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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » QE(Pwscf) » 【分享】PWscf 4.3正式版发布
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souledge

专家顾问 (著名写手)

[交流] 【分享】PWscf 4.3正式版发布 已有8人参与

在一周以前发布了4.3b后，昨天就发布了4.3正式版了。没想到4.3版居然挑在昨天（4.1）发布……
先上图，偶居然抢了个全球前十名的下载……

查看了一下源码包内容，跟4.3a和4.3b相比，QHA还是最终又加在里面了，一直都怕QHA会消失～因为自己不会写Fortran来实现QHA的功能……不过，QHA包并没有任何的升级，还是只能算少有的几个布喇菲格子：
引用回帖:
case $ibrav  in

0)   echo "You should know about the symmetry of a system you study"
     exit ;;
1)   cp $QHA_DIR/tetrahedra/ttrinp_sc ./ttrinp  ;;
2)   cp $QHA_DIR/tetrahedra/ttrinp_fcc ./ttrinp ;;
3)   cp $QHA_DIR/tetrahedra/ttrinp_bcc ./ttrinp ;;
4)   c2a1=`head -1 $FC_file | cut -c 36-44`
     c2a=`echo "scale=8;$c2a1/2" | bc -l`
     sed 's/X/'$c2a'/g' $QHA_DIR/tetrahedra/ttrinp_hcp > ./ttrinp ;;
5)   echo "Trigonal R: not implemented yet"
     exit ;;
6)   c2a1=`head -1 $FC_file | cut -c 36-44`
     c2a=`echo "scale=8;$c2a1/2" | bc -l`
     echo $c2a
     sed 's/X/'$c2a'/g' $QHA_DIR/tetrahedra/ttrinp_stetra > ./ttrinp ;;
7)   echo "Running script instruction:"
     echo "See instructions in $QHA_DIR/tetrahedra/ttrinp_bct file to setup tetrahedra vertecies for c/a<1"
     echo "Then comment exit line by #"
     echo "And uncomment the next line"
     exit;;
#    cp $QHA_DIR/tetrahedra/ttrinp_bct ./ttrinp ;;
8)   b2a1=`head -1 $FC_file | cut -c 25-33`
     c2a1=`head -1 $FC_file | cut -c 36-44`
     b2a=`echo "scale=8;$b2a1/2" |bc -l`
     c2a=`echo "scale=8;$c2a1/2" |bc -l`
     sed 's/YY/'$b2a'/g' $QHA_DIR/tetrahedra/ttrinp_ortho_simple > ttrinp1
     sed 's/ZZ/'$c2a'/g' ttrinp1 > ./ttrinp
     rm -f ttrinp1;;
9)   echo "Orthorhombic base centered: not implemented yet"
     exit ;;
10)  echo "Orthorhombic face centered: not implemented yet"
     exit ;;
11)  echo "Orthorhombic body centered: not implemented yet"
     exit ;;
12)  echo "Monoclinic P: not implemented yet"
     exit ;;
13)  echo "Monoclinic base centered: not implemented yet"
     exit ;;
14)  echo "Triclinic: not implemented yet"
     exit ;;
esac

而TD-DFPT最终如愿以偿的加入在了4.3正式版的软件包中，如4.3a和4.3b一样，还是Beta 1版，不支持多K点的计算（也就是只能选择K_POINTS {gamma}才可以计算激发态）。
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思想重于技巧，内涵重于表象
1楼 2011-04-02 00:40:38
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jiaoxianbing
2楼2011-04-02 00:41:43
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souledge

专家顾问 (著名写手)
顺便，有人用过PLUMED么？看了一下说明，是基于分子动力学的自由能计算插件，一般是依附于分子动力学模拟软件，比如LAMMPS的，但是同时PLUMED也支持从pw.x中进行从头算的分子动力学模拟求自由能。
如果是用分子动力学来求自由能，那理论上应该不像QHA那样有结构限制吧……
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思想重于技巧，内涵重于表象
3楼2011-04-02 00:51:52
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goldenfisher

金虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
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sunyang1988(金币+3): 感谢分享 2011-04-02 21:10:09
今天受到了Paolo在mailist里面的信，给大家看看，了解一下新功能。Paolo私下告诉我下一步Pwscf发展的重点就是分子动力学，到时候会把最近的分子动力学进展比如langevin molecular dynamics加进去。
Version 4.3 of the Quantum ESPRESSO distribution is available for
download from the website http:​//www.quantum​-espresso.org . This
release contains the following improvements over previous versions:

* vdW-DF - Dispersion interactions (van der Waals) with nonlocal
functional
  in PWscf (Brian Kolb, Timo Thonhauser, Riccardo Sabatini, SdG)
* New package TDDFPT for calculations of spectra using Time-Dependent
  Density-Functional Perturbation Theory (SB, Ralph Gebauer, Baris
Malcioglu,
  Dario Rocca, Brent Walker)
* Additions to projwfc: k-resolved DOS, LDOS integrated in selected
  real-space regions
* Constant-volume variable-cell optimization
* Non-colinear and spin-orbit PAW
* CP only, experimental: ​parallelizati​on over Kohn-Sham states
* CP only, experimental: penalty functional technique in DFT+U
calculations

Note the following major change:

* code pw.x no longer performs NEB ​calculations.​ NEB is now computed
  by a separate code, NEB/neb.x . NEB-specific variables are no longer
  read by pw.x; they are read by neb.x after all pw.x variables
* NEB for cp.x no longer available

For other minor improvements, changes, bug fixes, see file
Doc/release-notes

Everybody who is using the Quantum-ESPRESSO distribution is encouraged
to upgrade and to report problems to the mailing list.

The Quantum ESPRESSO group
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4楼2011-04-02 21:09:21
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goldenfisher

金虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+1): 谢谢指教 2011-04-02 23:42:32
引用回帖:
Originally posted by souledge at 2011-04-02 00:51:52:
顺便，有人用过PLUMED么？看了一下说明，是基于分子动力学的自由能计算插件，一般是依附于分子动力学模拟软件，比如LAMMPS的，但是同时PLUMED也支持从pw.x中进行从头算的分子动力学模拟求自由能。
如果是用分子动 ...

PLUMED主要还是做metadynamics的，这是一种从自由能角度出发找最优结构的方法，还是不错。
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5楼2011-04-02 21:23:05
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souledge

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by goldenfisher at 2011-04-02 21:09:21:
今天受到了Paolo在mailist里面的信，给大家看看，了解一下新功能。Paolo私下告诉我下一步Pwscf发展的重点就是分子动力学，到时候会把最近的分子动力学进展比如langevin molecular dynamics加进去。
Version 4.3  ...

哦？重点转到Ab-initio MD么？MD就是另一套理论体系了，好处是可以算更多的宏观量，缺点是看起来很玄乎的数据少了……哈哈~
看来QE有像MS、MedeA那样搞成综合软件的趋势比较重了~
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思想重于技巧，内涵重于表象
6楼2011-04-02 22:39:20
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goldenfisher

金虫 (著名写手)
★
zzy870720z(金币+1): 鼓励交流 2011-04-04 08:50:14
引用回帖:
Originally posted by souledge at 2011-04-02 22:39:20:
哦？重点转到Ab-initio MD么？MD就是另一套理论体系了，好处是可以算更多的宏观量，缺点是看起来很玄乎的数据少了……哈哈~
看来QE有像MS、MedeA那样搞成综合软件的趋势比较重了~

那倒不是，既然动力学都是基于DFT做的，其实不需要额外多做什么工作。不像MS，那都是很多软件合在一起的。
MD现在需求也很紧迫啊，随着研究的深入，MD肯定会成为关注的重点。
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7楼2011-04-03 21:33:21
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souledge

专家顾问 (著名写手)
★ ★
zzy870720z(金币+2): 鼓励交流讨论 2011-04-04 08:50:27
引用回帖:
Originally posted by goldenfisher at 2011-04-03 21:33:21:
那倒不是，既然动力学都是基于DFT做的，其实不需要额外多做什么工作。不像MS，那都是很多软件合在一起的。
MD现在需求也很紧迫啊，随着研究的深入，MD肯定会成为关注的重点。

不过似乎MD更耗时间吧，动不动的几百步一折腾……
这几天看到实验室一个快毕业的师兄，用MedeA（D版，只能在XP下支持单核运行……）计算热力学数据，居然只拟合了EOS，然后计算了总能，再加两个不知道从哪儿来的参数，居然就计算出了Gibbs自由能~
其中用到的几个公式没有见过，但是至少知道有一个公式用的不对~估计是翻别人热力学、统计热力学相关的论文拼出来的一个个的公式吧……总感觉怪怪的，似乎从头算的人都是在用声子对热力学数据进行计算吧，或者就干脆MD……
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思想重于技巧，内涵重于表象
8楼2011-04-03 23:45:06
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hsyxyz123

木虫 (著名写手)
太专业了。看不懂。
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9楼2011-04-04 00:32:56
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goldenfisher

金虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+1): 鼓励讨论 2011-04-04 13:47:19
引用回帖:
Originally posted by souledge at 2011-04-03 23:45:06:
不过似乎MD更耗时间吧，动不动的几百步一折腾……
这几天看到实验室一个快毕业的师兄，用MedeA（D版，只能在XP下支持单核运行……）计算热力学数据，居然只拟合了EOS，然后计算了总能，再加两个不知道从哪儿来 ...

从声子出发只是其中一条路，而且涉及到准简谐近似的限制。从分子动力学出发不一样，可以得到很多很多热力学性质。MD却是耗时，要不然也不会发展更加优化高效的方法了。这些都是相对的，涉及到热力学平衡的问题，就必然涉及到动力学问题。
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10楼2011-04-04 12:50:59
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