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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 表面吸附
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kmw.8668

金虫 (正式写手)

归期守望者
引用回帖:
Originally posted by xiao72379 at 2011-05-16 16:53:46:
我不知道你用什么软件建模 我用的是MS 先是切出一个表面，加上真空层（大于10埃为宜） 然后添加O原子  MS你能拖动原子 把O拖动到桥位就行，然后再加一个O 这个O的位置就灵活一些  你首先保证键长是实验值，至于 ...

恩，我还想问一点：那你把O移动到桥位后，在添加一个O原子就OK了? 添加的O2距表层原子为多远有没有一个定数啊？随便设距离就可以了吗？
我们说的顶位，桥位，是不是都指的是表面第一层原子啊，而且还是表面第一层上的同一种原子啊？先谢谢了！！！
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臾兮，臾兮，何时是归期！
11楼2011-05-16 17:22:06
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
franch(金币+3): 谢谢指点 2011-05-16 20:21:40
kmw.8668(金币+3): 2011-05-17 20:43:43
引用回帖:
Originally posted by kmw.8668 at 2011-05-16 17:22:06:
恩，我还想问一点：那你把O移动到桥位后，在添加一个O原子就OK了? 添加的O2距表层原子为多远有没有一个定数啊？随便设距离就可以了吗？
我们说的顶位，桥位，是不是都指的是表面第一层原子啊，而且还是表面第 ...

顶位和桥位，一般指吸附物表面第一层原子上，并不要求一定表面第一层里的同一种原子位置。 若表面的第一层原子有不同种原子，那得考虑多种情况，即不同种原子的顶位都得考虑计算一下，比较能量，找出能量最低的情况。

如果是考虑atomic oxygen，放一个氧原子就可以了。如果是考虑moelcular oxygen (即O2)，那当然得放2个原子，而且两个O的原子的检查接近一个O2的键长（这样做只是构造一个初始结构)。

"添加的O2距表层原子为多远有没有一个定数啊"，具体的数值这个没有定数，只要不让吸附物与称底的原子的距离太短出现交叠就可以，也不要使得距离太大。
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12楼2011-05-16 19:25:39
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kmw.8668

金虫 (正式写手)

归期守望者
引用回帖:
Originally posted by valenhou001 at 2011-05-16 19:25:39:
顶位和桥位，一般指吸附物表面第一层原子上，并不要求一定表面第一层里的同一种原子位置。 若表面的第一层原子有不同种原子，那得考虑多种情况，即不同种原子的顶位都得考虑计算一下，比较能量，找出能量最低的 ...

1.谢谢，懒懒的问一下，也是为了确保正确。我们通常说的O2吸附中O－O键长的实验值是多少啊，O2是什麽结构的？还后CO中的C－O键长呢？
2.如果表面层有不同的原子A，B，分析吸附的时候是不是A，B之间的桥位，空位也要考虑？
3.如果吸附的是CO分子，那在桥位，顶位，空位的时候，CO只能垂直放在表层原子组成的桥位，顶位，空位的上面？水平岂不是不对了吗？
4.要是CO分子垂直放在表面的话，是C原子里表面最近，还是氧原子呢？亦或是这两种情况都要考虑？
5.这里说的“比较能量”，是指结合能吗？

问题比较多，事后追加金币酬谢！
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臾兮，臾兮，何时是归期！
13楼2011-05-17 20:35:46
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kmw.8668

金虫 (正式写手)

归期守望者
引用回帖:
Originally posted by xiao72379 at 2011-05-16 15:52:28:
这个我不知道你的体系有木有可以参考的文献   到底什么构型稳定。
要是你不知道的话 就多试试  这里计算量会有点大  结构优化后 可能O2是平行表面的，或者垂直表面，又或者都不是都是可能的。什么构型是最稳定 ...

以CO吸附为例，结合能具体计算公式是什麽吗？我看了篇文献，说的不是特别清楚，还请你多多指教！吸附能呢，仍然以CO吸附为例。谢谢了！
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臾兮，臾兮，何时是归期！
14楼2011-05-17 20:40:10
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kmw.8668

金虫 (正式写手)

归期守望者
引用回帖:
Originally posted by xiao72379 at 2011-05-16 16:53:46:
我不知道你用什么软件建模 我用的是MS 先是切出一个表面，加上真空层（大于10埃为宜） 然后添加O原子  MS你能拖动原子 把O拖动到桥位就行，然后再加一个O 这个O的位置就灵活一些  你首先保证键长是实验值，至于 ...

你说的这个角度要尝试，那岂不是有很多的角度了？有没有什麽样的技巧，经验之谈呢？
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臾兮，臾兮，何时是归期！
15楼2011-05-17 20:57:12
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xiao72379

木虫 (正式写手)

宅男甲

【答案】应助回帖

★ ★
ellsaking(金币+1): 谢谢交流 2011-05-18 10:02:50
ellsaking(金币+1): 谢谢交流 2011-05-18 10:02:51
kmw.8668(金币+2): 2011-05-18 11:07:24
引用回帖:
Originally posted by kmw.8668 at 2011-05-17 20:40:10:
以CO吸附为例，结合能具体计算公式是什麽吗？我看了篇文献，说的不是特别清楚，还请你多多指教！吸附能呢，仍然以CO吸附为例。谢谢了！

Eads=E(CO+sys)-Esys-ECO  要是不止一个CO就在前面加上CO的个数n就行
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天行健君子以自强不息
16楼2011-05-18 09:06:54
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xiao72379

木虫 (正式写手)

宅男甲
★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-05-26 19:25:51
引用回帖:
Originally posted by xiao72379 at 2011-05-18 09:06:54:
Eads=E(CO+sys)-Esys-ECO  要是不止一个CO就在前面加上CO的个数n就行

我不是做催化的  这个说法可能不对  要是一个CO应该是Eads=E(CO+sys)-Esys-ECO
有没有多个CO的 我没见过文献  要是有的话 应该是Eads=[E(CO+sys)-Esys-nECO]/n吧，表示平均一个CO的吸附能吧 这个参考 你还该多查查文献 我感觉除了建模 其他的问题你是该从文献中得到答案的  我进组带我的师兄就给我100篇文献，他的说法就是做一篇paper看大约100篇  当然可能多了些 他主要是写review上瘾了 不过50篇左右还是应该有的  要不你前言都没法写
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天行健君子以自强不息
17楼2011-05-18 09:55:06
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kmw.8668

金虫 (正式写手)

归期守望者
引用回帖:
Originally posted by xiao72379 at 2011-05-18 09:55:06:
我不是做催化的  这个说法可能不对  要是一个CO应该是Eads=E(CO+sys)-Esys-ECO
有没有多个CO的 我没见过文献  要是有的话 应该是Eads=[E(CO+sys)-Esys-nECO]/n吧，表示平均一个CO的吸附能吧 这个参考 你还该多 ...

恩，你说的很对，我也是突然转了方向，一时很茫然，所以才向大家求教的，谢谢你！
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臾兮，臾兮，何时是归期！
18楼2011-05-18 10:25:08
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kmw.8668

金虫 (正式写手)

归期守望者
引用回帖:
Originally posted by xiao72379 at 2011-05-18 09:55:06:
我不是做催化的  这个说法可能不对  要是一个CO应该是Eads=E(CO+sys)-Esys-ECO
有没有多个CO的 我没见过文献  要是有的话 应该是Eads=[E(CO+sys)-Esys-nECO]/n吧，表示平均一个CO的吸附能吧 这个参考 你还该多 ...

我想问一下，结合能怎末计算呢？为什麽我用同样的软件计算出的块体的结合能和文献上的差别很大呢？咱计算吸附体系的结合能具体又是怎样计算呢？还请你帮帮忙！
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臾兮，臾兮，何时是归期！
19楼2011-05-18 15:29:16
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kmw.8668

金虫 (正式写手)

归期守望者
引用回帖:
Originally posted by xiao72379 at 2011-05-16 15:52:28:
这个我不知道你的体系有木有可以参考的文献   到底什么构型稳定。
要是你不知道的话 就多试试  这里计算量会有点大  结构优化后 可能O2是平行表面的，或者垂直表面，又或者都不是都是可能的。什么构型是最稳定 ...

A0001    A     0.333330000    0.666670000    0.300680000
A0002    A     0.333330000    0.666670000    0.433560000
A0003    A     0.333332795    0.666667213    0.567652256
A0004    A     0.333332551    0.666667458    0.704005757
B0001    B     0.000000000    0.000000000    0.234240000
B0002    B     0.000000000    0.000000000    0.367120000
B0003    B     0.000000000    0.000000000    0.500000000
B0004    B     0.999999329    0.000000668    0.632506363
B0005    B     0.999999240    0.000000749    0.756236627
这是我导出的POSCAR 文件，如果我想在第一层原子B0005    B（半径是1.37A）    （ 0.999999240    0.000000749    0.756236627）的顶位放一个原子H（半径是0.53A），那我建模时初始放的H原子的坐标是不是为0.999999240 ，0.000000749， 0.756236627+B原子半径+H原子半径＝2.656236627 ？这样子做对不对啊，H原子的Z坐标都2.656236627，我对此有些疑问。。。。。
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臾兮，臾兮，何时是归期！
20楼2011-05-23 10:56:08
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