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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

[交流] 【求助】如果理论计算和实验结论相反，您会怎么办？！抓狂ing

各位高手好我有个问题很痛苦
组里有个老师做了一个分子的CD谱
（注：该分子的手型不是由于手性碳引起的，而是由于它本身结构的扭曲而造成的CD信号）
为了给她提供实验支持我就给她模拟CD啊
然后涅这个分子有三个可能的构型(势能面上的三个局域最小点)
第一个构型能量=0 不出CD峰
第二个构型能量=3KJ/mol CD信号与实验相反
第三个构型能量=15KJ/mol CD信号与实验相同

可能的改进措施：
A 显式溶剂模型？（计算量太大）
B 隐式溶剂模型？（基本不抱期望，估计对各种构型的相对能量影响并不大，因为这位老师用的是非极性或弱极性溶剂）
C 找其他局域最小点？（我已经想破脑袋了，也想不出其他可能的局域最小点，难道这么大的分子让我scan？！？！）
D 实在无法可想了，我干脆本着“实践是检验真理的唯一标准”的原则，谁符合实验我就取谁，其他构型能量再低也不取信，拉倒，我不干了！

抓狂ing
请高手支招！！！谢谢高手们

[ Last edited by yjcmwgk on 2011-4-12 at 11:47 ]

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1楼 2011-04-12 11:44:45

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yongleli

木虫 (正式写手)

应助: 93 (初中生)
金币: 3769.1
帖子: 764
在线: 101.3小时
虫号: 303595

★ ★ ★
375642546(金币+3): 2011-04-14 19:26:08

引用回帖:

Originally posted by yjcmwgk at 2011-04-12 11:44:45:
各位高手好我有个问题很痛苦
组里有个老师做了一个分子的CD谱
（注：该分子的手型不是由于手性碳引起的，而是由于它本身结构的扭曲而造成的CD信号）
为了给她提供实验支持我就给她模拟CD啊
然后涅这个分子 ...

这么大的分子scan一下也是可以的。用MMFF力场或者GAFF力场就行。Gaussian03里还有AMBER94力场。好处是可以添加显式溶剂化模型。
你这个玩意溶剂和溶质之间有没有氢键？有没有疏水作用力？
一看trajectory便知。扫势能面也很快。

然后找到特别的点，请用高精度计算校正吧。
什么CIS啦，什么CCSD啦，然后如果有conical intersection，
就用多参考CI或者CC做，如果没有，就用TD或者EOM好了。

如果溶剂作用强烈，分子周围放上几个溶剂分子，
再用隐式溶剂化模型也可。Jaguar里有PB方程，计算迅速。

我觉得把理论值调成跟实验一样是容易的，用理论去指导实验才是困难的。