶位,空位的时候,CO只能垂直放在表层原子组成的桥位,顶位,空位的上面?水平岂不是不对了吗?”

垂直放置,和水平放置都得考虑,构造相应的初始结构之后,再进行优化。


4) "要是CO分子垂直放在表面的话,是C原子里表面最近,还是氧原子呢?亦或是这两种情况都要考虑?"

根据分子的最高占据分子轨道(highest occupied molecular orbital, HOMO)和最低未占据分子轨道(lowest unoccupied molecular orbital, LUMO)的特征,即是哪个原子的波函数占大的贡献,以及根据衬底费米能级附近态密度的特征,即是衬底的哪个原子的贡献最大.通过这些信息来考虑是C-还是O与称底原子相结合。

5) "这里说的“比较能量”,是指结合能吗?"
这里指的是总能:E_total(吸附物吸附在衬底后)。当然也可以用结合能了,这是因为:
结合能 = E_total(吸附物吸附在衬底后) - E_total(衬底)- E_total(吸附物)
24楼2011-05-23 18:53:19
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kmw.8668

金虫 (正式写手)

归期守望者

引用回帖:
Originally posted by valenhou001 at 2011-05-23 18:53:19:
1). O2分子键长实验值在1.21 angstrom (http://en.wikipedia.org/wiki/Oxygen)这个用google或文献里面很容易找到的。CO(1.128 angstrom,见[url]http://en.wikipedia.org/wiki/Carbon_monoxide)[/ur ...

恩,你说的很详细!我还想再问几点:
1.如果吸附的CO分子水平放在表面的话,假如最靠近表面的C原子(假设是C原子)处在顶位,桥位,或者空位,那O原子岂不是保证不了在顶位,桥位,或者空位了?还是说只需C原子在这些位置就可以了,O原子可以随便放,只要O与C所成的键长是实验的键长值就可以了?亦或是说其它的方法?
2.你说的第四个问题中提到“根据衬底费米能级附近态密度的特征,即是衬底的哪个原子的贡献最大”,如果知道了衬底的哪个原子贡献最大,可这有怎样去确定吸附的CO分子中是C原子还是O原子最接近表面呢?
3.如果吸附的是多个CO分子,那它的结合能是不是为:
结合能 = [E_total(衬底 + nCO) - E_total(衬底)- nE_total(CO)]/n
要是这样的话,结合能不就和吸附能的公式,以及得出的数值一样的吗?
4.结合能,形成能,吸附能,这三个能的公式你能帮我解释清楚吗?
谢谢了
臾兮,臾兮,何时是归期!
25楼2011-05-24 09:22:09
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
kmw.8668(金币+5): 谢谢 2011-05-26 10:11:31
youzhizhe(金币+2, 1ST强帖+1): 谢谢交流。 2011-05-26 19:24:58
kmw.8668(金币+8): 多谢你的信件回复! 2011-05-31 16:21:00
1. 吸附的时候有多种,不能一一给你列全。最好按CO的键长的实验值去构造初始结构。
2. 分别单独计算衬底和吸附物的来进行分析,并不是指吸附之后的情况。
3.  4: 要注意结合能,形成能,吸附能它们使用的场合,前两者通常指,有反应物参与的情况,或者某物与某物结合形成另一种状态的某物。吸附能特指吸附的情况,吸附物吸附到衬底上所需要的能量。在一定场合下,计算结合能的公式与吸附能的公式会是相同的,如你说那样。
26楼2011-05-25 21:07:20
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kmw.8668

金虫 (正式写手)

归期守望者

引用回帖:
Originally posted by valenhou001 at 2011-05-25 21:07:20:
1. 吸附的时候有多种,不能一一给你列全。最好按CO的键长的实验值去构造初始结构。
2. 分别单独计算衬底和吸附物的来进行分析,并不是指吸附之后的情况。
3.  4: 要注意结合能,形成能,吸附能它们使用的场合, ...

非常谢谢你,解决了我这麽多问题!希望你能继续帮我解答。
1.我用vasp计算了一个H原子的能量(10x10x10的晶胞里放一个H原子)得出的值才-0.00027eV,但是当我把INCAR文件中添加了ISPIN=2之后,得出的能量值就-1.12eV了,这是怎末回事?
2.我计算一个H2分子的能量(也是放到10x10x10的晶胞中)不加ISPIN=2这一项,得出的能量值为-4.54eV。我想问如果我想得到一个H原子的能量,是用-0.00027eV呢,还是用加了自旋以后得出的-1.12eV,亦或是用H2分子的能量-4.54除以2呢?
3.若计算H原子的能量时必须要加NSPIN=2,那计算H2分子的能量时需要加这一项吗?
臾兮,臾兮,何时是归期!
27楼2011-05-26 10:27:50
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kmw.8668

金虫 (正式写手)

归期守望者

错了,第四个问题是加ISPIN这一项。。。。。
臾兮,臾兮,何时是归期!
28楼2011-05-26 10:28:53
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kmw.8668

金虫 (正式写手)

归期守望者

引用回帖:
Originally posted by valenhou001 at 2011-05-25 21:07:20:
1. 吸附的时候有多种,不能一一给你列全。最好按CO的键长的实验值去构造初始结构。
2. 分别单独计算衬底和吸附物的来进行分析,并不是指吸附之后的情况。
3.  4: 要注意结合能,形成能,吸附能它们使用的场合, ...

看文献上经常说以解离的形式吸附,我想问一下您,怎样去判断解离呢?除了键长发生变化外,还有没有其它的方法?
臾兮,臾兮,何时是归期!
29楼2011-05-26 10:37:50
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胡同学

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-05-26 19:24:28
我计算一个H2分子的能量(也是放到10x10x10的晶胞中)不加ISPIN=2这一项,得出的能量值为-6.699907ev,加spin则为-6.685360ev,H原子加spin为-1.103034ev,不加spin为-0.062981ev。我认为加spin的时候,结果中包含极化能,所以会比不加spin时要要大,但为什么H2的结果相差不大呢?
人生苦短,抓紧科研,抓紧找对象。
30楼2011-05-26 10:54:01
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