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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 量化新手直通车 » 【求助】新手，请高手帮帮忙，不甚感激
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冷寂123

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】新手，请高手帮帮忙，不甚感激

老师的作业，让计算过渡态，请高手指点。请将步骤意义说清楚，另有重谢。方程式在附件里。
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1楼 2011-04-11 21:52:04
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书万里

木虫 (著名写手)
是基元反应吗？基元反应就直接做呗
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2楼2011-04-12 08:20:09
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冷寂123

铁杆木虫 (著名写手)

大家看不起这么简单的问题吗？为什么没有人回应啊？

一，        R,P结构优化
乙烷
                           ----------------------------
                           !   Optimized Parameters   !
                           ! (Angstroms and Degrees)  !
--------------------------                            --------------------------
! Name  Definition              Value          Derivative Info.                !
--------------------------------------------------------------------------------
! R1    R(1,2)                  1.086          -DE/DX =    0.0001              !
! R2    R(1,3)                  1.086          -DE/DX =    0.0001              !
! R3    R(1,4)                  1.086          -DE/DX =    0.0001              !
! R4    R(1,5)                  1.5376         -DE/DX =    0.0                 !
! R5    R(5,6)                  1.0861         -DE/DX =    0.0                 !
! R6    R(5,7)                  1.0861         -DE/DX =    0.0                 !
! R7    R(5,8)                  1.0861         -DE/DX =    0.0                 !
! A1    A(2,1,3)              108.173          -DE/DX =    0.0                 !
! A2    A(2,1,4)              108.1734         -DE/DX =    0.0                 !
! A3    A(2,1,5)              110.7399         -DE/DX =    0.0                 !
! A4    A(3,1,4)              108.173          -DE/DX =    0.0                 !
! A5    A(3,1,5)              110.7404         -DE/DX =    0.0                 !
! A6    A(4,1,5)              110.7398         -DE/DX =    0.0                 !
! A7    A(1,5,6)              110.7269         -DE/DX =    0.0                 !
! A8    A(1,5,7)              110.7271         -DE/DX =    0.0                 !
! A9    A(1,5,8)              110.7268         -DE/DX =    0.0                 !
! A10   A(6,5,7)              108.1868         -DE/DX =    0.0                 !
! A11   A(6,5,8)              108.1869         -DE/DX =    0.0                 !
! A12   A(7,5,8)              108.1868         -DE/DX =    0.0                 !
! D1    D(2,1,5,6)            179.9992         -DE/DX =    0.0                 !
! D2    D(2,1,5,7)            -60.0008         -DE/DX =    0.0                 !
! D3    D(2,1,5,8)             59.9992         -DE/DX =    0.0                 !
! D4    D(3,1,5,6)             59.9992         -DE/DX =    0.0                 !
! D5    D(3,1,5,7)            179.9992         -DE/DX =    0.0                 !
! D6    D(3,1,5,8)            -60.0008         -DE/DX =    0.0                 !
! D7    D(4,1,5,6)            -60.0007         -DE/DX =    0.0                 !
! D8    D(4,1,5,7)             59.9993         -DE/DX =    0.0                 !
! D9    D(4,1,5,8)            179.9993         -DE/DX =    0.0                 !
--------------------------------------------------------------------------------
氟
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Search for a local minimum.
Step number   1 out of a maximum of   2
All quantities printed in internal units (Hartrees-Bohrs-Radians)
Second derivative matrix not updated -- analytic derivatives used.
The second derivative matrix:
                          X1        Y1        Z1
           X1           0.00000
           Y1           0.00000   0.00000
           Z1           0.00000   0.00000   0.00000
     Eigenvalues ---
Angle between quadratic step and forces=  90.00 degrees.
Linear search not attempted -- first point.
TrRot=  0.000000  0.000000  0.000000  0.000000  0.000000  0.000000
Variable       Old X    -DE/DX   Delta X   Delta X   Delta X     New X
                                 (Linear)    (Quad)   (Total)
    X1        4.40698   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   4.40698
    Y1        0.00013   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00013
    Z1       -0.00151   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000  -0.00151
         Item               Value     Threshold  Converged?
Maximum Force            0.000000     0.000450     YES
RMS     Force            0.000000     0.000300     YES
Maximum Displacement     0.000000     0.001800     YES
RMS     Displacement     0.000000     0.001200     YES
Predicted change in Energy= 0.000000D+00
Optimization completed.
    -- Stationary point found.
甲基
                           ----------------------------
                           !   Optimized Parameters   !
                           ! (Angstroms and Degrees)  !
--------------------------                            --------------------------
! Name  Definition              Value          Derivative Info.                !
--------------------------------------------------------------------------------
! R1    R(1,2)                  1.0645         -DE/DX =    0.0                 !
! R2    R(1,3)                  1.0645         -DE/DX =    0.0                 !
! R3    R(1,4)                  1.0645         -DE/DX =    0.0                 !
! A1    A(2,1,3)              120.0            -DE/DX =    0.0                 !
! A2    A(2,1,4)              120.0            -DE/DX =    0.0                 !
! A3    A(3,1,4)              120.0            -DE/DX =    0.0                 !
! A4    L(3,1,4,2,-2)         180.003          -DE/DX =    0.0                 !
--------------------------------------------------------------------------------
一氟甲烷
                           ----------------------------
                           !   Optimized Parameters   !
                           ! (Angstroms and Degrees)  !
--------------------------                            --------------------------
! Name  Definition              Value          Derivative Info.                !
--------------------------------------------------------------------------------
! R1    R(1,2)                  1.0962         -DE/DX =    0.0003              !
! R2    R(1,3)                  1.0962         -DE/DX =    0.0003              !
! R3    R(1,4)                  1.0962         -DE/DX =    0.0003              !
! R4    R(1,5)                  1.3838         -DE/DX =   -0.0001              !
! A1    A(2,1,3)              108.2955         -DE/DX =    0.0001              !
! A2    A(2,1,4)              108.2955         -DE/DX =    0.0001              !
! A3    A(2,1,5)              110.6228         -DE/DX =   -0.0001              !
! A4    A(3,1,4)              108.2955         -DE/DX =    0.0001              !
! A5    A(3,1,5)              110.6228         -DE/DX =   -0.0001              !
! A6    A(4,1,5)              110.6228         -DE/DX =   -0.0001              !
--------------------------------------------------------------------------------
二，        寻找过渡态
                           ----------------------------
                           !   Optimized Parameters   !
                           ! (Angstroms and Degrees)  !
--------------------------                            --------------------------
! Name  Definition              Value          Derivative Info.                !
--------------------------------------------------------------------------------
! R1    R(1,2)                  1.0831         -DE/DX =    0.0                 !
! R2    R(1,3)                  1.0831         -DE/DX =    0.0                 !
! R3    R(1,4)                  1.0831         -DE/DX =    0.0                 !
! R4    R(1,5)                  1.6203         -DE/DX =    0.0                 !
! R5    R(1,6)                  2.2584         -DE/DX =    0.0                 !
! R6    R(1,7)                  2.2583         -DE/DX =    0.0                 !
! R7    R(1,8)                  2.2584         -DE/DX =    0.0                 !
! R8    R(1,9)                  2.1398         -DE/DX =    0.0                 !
! R9    R(2,5)                  2.1795         -DE/DX =    0.0                 !
! R10   R(2,9)                  2.1202         -DE/DX =    0.0                 !
! R11   R(3,5)                  2.1796         -DE/DX =    0.0                 !
! R12   R(3,9)                  2.1195         -DE/DX =    0.0                 !
! R13   R(4,5)                  2.1792         -DE/DX =    0.0                 !
! R14   R(4,9)                  2.1208         -DE/DX =    0.0                 !
! R15   R(5,6)                  1.0876         -DE/DX =    0.0                 !
! R16   R(5,7)                  1.0876         -DE/DX =    0.0                 !
! R17   R(5,8)                  1.0876         -DE/DX =    0.0                 !
! A1    A(2,1,3)              112.9329         -DE/DX =    0.0                 !
! A2    A(2,1,4)              112.9405         -DE/DX =    0.0                 !
! A3    A(3,1,4)              112.9465         -DE/DX =    0.0                 !
! A4    A(6,5,7)              107.3655         -DE/DX =    0.0                 !
! A5    A(6,5,8)              107.3665         -DE/DX =    0.0                 !
! A6    A(7,5,8)              107.3667         -DE/DX =    0.0                 !
! A7    A(2,9,3)               50.413          -DE/DX =    0.0                 !
! A8    A(2,9,4)               50.3985         -DE/DX =    0.0                 !
! A9    A(3,9,4)               50.4092         -DE/DX =    0.0                 !
--------------------------------------------------------------------------------
三，        对TS做Freq
Eigenvalue   1 out of range, new value =    0.122228 Eigenvector:
                           1
           X1           0.68637
           Y1           0.00015
           Z1           0.00011
           X2          -0.08635
           Y2           0.06332
           Z2          -0.19025
           X3          -0.08728
           Y3           0.13399
           Z3           0.15020
           X4          -0.08565
           Y4          -0.19578
           Z4           0.04062
           X5           0.10701
           Y5          -0.00006
           Z5          -0.00002
           X6           0.04510
           Y6           0.00366
           Z6          -0.01119
           X7           0.04525
           Y7           0.00771
           Z7           0.00877
           X8           0.04502
           Y8          -0.01161
           Z8           0.00232
           X9          -0.60648
           Y9          -0.00051
           Z9          -0.00024
Angle between quadratic step and forces=  21.88 degrees.
Linear search not attempted -- first point.
TrRot= -0.000017  0.000176  0.000108 -0.000033  0.000040 -0.000033
Variable       Old X    -DE/DX   Delta X   Delta X   Delta X     New X
                                 (Linear)    (Quad)   (Total)
    X1        0.30517  -0.00001   0.00000  -0.00003  -0.00005   0.30512
    Y1        0.00042   0.00000   0.00000  -0.00034  -0.00019   0.00023
    Z1        0.00033   0.00000   0.00000  -0.00028  -0.00018   0.00015
    X2       -0.24973   0.00002   0.00000   0.00024   0.00026  -0.24948
    Y2       -0.62064  -0.00007   0.00000  -0.02043  -0.02023  -0.64088
    Z2        1.86993  -0.00001   0.00000  -0.00685  -0.00674   1.86320
    X3       -0.25061   0.00002   0.00000   0.00093   0.00077  -0.24984
    Y3       -1.30782   0.00005   0.00000   0.01512   0.01531  -1.29251
    Z3       -1.47225  -0.00007   0.00000  -0.01446  -0.01434  -1.48660
    X4       -0.24866  -0.00003   0.00000  -0.00072  -0.00062  -0.24928
    Y4        1.93046   0.00002   0.00000   0.00366   0.00386   1.93431
    Z4       -0.39625   0.00006   0.00000   0.02011   0.02022  -0.37602
    X5        3.36707   0.00002   0.00000   0.00000  -0.00002   3.36705
    Y5       -0.00029   0.00002   0.00000   0.00012   0.00008  -0.00021
    Z5       -0.00019   0.00003   0.00000   0.00012   0.00009  -0.00010
    X6        4.12032  -0.00001   0.00000  -0.00002  -0.00007   4.12025
    Y6        0.64220  -0.00007   0.00000  -0.02017  -0.02026   0.62194
    Z6       -1.80129  -0.00002   0.00000  -0.00711  -0.00717  -1.80846
    X7        4.12075   0.00000   0.00000  -0.00027  -0.00014   4.12060
    Y7        1.23807   0.00004   0.00000   0.01661   0.01652   1.25459
    Z7        1.45676  -0.00006   0.00000  -0.01382  -0.01388   1.44289
    X8        4.12013   0.00000   0.00000   0.00007  -0.00006   4.12007
    Y8       -1.88141   0.00000   0.00000   0.00403   0.00393  -1.87748
    Z8        0.34374   0.00007   0.00000   0.02142   0.02136   0.36510
    X9       -3.73841  -0.00001   0.00000  -0.00005  -0.00007  -3.73847
    Y9       -0.00018   0.00001   0.00000   0.00057   0.00099   0.00081
    Z9       -0.00016   0.00001   0.00000   0.00037   0.00062   0.00046
         Item               Value     Threshold  Converged?
Maximum Force            0.000072     0.000450     YES
RMS     Force            0.000036     0.000300     YES
Maximum Displacement     0.021364     0.001800     NO
RMS     Displacement     0.010039     0.001200     NO
Predicted change in Energy=-4.550281D-06
四，        IRC分析以确认TS
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3楼2011-04-12 16:35:22
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604179362

银虫 (正式写手)
冷寂123(金币+20): 谢谢你 2011-04-18 14:45:49
做IRC啊，给你发到邮箱了
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4楼2011-04-18 12:01:40
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