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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 【求助】关于转录因子结合点的PWM
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yanruoke

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助】关于转录因子结合点的PWM

看到文献中转录因子结合启动子的motif以PWM形式给出，有图给出PWM的形式：数个碱基（A T C G）排成一列，我的问题是为什么有的位置的碱基，如 T ，画的很大，并且单独占个位置，而有的位置的 碱基画的很小，并且是两个碱基上下叠起来，占一个位置？此地的物理意义是？

先行谢过
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1楼 2011-04-09 16:31:27
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genomelin

银虫 (小有名气)
what’s your meaning ?Seq logo?
Each pos. in logo stands for the pos of aligned promoter seq.
So this graph show the detail proportion of the each base in core promoter seq
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2楼2011-04-09 16:53:45
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yanruoke

银虫 (正式写手)
reasonspare: 补充一下，这个图给信息，你可以通过MEME 软件，获得，这是对保守性片段的非常直观有效的图表分析。 2011-04-14 11:41:46
引用回帖:
Originally posted by genomelin at 2011-04-09 16:53:45:
what’s your meaning ?Seq logo?
Each pos. in logo stands for the pos of aligned promoter seq.
So this graph show the detail proportion of the each base in core promoter seq

genomelin 你好，我贴了一个图的，这个例子里 T 很大，C 较小，我大概知道是不同碱基在 sequence 中所占的比例，可详细说下吗
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3楼2011-04-10 16:51:35
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genomelin

银虫 (小有名气)
yanruoke(金币+5): thanks 2011-04-13 16:28:47
the height of symbols within the stack indicates the relative frequency (relative proportion and conserved property) of each amino or nucleic acid at that position.

Check the Detail formula with paper ' Sequence Logos: A New Way to Display Consensus Sequences'--the original seq logos publication.
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4楼2011-04-12 20:05:39
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yanruoke

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by genomelin at 2011-04-12 20:05:39:
the height of symbols within the stack indicates the relative frequency (relative proportion and conserved property) of each amino or nucleic acid at that position.

Check the Detail formula with ...

genomelin， thanks a lot

顺便问下，转录因子和对应的binding site 结合时，我估计了两种方式：第一种是先结合一个base,然后向前滑动，渐次结合到这个motif的其他base上，结合的所有base构成上图中的motif。 这个猜测是因为看到文献上有些示意图是：转录因子画的较小，和一个base 占的空位差不多，不可能同时和数个nucleic acid 结合。


第二种结合方式是转录因子直接和组成motif的所有base结合。一个转录因子的体积足以覆盖数个nucleic acid。

请问哪个猜测符合实际？
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5楼2011-04-13 16:38:40
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genomelin

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
reasonspare(金币+2): 谢谢分享 2011-04-14 11:40:16
引用回帖:
Originally posted by yanruoke at 2011-04-13 16:38:40:
genomelin， thanks a lot

顺便问下，转录因子和对应的binding site 结合时，我估计了两种方式：第一种是先结合一个base,然后向前滑动，渐次结合到这个motif的其他base上，结合的所有base构成上图中的motif。 ...

呵呵，既然是示意图就不能太当真
我没做过这个DNA-pr结合方面的东西，所以以下说的都是看文章或者是我脑子里有点印象的，不一定完全正确：可能是转录因子先与DNA接触，半结合后触发构象改变，使得结构更加稳定，因此应该是与区域DNA的结合，结合后吸引其他蛋白或者改变局域的DNA构象（例如核小体解离）
所以我倾向于第二种

关于DNA与蛋白结合，前年看过一个science上的文章，说的是核小体与蛋白结合的时候，可以依靠DNA双链小沟上的负电性，吸引核小体上的精氨酸残基，当序列中AT多时，小沟更加狭窄，因此负电性更强；这可能也是一个因素吧
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6楼2011-04-13 22:19:09
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yanruoke

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by genomelin at 2011-04-13 22:19:09:
呵呵，既然是示意图就不能太当真
我没做过这个DNA-pr结合方面的东西，所以以下说的都是看文章或者是我脑子里有点印象的，不一定完全正确：可能是转录因子先与DNA接触，半结合后触发构象改变，使得结构更加稳定 ...

呵呵，thanks
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7楼2011-04-14 21:28:04
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