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冷寂123

铁杆木虫 (著名写手)

应助: 0 (幼儿园)
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[交流] 【求助】新手，请高手帮帮忙，不甚感激

老师的作业，让计算过渡态，请高手指点。请将步骤意义说清楚，另有重谢。方程式在附件里。

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1楼 2011-04-11 21:52:04

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冷寂123

铁杆木虫 (著名写手)

应助: 0 (幼儿园)
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在线: 190.1小时
虫号: 1113694

大家看不起这么简单的问题吗？为什么没有人回应啊？

一， R,P结构优化
乙烷
                        ----------------------------
                        ! Optimized Parameters !
                        ! (Angstroms and Degrees)  !
--------------------------                         --------------------------
! Name  Definition             Value       Derivative Info.             !
--------------------------------------------------------------------------------
! R1 R(1,2)                1.086       -DE/DX = 0.0001             !
! R2 R(1,3)                1.086       -DE/DX = 0.0001             !
! R3 R(1,4)                1.086       -DE/DX = 0.0001             !
! R4 R(1,5)                1.5376       -DE/DX = 0.0                !
! R5 R(5,6)                1.0861       -DE/DX = 0.0                !
! R6 R(5,7)                1.0861       -DE/DX = 0.0                !
! R7 R(5,8)                1.0861       -DE/DX = 0.0                !
! A1 A(2,1,3)             108.173       -DE/DX = 0.0                !
! A2 A(2,1,4)             108.1734       -DE/DX = 0.0                !
! A3 A(2,1,5)             110.7399       -DE/DX = 0.0                !
! A4 A(3,1,4)             108.173       -DE/DX = 0.0                !
! A5 A(3,1,5)             110.7404       -DE/DX = 0.0                !
! A6 A(4,1,5)             110.7398       -DE/DX = 0.0                !
! A7 A(1,5,6)             110.7269       -DE/DX = 0.0                !
! A8 A(1,5,7)             110.7271       -DE/DX = 0.0                !
! A9 A(1,5,8)             110.7268       -DE/DX = 0.0                !
! A10 A(6,5,7)             108.1868       -DE/DX = 0.0                !
! A11 A(6,5,8)             108.1869       -DE/DX = 0.0                !
! A12 A(7,5,8)             108.1868       -DE/DX = 0.0                !
! D1 D(2,1,5,6)          179.9992       -DE/DX = 0.0                !
! D2 D(2,1,5,7)          -60.0008       -DE/DX = 0.0                !
! D3 D(2,1,5,8)          59.9992       -DE/DX = 0.0                !
! D4 D(3,1,5,6)          59.9992       -DE/DX = 0.0                !
! D5 D(3,1,5,7)          179.9992       -DE/DX = 0.0                !
! D6 D(3,1,5,8)          -60.0008       -DE/DX = 0.0                !
! D7 D(4,1,5,6)          -60.0007       -DE/DX = 0.0                !
! D8 D(4,1,5,7)          59.9993       -DE/DX = 0.0                !
! D9 D(4,1,5,8)          179.9993       -DE/DX = 0.0                !
--------------------------------------------------------------------------------
氟
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Search for a local minimum.
Step number 1 out of a maximum of 2
All quantities printed in internal units (Hartrees-Bohrs-Radians)
Second derivative matrix not updated -- analytic derivatives used.
The second derivative matrix:
                        X1       Y1       Z1
         X1          0.00000
         Y1          0.00000 0.00000
         Z1          0.00000 0.00000 0.00000
   Eigenvalues ---
Angle between quadratic step and forces=  90.00 degrees.
Linear search not attempted -- first point.
TrRot=  0.000000  0.000000  0.000000  0.000000  0.000000  0.000000
Variable    Old X -DE/DX Delta X Delta X Delta X    New X
                              (Linear) (Quad) (Total)
X1       4.40698 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 4.40698
Y1       0.00013 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00013
Z1    -0.00151 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000  -0.00151
      Item             Value    Threshold  Converged?
Maximum Force          0.000000    0.000450    YES
RMS    Force          0.000000    0.000300    YES
Maximum Displacement    0.000000    0.001800    YES
RMS    Displacement    0.000000    0.001200    YES
Predicted change in Energy= 0.000000D+00
Optimization completed.
-- Stationary point found.
甲基
                        ----------------------------
                        ! Optimized Parameters !
                        ! (Angstroms and Degrees)  !
--------------------------                         --------------------------
! Name  Definition             Value       Derivative Info.             !
--------------------------------------------------------------------------------
! R1 R(1,2)                1.0645       -DE/DX = 0.0                !
! R2 R(1,3)                1.0645       -DE/DX = 0.0                !
! R3 R(1,4)                1.0645       -DE/DX = 0.0                !
! A1 A(2,1,3)             120.0          -DE/DX = 0.0                !
! A2 A(2,1,4)             120.0          -DE/DX = 0.0                !
! A3 A(3,1,4)             120.0          -DE/DX = 0.0                !
! A4 L(3,1,4,2,-2)       180.003       -DE/DX = 0.0                !
--------------------------------------------------------------------------------
一氟甲烷
                        ----------------------------
                        ! Optimized Parameters !
                        ! (Angstroms and Degrees)  !
--------------------------                         --------------------------
! Name  Definition             Value       Derivative Info.             !
--------------------------------------------------------------------------------
! R1 R(1,2)                1.0962       -DE/DX = 0.0003             !
! R2 R(1,3)                1.0962       -DE/DX = 0.0003             !
! R3 R(1,4)                1.0962       -DE/DX = 0.0003             !
! R4 R(1,5)                1.3838       -DE/DX = -0.0001             !
! A1 A(2,1,3)             108.2955       -DE/DX = 0.0001             !
! A2 A(2,1,4)             108.2955       -DE/DX = 0.0001             !
! A3 A(2,1,5)             110.6228       -DE/DX = -0.0001             !
! A4 A(3,1,4)             108.2955       -DE/DX = 0.0001             !
! A5 A(3,1,5)             110.6228       -DE/DX = -0.0001             !
! A6 A(4,1,5)             110.6228       -DE/DX = -0.0001             !
--------------------------------------------------------------------------------
二，寻找过渡态
                        ----------------------------
                        ! Optimized Parameters !
                        ! (Angstroms and Degrees)  !
--------------------------                         --------------------------
! Name  Definition             Value       Derivative Info.             !
--------------------------------------------------------------------------------
! R1 R(1,2)                1.0831       -DE/DX = 0.0                !
! R2 R(1,3)                1.0831       -DE/DX = 0.0                !
! R3 R(1,4)                1.0831       -DE/DX = 0.0                !
! R4 R(1,5)                1.6203       -DE/DX = 0.0                !
! R5 R(1,6)                2.2584       -DE/DX = 0.0                !
! R6 R(1,7)                2.2583       -DE/DX = 0.0                !
! R7 R(1,8)                2.2584       -DE/DX = 0.0                !
! R8 R(1,9)                2.1398       -DE/DX = 0.0                !
! R9 R(2,5)                2.1795       -DE/DX = 0.0                !
! R10 R(2,9)                2.1202       -DE/DX = 0.0                !
! R11 R(3,5)                2.1796       -DE/DX = 0.0                !
! R12 R(3,9)                2.1195       -DE/DX = 0.0                !
! R13 R(4,5)                2.1792       -DE/DX = 0.0                !
! R14 R(4,9)                2.1208       -DE/DX = 0.0                !
! R15 R(5,6)                1.0876       -DE/DX = 0.0                !
! R16 R(5,7)                1.0876       -DE/DX = 0.0                !
! R17 R(5,8)                1.0876       -DE/DX = 0.0                !
! A1 A(2,1,3)             112.9329       -DE/DX = 0.0                !
! A2 A(2,1,4)             112.9405       -DE/DX = 0.0                !
! A3 A(3,1,4)             112.9465       -DE/DX = 0.0                !
! A4 A(6,5,7)             107.3655       -DE/DX = 0.0                !
! A5 A(6,5,8)             107.3665       -DE/DX = 0.0                !
! A6 A(7,5,8)             107.3667       -DE/DX = 0.0                !
! A7 A(2,9,3)             50.413       -DE/DX = 0.0                !
! A8 A(2,9,4)             50.3985       -DE/DX = 0.0                !
! A9 A(3,9,4)             50.4092       -DE/DX = 0.0                !
--------------------------------------------------------------------------------
三，对TS做Freq
Eigenvalue 1 out of range, new value = 0.122228 Eigenvector:
                        1
         X1          0.68637
         Y1          0.00015
         Z1          0.00011
         X2       -0.08635
         Y2          0.06332
         Z2       -0.19025
         X3       -0.08728
         Y3          0.13399
         Z3          0.15020
         X4       -0.08565
         Y4       -0.19578
         Z4          0.04062
         X5          0.10701
         Y5       -0.00006
         Z5       -0.00002
         X6          0.04510
         Y6          0.00366
         Z6       -0.01119
         X7          0.04525
         Y7          0.00771
         Z7          0.00877
         X8          0.04502
         Y8       -0.01161
         Z8          0.00232
         X9       -0.60648
         Y9       -0.00051
         Z9       -0.00024
Angle between quadratic step and forces=  21.88 degrees.
Linear search not attempted -- first point.
TrRot= -0.000017  0.000176  0.000108 -0.000033  0.000040 -0.000033
Variable    Old X -DE/DX Delta X Delta X Delta X    New X
                              (Linear) (Quad) (Total)
X1       0.30517  -0.00001 0.00000  -0.00003  -0.00005 0.30512
Y1       0.00042 0.00000 0.00000  -0.00034  -0.00019 0.00023
Z1       0.00033 0.00000 0.00000  -0.00028  -0.00018 0.00015
X2    -0.24973 0.00002 0.00000 0.00024 0.00026  -0.24948
Y2    -0.62064  -0.00007 0.00000  -0.02043  -0.02023  -0.64088
Z2       1.86993  -0.00001 0.00000  -0.00685  -0.00674 1.86320
X3    -0.25061 0.00002 0.00000 0.00093 0.00077  -0.24984
Y3    -1.30782 0.00005 0.00000 0.01512 0.01531  -1.29251
Z3    -1.47225  -0.00007 0.00000  -0.01446  -0.01434  -1.48660
X4    -0.24866  -0.00003 0.00000  -0.00072  -0.00062  -0.24928
Y4       1.93046 0.00002 0.00000 0.00366 0.00386 1.93431
Z4    -0.39625 0.00006 0.00000 0.02011 0.02022  -0.37602
X5       3.36707 0.00002 0.00000 0.00000  -0.00002 3.36705
Y5    -0.00029 0.00002 0.00000 0.00012 0.00008  -0.00021
Z5    -0.00019 0.00003 0.00000 0.00012 0.00009  -0.00010
X6       4.12032  -0.00001 0.00000  -0.00002  -0.00007 4.12025
Y6       0.64220  -0.00007 0.00000  -0.02017  -0.02026 0.62194
Z6    -1.80129  -0.00002 0.00000  -0.00711  -0.00717  -1.80846
X7       4.12075 0.00000 0.00000  -0.00027  -0.00014 4.12060
Y7       1.23807 0.00004 0.00000 0.01661 0.01652 1.25459
Z7       1.45676  -0.00006 0.00000  -0.01382  -0.01388 1.44289
X8       4.12013 0.00000 0.00000 0.00007  -0.00006 4.12007
Y8    -1.88141 0.00000 0.00000 0.00403 0.00393  -1.87748
Z8       0.34374 0.00007 0.00000 0.02142 0.02136 0.36510
X9    -3.73841  -0.00001 0.00000  -0.00005  -0.00007  -3.73847
Y9    -0.00018 0.00001 0.00000 0.00057 0.00099 0.00081
Z9    -0.00016 0.00001 0.00000 0.00037 0.00062 0.00046
      Item             Value    Threshold  Converged?
Maximum Force          0.000072    0.000450    YES
RMS    Force          0.000036    0.000300    YES
Maximum Displacement    0.021364    0.001800    NO
RMS    Displacement    0.010039    0.001200    NO
Predicted change in Energy=-4.550281D-06
四， IRC分析以确认TS