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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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200699wang

新虫 (正式写手)

[求助] SMD中恒速牵拉和恒力牵拉有什么区别和联系?

SMD中恒速牵拉和恒力牵拉有什么区别和联系?初学NAMD,很多都不太懂,还望高手,多多指教,先谢谢啦!
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200699wang

新虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by CMLY at 2011-05-12 09:00:00:
进行恒速牵拉时,我们需要首先设定一个假想的原子作为施力原子,这个实际并不存在的原子就叫做假原子(dummy atom)。假原子通过一根假想的弹簧与系统中真实存在的某个原子(称为SMD原子)相连,牵拉时,假原子以 ...

谢谢您!这只是从定义上的理解,我见好多模拟都同时用了两种方法,那么,它们都具有哪些突出特点,又都分别适合哪些体系呢?
3楼2011-05-12 14:37:37
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CMLY

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+5): 欢迎常来本版,欢迎回答问题 2011-05-12 09:08:12
200699wang(金币+8): 2011-05-12 14:34:12
进行恒速牵拉时,我们需要首先设定一个假想的原子作为施力原子,这个实际并不存在的原子就叫做假原子(dummy atom)。假原子通过一根假想的弹簧与系统中真实存在的某个原子(称为SMD原子)相连,牵拉时,假原子以恒定的速度运动,因此称这种牵拉方式为恒速牵拉。实际上被牵拉原子(SMD原子)的速度不是恒定的。SMD原子所受拉力由弹簧的形变和弹性系数决定

:恒力牵拉。我们仍需要固定一个原子并指定另一个原子被牵拉,但是拉力是恒定的,直接作用于SMD原子上。因此不需要指定假原子以及假想弹簧的弹性系数
只等一个人
2楼2011-05-12 09:00:00
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