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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » DS的CDOCKER和flexible docking对接时出现的问题
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cecilia533

新虫 (小有名气)

[求助] DS的CDOCKER和flexible docking对接时出现的问题

CDOCKER出现的0pose是什么情况？怎么办？
flexible docking出现的ERROR说No ligand poses were docked - please check output or log files!什么情况，如何改善？两者有什么区别？
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1楼 2011-05-12 17:55:59
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wolveshunter

至尊木虫 (著名写手)
lz,我和你情况一样，同问啊~~~
有木有高手来解答啊~~~~
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I can be destroyed, but not defeated.
3楼2011-10-21 19:50:32
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查看全部 5 个回答

ts2009

木虫 (著名写手)

无业游民

【答案】应助回帖

★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-10-23 10:22:09
你做的对接有问题，你定义了配体小分子和对接口袋了么？？
赞一下(1人) 回复此楼
√：寂寞无边蔓延,触到无边伤感!
2楼2011-05-20 14:49:34
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李晓溪

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-11-05 23:29:00
CDOCK出现0pose的情况有可能是你的活性球的中心位置没找对，多试几次。也有可能是你对上一步所得到的受体的处理格式不对。我的对接也出现过同样的情况，就从这两方面改善就解决了，对你的问题仅供参考，因为不同体系也不同。
赞一下(1人) 回复此楼
只有不敢想的，没有不敢做的
4楼2011-11-05 07:55:32
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daniel_tang

金虫 (小有名气)

红魔
引用回帖:
4楼: Originally posted by 李晓溪 at 2011-11-05 07:55:32:
CDOCK出现0pose的情况有可能是你的活性球的中心位置没找对，多试几次。也有可能是你对上一步所得到的受体的处理格式不对。我的对接也出现过同样的情况，就从这两方面改善就解决了，对你的问题仅供参考，因为不同体 ...

我想请教下，如果活性位点口袋比较小，而配体过大是不是也会出现0pose，我遇到过类似的问题。
赞一下 回复此楼
player,gamer,lifer
5楼2011-11-12 15:19:09
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