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friya0910

新虫 (正式写手)

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[求助] 写文章中遇到的问题，望高人指点！叩谢……

我根据别人的cDNA序列设计引物，在DNA上进行扩增后测序，测得四条不同的序列，核苷酸一致性均在80%以上，那我应该怎么称呼这四条基因呢？我能说我的目的基因在基因组中是以多拷贝的形式存在的吗？百度了一下貌似多拷贝基因是要序列一样的，那我测得的四条序列彼此是什么关系呢？要怎么称呼呢？望高人指点！

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1楼2011-05-11 00:05:53

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cdl007

木虫 (正式写手)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
西瓜(金币+5): Good！很热心！ 2011-05-11 00:34:07
friya0910(金币+1): 谢谢 2011-05-11 20:19:02

首先是测序问题，多长的序列有80%的重合？如果800bp以上的序列有80%的重合不能算，因为测序技术所限，800bp以上不准，你需要双向测通，或者多引物重叠测序，然后拼接成一个完整序列

其次有可能是核苷酸多态性的问题，会有一些碱基发生突变，不过，20%的突变率有点高了。。。

再次，你没讲清楚你p的是不是全长，引物是不是有问题，。。。。无序列，无真相

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2楼2011-05-11 00:19:10

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friya0910

新虫 (正式写手)

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dhd997: 建议引用回复，方便交流 2011-05-11 07:58:40

引物是在cDNA开放阅读框两端设计的，扩增到的片段均为600bp左右，P完以后是两条离得很近的带，一起做切胶回收，然后转化T载体通用引物测序，不存在双向测通问题！还有就是我扩增到的序列在开放阅读框内都含有一段内含子，但内含子长度不一样，去除内含子后推导的氨基酸序列同源性均在90%以上！

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3楼2011-05-11 00:30:31

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jhu132llh

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大洪

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引用回帖:

Originally posted by friya0910 at 2011-05-11 00:05:53:
我根据别人的cDNA序列设计引物，在DNA上进行扩增后测序，测得四条不同的序列，核苷酸一致性均在80%以上，那我应该怎么称呼这四条基因呢？我能说我的目的基因在基因组中是以多拷贝的形式存在的吗？百度了一下貌似多 ...

也许有可能是多拷贝基因

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