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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 表面吸附
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kmw.8668

金虫 (正式写手)

归期守望者

[求助] 表面吸附

1.作表面吸附的时候，如果吸附的是一个分子O2，那O－O键长该如何确定呢，就是在建模的时候，是把O2分子作为一个整体放上去还是将O原子一个一个放上呢？
2.文献中常常出现coverge 是多少ML，怎样确定覆盖面是多少呢？
3.文献中还会出现“absorbs at a two-fold (or three-fold) site" 这个又是怎样理解呢？
请大家帮帮忙！重金谢谢！
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臾兮，臾兮，何时是归期！
1楼 2011-05-16 10:50:25
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xiao72379

木虫 (正式写手)

宅男甲

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zzy870720z(金币+3): 谢谢指教 2011-05-16 14:24:20
zzy870720z(1ST强帖+1): 已审核 2011-05-16 14:24:50
cenwanglai(金币+5): 2011-05-16 16:56:20
1）建模的时候将O2整体放上去  至于吸附后的键长 由vasp优化确定
2）ML就是monolayer的意思 由你覆盖的原子数对比表层原子数
可以参看下这篇文章的FIG3 a）图  THE JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 133, 034701 2010 Lithium transport at silicon thin film: Barrier for high-rate capability anode
3）“absorbs at a two-fold (or three-fold) site"应该是说吸附于2配位（或者3配位）的位子
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天行健君子以自强不息
2楼2011-05-16 11:08:15
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kmw.8668

金虫 (正式写手)

归期守望者
引用回帖:
Originally posted by xiao72379 at 2011-05-16 11:08:15:
1）建模的时候将O2整体放上去  至于吸附后的键长 由vasp优化确定
2）ML就是monolayer的意思 由你覆盖的原子数对比表层原子数
可以参看下这篇文章的FIG3 a）图  THE JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 133, 034701 2 ...

谢谢指导！那建模的时候怎样把O2整体放上表面呢？这个牵扯到O－O键长啊？
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臾兮，臾兮，何时是归期！
3楼2011-05-16 15:20:09
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xiao72379

木虫 (正式写手)

宅男甲
★ ★ ★ ★ ★
zzy870720z(金币+5): 楼主奖励 2011-05-17 21:09:29
引用回帖:
Originally posted by kmw.8668 at 2011-05-16 15:20:09:
谢谢指导！那建模的时候怎样把O2整体放上表面呢？这个牵扯到O－O键长啊？

这个我不知道你的体系有木有可以参考的文献   到底什么构型稳定。
要是你不知道的话 就多试试  这里计算量会有点大  结构优化后 可能O2是平行表面的，或者垂直表面，又或者都不是都是可能的。什么构型是最稳定的 你比下Binding Energy就出来了  至于初始的键长就用O2的实验值吧  剩下的交给vasp弛豫了
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天行健君子以自强不息
4楼2011-05-16 15:52:28
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kmw.8668

金虫 (正式写手)

归期守望者
引用回帖:
Originally posted by xiao72379 at 2011-05-16 15:52:28:
这个我不知道你的体系有木有可以参考的文献   到底什么构型稳定。
要是你不知道的话 就多试试  这里计算量会有点大  结构优化后 可能O2是平行表面的，或者垂直表面，又或者都不是都是可能的。什么构型是最稳定 ...

谢谢，但我还是不知道怎样把O2分子放上去？假如说建模时把CO分子放到桥位，怎样保证CO即在桥位，而且C－O之间成的键还是CO分子中所成的键？
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臾兮，臾兮，何时是归期！
5楼2011-05-16 16:13:15
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kmw.8668

金虫 (正式写手)

归期守望者
引用回帖:
Originally posted by xiao72379 at 2011-05-16 15:52:28:
这个我不知道你的体系有木有可以参考的文献   到底什么构型稳定。
要是你不知道的话 就多试试  这里计算量会有点大  结构优化后 可能O2是平行表面的，或者垂直表面，又或者都不是都是可能的。什么构型是最稳定 ...

将O2放到表面之上多少为宜呢？一位虫友说是一个原子的间距，那这个“原子的间距”是指吸附原子还是表层原子的间距呢？
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臾兮，臾兮，何时是归期！
6楼2011-05-16 16:42:32
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xiao72379

木虫 (正式写手)

宅男甲
★ ★ ★ ★ ★
贺仪(金币+5): 谢谢你的热心帮助 2011-05-23 15:28:11
引用回帖:
Originally posted by kmw.8668 at 2011-05-16 16:13:15:
谢谢，但我还是不知道怎样把O2分子放上去？假如说建模时把CO分子放到桥位，怎样保证CO即在桥位，而且C－O之间成的键还是CO分子中所成的键？

我不知道你用什么软件建模 我用的是MS 先是切出一个表面，加上真空层（大于10埃为宜） 然后添加O原子  MS你能拖动原子 把O拖动到桥位就行，然后再加一个O 这个O的位置就灵活一些  你首先保证键长是实验值，至于角度就要尝试了 事实上你也不知道什么构型是最优的  不过vasp弛豫会在势能面上搜索到一个局域极小值或者全局极小值  这个是比较需要经验的
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天行健君子以自强不息
7楼2011-05-16 16:53:46
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xiao72379

木虫 (正式写手)

宅男甲
★
贺仪(金币+1): 谢谢参与！ 2011-05-23 15:28:43
然后可以从MS将.cell中的坐标导出来制作成POSCAR就可以计算了 要是不会导可以在小木虫上搜一下  有帖子介绍
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天行健君子以自强不息
8楼2011-05-16 16:55:54
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xiao72379

木虫 (正式写手)

宅男甲
★
ellsaking(金币+1): 谢谢，同意观点 2011-05-18 10:01:54
引用回帖:
Originally posted by kmw.8668 at 2011-05-16 16:42:32:
将O2放到表面之上多少为宜呢？一位虫友说是一个原子的间距，那这个“原子的间距”是指吸附原子还是表层原子的间距呢？

这个要是没文献参考的话  你也是尝试性的放。 不清楚你知道这种吸附是化学的还是物理吸附 ，要是是化学的 推荐你这个间距用O和表面原子的共价半径之和 要是是物理的 距离可能还会大于这个值
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天行健君子以自强不息
9楼2011-05-16 17:00:45
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

【答案】应助回帖

kmw.8668(金币+4): 2011-05-16 17:24:22
kmw.8668(金币+2): 2011-05-17 20:05:23
引用回帖:
这个我不知道你的体系有木有可以参考的文献   到底什么构型稳定。
要是你不知道的话 就多试试  这里计算量会有点大  结构优化后 可能O2是平行表面的，或者垂直表面，又或者都不是都是可能的。什么构型是最稳定的 你比下Binding Energy就出来了  至于初始的键长就用O2的实验值吧  剩下的交给vasp弛豫了

lz可以试一下，现在你可以给我金币了。应lz要求，给回帖着xiao72379 奖励5个金币以示感谢。

[ Last edited by cenwanglai on 2011-5-16 at 17:04 ]
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10楼2011-05-16 17:01:01
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