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mjjwhs新虫 (小有名气)
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[求助]
Gaussian09 能做 把单独一个分子放在盒子中的PBC计算吗
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请教大家一个问题，就是使用Gaussian能不能这样的计算呢，把一个分子放在一个立方盒子里，使用周期性边界来计算其能量？为了消除分子分子间的作用力，我把盒子取得足够大。通常，我们做的计算都是在真空或溶液中优化或计算单点的。 如果可以的话，怎么构建计算文件呢？我看Gview中只给出了真正晶体的构建文件过程，而没有我上面所说的。 谢谢！ |
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【答案】应助回帖
mjjwhs(金币+2): 谢谢 2011-05-18 11:43:41
mjjwhs(金币+1): ** 2011-05-23 21:07:53
mjjwhs(金币+1): ** 2011-05-23 21:07:53
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你可以设置4个虚原子（View元素周期表最上边那个Bq），分别相当于晶体的(0,0,0)(1,0,0)(0,1,0)(0,0,1),其边长和晶胞参数你可任意改变，然后把你的分子放在中间，按照View的说明设置PBC，把(0,0,0)(1,0,0)(0,1,0)(0,0,1)放置在虚原子上就可以了，觉得虚原子碍眼也可以做完了删掉。 不过~~仅从我这个量化新手的理解上，这么做是没有意义的，因为你只画一个分子的时候Gaussian就是按照理想气体模型来考虑的，本来就没有考虑分子间作用力（不信你可以算一算HF和(HF)2比较一下）Gaussian没有那么聪明 |
2楼2011-05-17 14:26:54
