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tiantian2921

新虫 (小有名气)

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任务是：优化sic，以下是输入的.py文件内容，可以运行输出结果，但是，输出内容中，没有晶格常数

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1楼 2011-05-05 19:20:28

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Originally posted by tiantian2921 at 2011-05-05 19:20:28:
任务是：优化sic，以下是输入的.py文件内容，可以运行输出结果，但是，输出内容中，没有晶格常数

from ATK.KohnSham import *
# Specify bulk configuration with 4 silicon atoms and 4 carbon stoms
# as basis in a Hex Bravais lattice
SiC_Hex = BulkConfiguration(
bravais_lattice = Hexagonal(a=3.078*Angstrom,c=10.046*Angstrom),
elements = 4*[Carbon]+4*[Silicon],
fractional_coordinates = [
      [0.00, 0.00, 0.188],
      [0.00, 0.00, 0.688],
      [0.667, 0.333, 0.439],
      [-0.667, -0.333, 0.939],
      [0.00, 0.00, 0.00],
      [0.00, 0.00, 0.50],
      [0.667, 0.333, 0.251],
      [-0.667, -0.333, 0.751]
      ]
      )
# Display Cartesian coordinates for SiC crystal
#from printBulkConfig import printBulkConfig
#printBulkConfig(SiC_Hex)

# Store crystal structure in a VNL file for later use
vnl_file=VNLFile("SiC.vnl"

vnl_file.addToSample(SiC_Hex,"SiC_Hex"

#optimaize the  crystal

import ATK
verbosity_level=ATK.verbosityLevel()
ATK.setVerbosityLevel(2)

optimized_configuration = calculateOptimizedAtomicGeometry(
atomic_configuration =SiC_Hex,
method=KohnShamMethod(
      [basisSetParameters(type=SingleZeta,element=Carbon),basisSetParameters(type=SingleZeta,element=Silicon)],
      exchange_correlation_type=GGA.PBE,
      electron_density_parameters=electronDensityParameters(mesh_cutoff=250.0*Rydberg),
      eigenstate_occupation_parameters=eigenstateOccupationParameters(
      temperature=300*Kelvin),
      brillouin_zone_integration_parameters=brillouinZoneIntegrationParameters(monkhorst_pack_parameters=[6,6,2])
      ),
optimization_parameters=geometricOptimizationParameters(
      force_tolerance=0.001*eV/Ang,
      max_steps = 300,
      optimizer = Optimizer.SteepestDescent,
      time_step = 0.5*femtosecond)
      )

#print the lattice constant

lattice=optimized_configuration
print "a = %g Bohr" % (lattice.getA().inUnitsOf(Bohr))
print "c = %g Bohr" % (lattice.getC().inUnitsOf(Bohr))

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2楼2011-05-05 19:20:43

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