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tiantian2921

新虫 (小有名气)

[交流] 晶格常数 不能输出，贴出输入的.py文件。大家看看哪里写错了

任务是：优化sic，以下是输入的.py文件内容，可以运行输出结果，但是，输出内容中，没有晶格常数
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1楼 2011-05-05 19:20:28
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tiantian2921

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by tiantian2921 at 2011-05-05 19:20:28:
任务是：优化sic，以下是输入的.py文件内容，可以运行输出结果，但是，输出内容中，没有晶格常数

from ATK.KohnSham import *
# Specify bulk configuration with 4 silicon atoms and 4 carbon stoms
# as basis in a Hex Bravais lattice
SiC_Hex = BulkConfiguration(
   bravais_lattice = Hexagonal(a=3.078*Angstrom,c=10.046*Angstrom),        
    elements = 4*[Carbon]+4*[Silicon],
    fractional_coordinates = [
        [0.00, 0.00, 0.188],
        [0.00, 0.00, 0.688],
        [0.667, 0.333, 0.439],
        [-0.667, -0.333, 0.939],
        [0.00, 0.00, 0.00],
        [0.00, 0.00, 0.50],
        [0.667, 0.333, 0.251],
        [-0.667, -0.333, 0.751]
        ]
        )
# Display Cartesian coordinates for SiC crystal
#from printBulkConfig import printBulkConfig
#printBulkConfig(SiC_Hex)

# Store crystal structure in a VNL file for later use
vnl_file=VNLFile("SiC.vnl"
vnl_file.addToSample(SiC_Hex,"SiC_Hex"

#optimaize the  crystal

import ATK                          
verbosity_level=ATK.verbosityLevel()
ATK.setVerbosityLevel(2)            
                                                                                                                 
optimized_configuration = calculateOptimizedAtomicGeometry(                                                      
    atomic_configuration =SiC_Hex,                                                                                   
    method=KohnShamMethod(                                                                                   
        [basisSetParameters(type=SingleZeta,element=Carbon),basisSetParameters(type=SingleZeta,element=Silicon)],
        exchange_correlation_type=GGA.PBE,                                                                       
        electron_density_parameters=electronDensityParameters(mesh_cutoff=250.0*Rydberg),                        
        eigenstate_occupation_parameters=eigenstateOccupationParameters(                                         
        temperature=300*Kelvin),                                                                                 
        brillouin_zone_integration_parameters=brillouinZoneIntegrationParameters(monkhorst_pack_parameters=[6,6,2])                                    
        ),                                                                                                      
    optimization_parameters=geometricOptimizationParameters(                                                                  
        force_tolerance=0.001*eV/Ang,                                                                           
        max_steps = 300,                                                                                         
        optimizer = Optimizer.SteepestDescent,
        time_step = 0.5*femtosecond)                                                                           
        )

#print the lattice constant
                                                   
lattice=optimized_configuration                                                     
print "a = %g Bohr" % (lattice.getA().inUnitsOf(Bohr))
print "c = %g Bohr" % (lattice.getC().inUnitsOf(Bohr))
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2楼2011-05-05 19:20:43
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