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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 手动写入原子轨道基组的原则和技巧
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tongji888

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第一性原理和电化学 Siesta（Transiesta、ATK） siesta基本概念

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1楼 2011-05-03 16:12:48
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awmc2008

至尊木虫 (文坛精英)

学习者
★
ellsaking(金币+1): 谢谢交流 2011-05-03 21:06:28
建议问问Gaussian软件的使用者，我知道他们会从网上找基组。
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xuexizhe
4楼2011-05-03 19:58:30
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zhangguangping

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
tongji888(金币+5): 非常感谢你的详细讲解！ 2011-05-03 19:21:06
ellsaking(金币+3, 1ST强帖+1): 谢谢交流 2011-05-03 21:06:42
引用回帖:
Originally posted by tongji888 at 2011-05-03 09:12:48:
那位使用过siesta的高手能否详细讲解下，在优化包含多种原子的体系中，如何自己给定要使用的原子轨道基组（PAO.Basis block）？要注意的问题有哪些？rc是如何确定的？能举例说明更好，如Zn，C等。诚挚盼望各位热心 ...

我个人觉得，任何一个expert也不会自己写的。除非他熟记每一种元素，用不同的大小的基组的时候半径分别是多少，会有什么样的结果。要做到这个很难很难。我猜测就连他们siesta的开发小组也不会这么做的。
siesta中提供的利用关键词产生截断半径是根据一定的算法，得到的在你给定的参数下最优化的数值。其中DZP计算的结果就已经很接近PW的收敛值了。但是，如果你研究这个手动写截断半径是为了想进一步提高基组的精度，那么有一种方法就是利用siesta提供的Optimizer工具对你计算的体系优化一套基组（这个功能我没有用过）。另外就是可以在DZP关键字的基础上，自己手动写TZP等。但是那样还是很盲目的，我个人人为还是需要优化一下。如果你的计算条件足够的话，那么可以放心的将阶段半径设置的大一些。如果对计算速度有要求的话，那么优化基组是最后的选择。

PS：我也很想知道怎么去切实可行的提高一个基组的水平。即使用DZP大小的基组，也可以用优化的基组去达到TZP的计算精度。

附件中是一篇他们开发组做的专门针对特殊情况，怎么提高基组精度的文章，可以参考一下。
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弘德明志博学笃行
2楼2011-05-03 16:26:28
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zhangguangping

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
Originally posted by tongji888 at 2011-05-03 09:12:48:
那位使用过siesta的高手能否详细讲解下，在优化包含多种原子的体系中，如何自己给定要使用的原子轨道基组（PAO.Basis block）？要注意的问题有哪些？rc是如何确定的？能举例说明更好，如Zn，C等。诚挚盼望各位热心 ...

PS:如果你觉得现在的DZP产生的基组计算结果不理想，那么还有一个参数可调，不妨试一下：
BasisPressure   0.2 GPa 这个是默认值，
可以修改到
BasisPressure   0.02 GPa
这个时候对应产生的rc's要大一些，对应的计算结果要好，与PW跟接近。但是计算时间会增大。

这个在我提供的文章中有比较详细的说明。
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弘德明志博学笃行
3楼2011-05-03 16:33:31
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by awmc2008 at 2011-05-03 12:58:30:
建议问问Gaussian软件的使用者，我知道他们会从网上找基组。

高斯的基组，siesta用不了。
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弘德明志博学笃行
5楼2011-05-03 20:42:39
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