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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 表面吸附
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kmw.8668

金虫 (正式写手)

归期守望者

[求助] 表面吸附

1.作表面吸附的时候，如果吸附的是一个分子O2，那O－O键长该如何确定呢，就是在建模的时候，是把O2分子作为一个整体放上去还是将O原子一个一个放上呢？
2.文献中常常出现coverge 是多少ML，怎样确定覆盖面是多少呢？
3.文献中还会出现“absorbs at a two-fold (or three-fold) site" 这个又是怎样理解呢？
请大家帮帮忙！重金谢谢！
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臾兮，臾兮，何时是归期！
1楼 2011-05-16 10:50:25
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
franch(金币+3): 谢谢回帖交流 2011-05-23 18:57:29
kmw.8668(金币+8): 非常感谢 2011-05-24 08:57:27
kmw.8668(金币+2): 2011-05-24 09:22:26
youzhizhe(1ST强帖+1): 谢谢交流。授予EPI一个。 2011-05-26 19:25:22
引用回帖:
Originally posted by kmw.8668 at 2011-05-17 20:35:46:
1.谢谢，懒懒的问一下，也是为了确保正确。我们通常说的O2吸附中O－O键长的实验值是多少啊，O2是什麽结构的？还后CO中的C－O键长呢？
2.如果表面层有不同的原子A，B，分析吸附的时候是不是A，B之间的桥位，空 ...

1). O2分子键长实验值在1.21 angstrom (http://en.wikipedia.org/wiki/Oxygen)这个用google或文献里面很容易找到的。CO(1.128 angstrom,见http://en.wikipedia.org/wiki/Carbon_monoxide) 的键长与O2的键长应该是不同,

2)" 如果表面层有不同的原子A，B，分析吸附的时候是不是A，B之间的桥位，空位也要考虑？"

当然了，要分别考虑，比如分别考虑将吸附物放在A原子或B原子的顶位。若A的最近邻只是B的话，那考虑A-B之间的桥位，若A的最近近邻及有A也有B的话，那么得考虑A-A的桥位，A-B的桥位等。总之得尽可能考虑所有的构型。对每一个构型进行结构优化，并计算总能，根据每一个构型的总能高低，找出总能最低的那个构型。

3) “如果吸附的是CO分子，那在桥位，顶位，空位的时候，CO只能垂直放在表层原子组成的桥位，顶位，空位的上面？水平岂不是不对了吗？”

垂直放置，和水平放置都得考虑，构造相应的初始结构之后，再进行优化。


4) "要是CO分子垂直放在表面的话，是C原子里表面最近，还是氧原子呢？亦或是这两种情况都要考虑？"

根据分子的最高占据分子轨道(highest occupied molecular orbital, HOMO)和最低未占据分子轨道(lowest unoccupied molecular orbital, LUMO)的特征，即是哪个原子的波函数占大的贡献，以及根据衬底费米能级附近态密度的特征，即是衬底的哪个原子的贡献最大.通过这些信息来考虑是C-还是O与称底原子相结合。

5) "这里说的“比较能量”，是指结合能吗？"
这里指的是总能:E_total(吸附物吸附在衬底后)。当然也可以用结合能了，这是因为:
结合能 = E_total(吸附物吸附在衬底后) - E_total(衬底)- E_total(吸附物)
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24楼2011-05-23 18:53:19
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xiao72379

木虫 (正式写手)

宅男甲

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zzy870720z(金币+3): 谢谢指教 2011-05-16 14:24:20
zzy870720z(1ST强帖+1): 已审核 2011-05-16 14:24:50
cenwanglai(金币+5): 2011-05-16 16:56:20
1）建模的时候将O2整体放上去  至于吸附后的键长 由vasp优化确定
2）ML就是monolayer的意思 由你覆盖的原子数对比表层原子数
可以参看下这篇文章的FIG3 a）图  THE JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 133, 034701 2010 Lithium transport at silicon thin film: Barrier for high-rate capability anode
3）“absorbs at a two-fold (or three-fold) site"应该是说吸附于2配位（或者3配位）的位子
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天行健君子以自强不息
2楼2011-05-16 11:08:15
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kmw.8668

金虫 (正式写手)

归期守望者
引用回帖:
Originally posted by xiao72379 at 2011-05-16 11:08:15:
1）建模的时候将O2整体放上去  至于吸附后的键长 由vasp优化确定
2）ML就是monolayer的意思 由你覆盖的原子数对比表层原子数
可以参看下这篇文章的FIG3 a）图  THE JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 133, 034701 2 ...

谢谢指导！那建模的时候怎样把O2整体放上表面呢？这个牵扯到O－O键长啊？
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臾兮，臾兮，何时是归期！
3楼2011-05-16 15:20:09
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xiao72379

木虫 (正式写手)

宅男甲
★ ★ ★ ★ ★
zzy870720z(金币+5): 楼主奖励 2011-05-17 21:09:29
引用回帖:
Originally posted by kmw.8668 at 2011-05-16 15:20:09:
谢谢指导！那建模的时候怎样把O2整体放上表面呢？这个牵扯到O－O键长啊？

这个我不知道你的体系有木有可以参考的文献   到底什么构型稳定。
要是你不知道的话 就多试试  这里计算量会有点大  结构优化后 可能O2是平行表面的，或者垂直表面，又或者都不是都是可能的。什么构型是最稳定的 你比下Binding Energy就出来了  至于初始的键长就用O2的实验值吧  剩下的交给vasp弛豫了
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天行健君子以自强不息
4楼2011-05-16 15:52:28
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