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【求助】关于转录因子结合点的PWM
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看到文献中转录因子结合启动子的motif以PWM形式给出，有图给出PWM的形式：数个碱基（A T C G）排成一列，我的问题是为什么有的位置的碱基，如 T ，画的很大，并且单独占个位置，而有的位置的 碱基画的很小，并且是两个碱基上下叠起来，占一个位置？此地的物理意义是？ 先行谢过 |
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
reasonspare(金币+2): 谢谢分享 2011-04-14 11:40:16
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
reasonspare(金币+2): 谢谢分享 2011-04-14 11:40:16
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呵呵，既然是示意图就不能太当真 我没做过这个DNA-pr结合方面的东西，所以以下说的都是看文章或者是我脑子里有点印象的，不一定完全正确：可能是转录因子先与DNA接触，半结合后触发构象改变，使得结构更加稳定，因此应该是与区域DNA的结合，结合后吸引其他蛋白或者改变局域的DNA构象（例如核小体解离） 所以我倾向于第二种 关于DNA与蛋白结合，前年看过一个science上的文章，说的是核小体与蛋白结合的时候，可以依靠DNA双链小沟上的负电性，吸引核小体上的精氨酸残基，当序列中AT多时，小沟更加狭窄，因此负电性更强；这可能也是一个因素吧 |
6楼2011-04-13 22:19:09
2楼2011-04-09 16:53:45
3楼2011-04-10 16:51:35
yanruoke(金币+5): thanks 2011-04-13 16:28:47
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the height of symbols within the stack indicates the relative frequency (relative proportion and conserved property) of each amino or nucleic acid at that position. Check the Detail formula with paper ' Sequence Logos: A New Way to Display Consensus Sequences'--the original seq logos publication. |
4楼2011-04-12 20:05:39