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friya0910

新虫 (正式写手)

[求助] 写文章中遇到的问题，望高人指点！叩谢……

我根据别人的cDNA序列设计引物，在DNA上进行扩增后测序，测得四条不同的序列，核苷酸一致性均在80%以上，那我应该怎么称呼这四条基因呢？我能说我的目的基因在基因组中是以多拷贝的形式存在的吗？百度了一下貌似多拷贝基因是要序列一样的，那我测得的四条序列彼此是什么关系呢？要怎么称呼呢？望高人指点！
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1楼 2011-05-11 00:05:53
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cdl007

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
西瓜(金币+5): Good！很热心！ 2011-05-11 00:34:07
friya0910(金币+1): 谢谢 2011-05-11 20:19:02
首先是测序问题，多长的序列有80%的重合？如果800bp以上的序列有80%的重合不能算，因为测序技术所限，800bp以上不准，你需要双向测通，或者多引物重叠测序，然后拼接成一个完整序列

其次有可能是核苷酸多态性的问题，会有一些碱基发生突变，不过，20%的突变率有点高了。。。

再次，你没讲清楚你p的是不是全长，引物是不是有问题，。。。。无序列，无真相
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2楼2011-05-11 00:19:10
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friya0910

新虫 (正式写手)
dhd997: 建议引用回复，方便交流 2011-05-11 07:58:40
引物是在cDNA开放阅读框两端设计的，扩增到的片段均为600bp左右，P完以后是两条离得很近的带，一起做切胶回收，然后转化T载体通用引物测序，不存在双向测通问题！还有就是我扩增到的序列在开放阅读框内都含有一段内含子，但内含子长度不一样，去除内含子后推导的氨基酸序列同源性均在90%以上！
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3楼2011-05-11 00:30:31
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jhu132llh

荣誉版主 (知名作家)

大洪
引用回帖:
Originally posted by friya0910 at 2011-05-11 00:05:53:
我根据别人的cDNA序列设计引物，在DNA上进行扩增后测序，测得四条不同的序列，核苷酸一致性均在80%以上，那我应该怎么称呼这四条基因呢？我能说我的目的基因在基因组中是以多拷贝的形式存在的吗？百度了一下貌似多 ...

也许有可能是多拷贝基因
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青春的岁月，我们身不由己，只因这胸中燃烧的梦想！
4楼2011-05-11 09:02:48
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friya0910

新虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by jhu132llh at 2011-05-11 09:02:48:
也许有可能是多拷贝基因

可是百度上说多拷贝基因的序列应该是一样的，我这序列有差别，也能这么叫吗？
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5楼2011-05-11 18:05:04
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jhu132llh

荣誉版主 (知名作家)

大洪

【答案】应助回帖

★ ★
dhd997(金币+2): 有这个可能 2011-05-12 09:18:45
引用回帖:
Originally posted by friya0910 at 2011-05-11 18:05:04:
可是百度上说多拷贝基因的序列应该是一样的，我这序列有差别，也能这么叫吗？

有的可能是假基因
因为有突变而被弃用了
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青春的岁月，我们身不由己，只因这胸中燃烧的梦想！
6楼2011-05-11 21:05:31
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friya0910

新虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by jhu132llh at 2011-05-11 21:05:31:
有的可能是假基因
因为有突变而被弃用了

哦……我现在要写论文，请教一下我就说我在基因组扩增得到了四个拷贝，说明该基因在基因组中是以多拷贝的形式存在的，可以这么说吗？
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7楼2011-05-11 21:17:40
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jhu132llh

荣誉版主 (知名作家)

大洪

【答案】应助回帖

★ ★ ★
dhd997(金币+3, EPI+1): good 2011-05-12 09:19:04
引用回帖:
Originally posted by friya0910 at 2011-05-11 21:17:40:
哦……我现在要写论文，请教一下我就说我在基因组扩增得到了四个拷贝，说明该基因在基因组中是以多拷贝的形式存在的，可以这么说吗？

如果你的基因是全长
并且结果可以重复得到且保持一致的话
你可以这样说：这个基因在基因组内可能是以多拷贝形式存在
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青春的岁月，我们身不由己，只因这胸中燃烧的梦想！
8楼2011-05-12 08:12:56
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friya0910

新虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by jhu132llh at 2011-05-12 08:12:56:
如果你的基因是全长
并且结果可以重复得到且保持一致的话
你可以这样说：这个基因在基因组内可能是以多拷贝形式存在

那请问怎么确定我的基因是不是全长呢？是不是有内含子和外显子就可以啊？
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9楼2011-05-12 13:35:28
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