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【求助】新手，请高手帮帮忙，不甚感激
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老师的作业，让计算过渡态，请高手指点。请将步骤意义说清楚，另有重谢。方程式在附件里。 |
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4楼2011-04-18 12:01:40
2楼2011-04-12 08:20:09
大家看不起这么简单的问题吗？为什么没有人回应啊？
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一， R,P结构优化 乙烷 ---------------------------- ! Optimized Parameters ! ! (Angstroms and Degrees) ! -------------------------- -------------------------- ! Name Definition Value Derivative Info. ! -------------------------------------------------------------------------------- ! R1 R(1,2) 1.086 -DE/DX = 0.0001 ! ! R2 R(1,3) 1.086 -DE/DX = 0.0001 ! ! R3 R(1,4) 1.086 -DE/DX = 0.0001 ! ! R4 R(1,5) 1.5376 -DE/DX = 0.0 ! ! R5 R(5,6) 1.0861 -DE/DX = 0.0 ! ! R6 R(5,7) 1.0861 -DE/DX = 0.0 ! ! R7 R(5,8) 1.0861 -DE/DX = 0.0 ! ! A1 A(2,1,3) 108.173 -DE/DX = 0.0 ! ! A2 A(2,1,4) 108.1734 -DE/DX = 0.0 ! ! A3 A(2,1,5) 110.7399 -DE/DX = 0.0 ! ! A4 A(3,1,4) 108.173 -DE/DX = 0.0 ! ! A5 A(3,1,5) 110.7404 -DE/DX = 0.0 ! ! A6 A(4,1,5) 110.7398 -DE/DX = 0.0 ! ! A7 A(1,5,6) 110.7269 -DE/DX = 0.0 ! ! A8 A(1,5,7) 110.7271 -DE/DX = 0.0 ! ! A9 A(1,5,8) 110.7268 -DE/DX = 0.0 ! ! A10 A(6,5,7) 108.1868 -DE/DX = 0.0 ! ! A11 A(6,5,8) 108.1869 -DE/DX = 0.0 ! ! A12 A(7,5,8) 108.1868 -DE/DX = 0.0 ! ! D1 D(2,1,5,6) 179.9992 -DE/DX = 0.0 ! ! D2 D(2,1,5,7) -60.0008 -DE/DX = 0.0 ! ! D3 D(2,1,5,8) 59.9992 -DE/DX = 0.0 ! ! D4 D(3,1,5,6) 59.9992 -DE/DX = 0.0 ! ! D5 D(3,1,5,7) 179.9992 -DE/DX = 0.0 ! ! D6 D(3,1,5,8) -60.0008 -DE/DX = 0.0 ! ! D7 D(4,1,5,6) -60.0007 -DE/DX = 0.0 ! ! D8 D(4,1,5,7) 59.9993 -DE/DX = 0.0 ! ! D9 D(4,1,5,8) 179.9993 -DE/DX = 0.0 ! -------------------------------------------------------------------------------- 氟 GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad Berny optimization. Search for a local minimum. Step number 1 out of a maximum of 2 All quantities printed in internal units (Hartrees-Bohrs-Radians) Second derivative matrix not updated -- analytic derivatives used. The second derivative matrix: X1 Y1 Z1 X1 0.00000 Y1 0.00000 0.00000 Z1 0.00000 0.00000 0.00000 Eigenvalues --- Angle between quadratic step and forces= 90.00 degrees. Linear search not attempted -- first point. TrRot= 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 Variable Old X -DE/DX Delta X Delta X Delta X New X (Linear) (Quad) (Total) X1 4.40698 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 4.40698 Y1 0.00013 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00013 Z1 -0.00151 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 -0.00151 Item Value Threshold Converged? Maximum Force 0.000000 0.000450 YES RMS Force 0.000000 0.000300 YES Maximum Displacement 0.000000 0.001800 YES RMS Displacement 0.000000 0.001200 YES Predicted change in Energy= 0.000000D+00 Optimization completed. -- Stationary point found. 甲基 ---------------------------- ! Optimized Parameters ! ! (Angstroms and Degrees) ! -------------------------- -------------------------- ! Name Definition Value Derivative Info. ! -------------------------------------------------------------------------------- ! R1 R(1,2) 1.0645 -DE/DX = 0.0 ! ! R2 R(1,3) 1.0645 -DE/DX = 0.0 ! ! R3 R(1,4) 1.0645 -DE/DX = 0.0 ! ! A1 A(2,1,3) 120.0 -DE/DX = 0.0 ! ! A2 A(2,1,4) 120.0 -DE/DX = 0.0 ! ! A3 A(3,1,4) 120.0 -DE/DX = 0.0 ! ! A4 L(3,1,4,2,-2) 180.003 -DE/DX = 0.0 ! -------------------------------------------------------------------------------- 一氟甲烷 ---------------------------- ! Optimized Parameters ! ! (Angstroms and Degrees) ! -------------------------- -------------------------- ! Name Definition Value Derivative Info. ! -------------------------------------------------------------------------------- ! R1 R(1,2) 1.0962 -DE/DX = 0.0003 ! ! R2 R(1,3) 1.0962 -DE/DX = 0.0003 ! ! R3 R(1,4) 1.0962 -DE/DX = 0.0003 ! ! R4 R(1,5) 1.3838 -DE/DX = -0.0001 ! ! A1 A(2,1,3) 108.2955 -DE/DX = 0.0001 ! ! A2 A(2,1,4) 108.2955 -DE/DX = 0.0001 ! ! A3 A(2,1,5) 110.6228 -DE/DX = -0.0001 ! ! A4 A(3,1,4) 108.2955 -DE/DX = 0.0001 ! ! A5 A(3,1,5) 110.6228 -DE/DX = -0.0001 ! ! A6 A(4,1,5) 110.6228 -DE/DX = -0.0001 ! -------------------------------------------------------------------------------- 二， 寻找过渡态 ---------------------------- ! Optimized Parameters ! ! (Angstroms and Degrees) ! -------------------------- -------------------------- ! Name Definition Value Derivative Info. ! -------------------------------------------------------------------------------- ! R1 R(1,2) 1.0831 -DE/DX = 0.0 ! ! R2 R(1,3) 1.0831 -DE/DX = 0.0 ! ! R3 R(1,4) 1.0831 -DE/DX = 0.0 ! ! R4 R(1,5) 1.6203 -DE/DX = 0.0 ! ! R5 R(1,6) 2.2584 -DE/DX = 0.0 ! ! R6 R(1,7) 2.2583 -DE/DX = 0.0 ! ! R7 R(1,8) 2.2584 -DE/DX = 0.0 ! ! R8 R(1,9) 2.1398 -DE/DX = 0.0 ! ! R9 R(2,5) 2.1795 -DE/DX = 0.0 ! ! R10 R(2,9) 2.1202 -DE/DX = 0.0 ! ! R11 R(3,5) 2.1796 -DE/DX = 0.0 ! ! R12 R(3,9) 2.1195 -DE/DX = 0.0 ! ! R13 R(4,5) 2.1792 -DE/DX = 0.0 ! ! R14 R(4,9) 2.1208 -DE/DX = 0.0 ! ! R15 R(5,6) 1.0876 -DE/DX = 0.0 ! ! R16 R(5,7) 1.0876 -DE/DX = 0.0 ! ! R17 R(5,8) 1.0876 -DE/DX = 0.0 ! ! A1 A(2,1,3) 112.9329 -DE/DX = 0.0 ! ! A2 A(2,1,4) 112.9405 -DE/DX = 0.0 ! ! A3 A(3,1,4) 112.9465 -DE/DX = 0.0 ! ! A4 A(6,5,7) 107.3655 -DE/DX = 0.0 ! ! A5 A(6,5,8) 107.3665 -DE/DX = 0.0 ! ! A6 A(7,5,8) 107.3667 -DE/DX = 0.0 ! ! A7 A(2,9,3) 50.413 -DE/DX = 0.0 ! ! A8 A(2,9,4) 50.3985 -DE/DX = 0.0 ! ! A9 A(3,9,4) 50.4092 -DE/DX = 0.0 ! -------------------------------------------------------------------------------- 三， 对TS做Freq Eigenvalue 1 out of range, new value = 0.122228 Eigenvector: 1 X1 0.68637 Y1 0.00015 Z1 0.00011 X2 -0.08635 Y2 0.06332 Z2 -0.19025 X3 -0.08728 Y3 0.13399 Z3 0.15020 X4 -0.08565 Y4 -0.19578 Z4 0.04062 X5 0.10701 Y5 -0.00006 Z5 -0.00002 X6 0.04510 Y6 0.00366 Z6 -0.01119 X7 0.04525 Y7 0.00771 Z7 0.00877 X8 0.04502 Y8 -0.01161 Z8 0.00232 X9 -0.60648 Y9 -0.00051 Z9 -0.00024 Angle between quadratic step and forces= 21.88 degrees. Linear search not attempted -- first point. TrRot= -0.000017 0.000176 0.000108 -0.000033 0.000040 -0.000033 Variable Old X -DE/DX Delta X Delta X Delta X New X (Linear) (Quad) (Total) X1 0.30517 -0.00001 0.00000 -0.00003 -0.00005 0.30512 Y1 0.00042 0.00000 0.00000 -0.00034 -0.00019 0.00023 Z1 0.00033 0.00000 0.00000 -0.00028 -0.00018 0.00015 X2 -0.24973 0.00002 0.00000 0.00024 0.00026 -0.24948 Y2 -0.62064 -0.00007 0.00000 -0.02043 -0.02023 -0.64088 Z2 1.86993 -0.00001 0.00000 -0.00685 -0.00674 1.86320 X3 -0.25061 0.00002 0.00000 0.00093 0.00077 -0.24984 Y3 -1.30782 0.00005 0.00000 0.01512 0.01531 -1.29251 Z3 -1.47225 -0.00007 0.00000 -0.01446 -0.01434 -1.48660 X4 -0.24866 -0.00003 0.00000 -0.00072 -0.00062 -0.24928 Y4 1.93046 0.00002 0.00000 0.00366 0.00386 1.93431 Z4 -0.39625 0.00006 0.00000 0.02011 0.02022 -0.37602 X5 3.36707 0.00002 0.00000 0.00000 -0.00002 3.36705 Y5 -0.00029 0.00002 0.00000 0.00012 0.00008 -0.00021 Z5 -0.00019 0.00003 0.00000 0.00012 0.00009 -0.00010 X6 4.12032 -0.00001 0.00000 -0.00002 -0.00007 4.12025 Y6 0.64220 -0.00007 0.00000 -0.02017 -0.02026 0.62194 Z6 -1.80129 -0.00002 0.00000 -0.00711 -0.00717 -1.80846 X7 4.12075 0.00000 0.00000 -0.00027 -0.00014 4.12060 Y7 1.23807 0.00004 0.00000 0.01661 0.01652 1.25459 Z7 1.45676 -0.00006 0.00000 -0.01382 -0.01388 1.44289 X8 4.12013 0.00000 0.00000 0.00007 -0.00006 4.12007 Y8 -1.88141 0.00000 0.00000 0.00403 0.00393 -1.87748 Z8 0.34374 0.00007 0.00000 0.02142 0.02136 0.36510 X9 -3.73841 -0.00001 0.00000 -0.00005 -0.00007 -3.73847 Y9 -0.00018 0.00001 0.00000 0.00057 0.00099 0.00081 Z9 -0.00016 0.00001 0.00000 0.00037 0.00062 0.00046 Item Value Threshold Converged? Maximum Force 0.000072 0.000450 YES RMS Force 0.000036 0.000300 YES Maximum Displacement 0.021364 0.001800 NO RMS Displacement 0.010039 0.001200 NO Predicted change in Energy=-4.550281D-06 四， IRC分析以确认TS |
3楼2011-04-12 16:35:22