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souledge

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[交流] 【分享】PWscf 4.3正式版发布 已有8人参与

在一周以前发布了4.3b后,昨天就发布了4.3正式版了。没想到4.3版居然挑在昨天(4.1)发布……
先上图,偶居然抢了个全球前十名的下载……

查看了一下源码包内容,跟4.3a和4.3b相比,QHA还是最终又加在里面了,一直都怕QHA会消失~因为自己不会写Fortran来实现QHA的功能……不过,QHA包并没有任何的升级,还是只能算少有的几个布喇菲格子:
引用回帖:
case $ibrav  in

0)   echo "You should know about the symmetry of a system you study"
     exit ;;
1)   cp $QHA_DIR/tetrahedra/ttrinp_sc ./ttrinp  ;;
2)   cp $QHA_DIR/tetrahedra/ttrinp_fcc ./ttrinp ;;
3)   cp $QHA_DIR/tetrahedra/ttrinp_bcc ./ttrinp ;;
4)   c2a1=`head -1 $FC_file | cut -c 36-44`
     c2a=`echo "scale=8;$c2a1/2" | bc -l`
     sed 's/X/'$c2a'/g' $QHA_DIR/tetrahedra/ttrinp_hcp > ./ttrinp ;;
5)   echo "Trigonal R: not implemented yet"
     exit ;;
6)   c2a1=`head -1 $FC_file | cut -c 36-44`
     c2a=`echo "scale=8;$c2a1/2" | bc -l`
     echo $c2a
     sed 's/X/'$c2a'/g' $QHA_DIR/tetrahedra/ttrinp_stetra > ./ttrinp ;;
7)   echo "Running script instruction:"
     echo "See instructions in $QHA_DIR/tetrahedra/ttrinp_bct file to setup tetrahedra vertecies for c/a<1"
     echo "Then comment exit line by #"
     echo "And uncomment the next line"
     exit;;
#    cp $QHA_DIR/tetrahedra/ttrinp_bct ./ttrinp ;;
8)   b2a1=`head -1 $FC_file | cut -c 25-33`
     c2a1=`head -1 $FC_file | cut -c 36-44`
     b2a=`echo "scale=8;$b2a1/2" |bc -l`
     c2a=`echo "scale=8;$c2a1/2" |bc -l`
     sed 's/YY/'$b2a'/g' $QHA_DIR/tetrahedra/ttrinp_ortho_simple > ttrinp1
     sed 's/ZZ/'$c2a'/g' ttrinp1 > ./ttrinp
     rm -f ttrinp1;;
9)   echo "Orthorhombic base centered: not implemented yet"
     exit ;;
10)  echo "Orthorhombic face centered: not implemented yet"
     exit ;;
11)  echo "Orthorhombic body centered: not implemented yet"
     exit ;;
12)  echo "Monoclinic P: not implemented yet"
     exit ;;
13)  echo "Monoclinic base centered: not implemented yet"
     exit ;;
14)  echo "Triclinic: not implemented yet"
     exit ;;
esac

而TD-DFPT最终如愿以偿的加入在了4.3正式版的软件包中,如4.3a和4.3b一样,还是Beta 1版,不支持多K点的计算(也就是只能选择K_POINTS {gamma}才可以计算激发态)。
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souledge

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顺便,有人用过PLUMED么?看了一下说明,是基于分子动力学的自由能计算插件,一般是依附于分子动力学模拟软件,比如LAMMPS的,但是同时PLUMED也支持从pw.x中进行从头算的分子动力学模拟求自由能。
如果是用分子动力学来求自由能,那理论上应该不像QHA那样有结构限制吧……
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3楼2011-04-02 00:51:52
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souledge

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引用回帖:
Originally posted by goldenfisher at 2011-04-02 21:09:21:
今天受到了Paolo在mailist里面的信,给大家看看,了解一下新功能。Paolo私下告诉我下一步Pwscf发展的重点就是分子动力学,到时候会把最近的分子动力学进展比如langevin molecular dynamics加进去。
Version 4.3  ...

哦?重点转到Ab-initio MD么?MD就是另一套理论体系了,好处是可以算更多的宏观量,缺点是看起来很玄乎的数据少了……哈哈~
看来QE有像MS、MedeA那样搞成综合软件的趋势比较重了~
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6楼2011-04-02 22:39:20
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souledge

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★ ★
zzy870720z(金币+2): 鼓励交流讨论 2011-04-04 08:50:27
引用回帖:
Originally posted by goldenfisher at 2011-04-03 21:33:21:
那倒不是,既然动力学都是基于DFT做的,其实不需要额外多做什么工作。不像MS,那都是很多软件合在一起的。
MD现在需求也很紧迫啊,随着研究的深入,MD肯定会成为关注的重点。

不过似乎MD更耗时间吧,动不动的几百步一折腾……
这几天看到实验室一个快毕业的师兄,用MedeA(D版,只能在XP下支持单核运行……)计算热力学数据,居然只拟合了EOS,然后计算了总能,再加两个不知道从哪儿来的参数,居然就计算出了Gibbs自由能~
其中用到的几个公式没有见过,但是至少知道有一个公式用的不对~估计是翻别人热力学、统计热力学相关的论文拼出来的一个个的公式吧……总感觉怪怪的,似乎从头算的人都是在用声子对热力学数据进行计算吧,或者就干脆MD……
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8楼2011-04-03 23:45:06
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引用回帖:
Originally posted by goldenfisher at 2011-04-04 12:50:59:
从声子出发只是其中一条路,而且涉及到准简谐近似的限制。从分子动力学出发不一样,可以得到很多很多热力学性质。MD却是耗时,要不然也不会发展更加优化高效的方法了。这些都是相对的,涉及到热力学平衡的问题, ...

俺做计算都是拿自己的电脑折腾的,老板不给提供电脑~要是跑MD,估计都不知道哪辈子能毕业了……
其实声子计算也很痛苦啊……慢得要死~在PW中跑声子是速度慢,在CASTEP中跑声子是狂占内存……
现在在忙着找Gibbs自由能的定义,该怎么从声子计算得出的那几个热力学量计算出来……
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11楼2011-04-04 14:10:28
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souledge

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★ ★
zzy870720z(金币+2): 谢谢提供信息,GIBBS可以得到很多热学量的,但是对有些体系不太实用,比如弱相互作用的体系 2011-04-05 13:23:20
引用回帖:
Originally posted by goldenfisher at 2011-04-04 21:42:06:
注意一个词:简谐近似,你就可以明白所有的道理了

刚刚发现,同学使用的计算自由能的方法是比着MedeA中一个组件GIBBS在CPC上发表的文章,自己做的excel计算的,中间在拟合及数据处理上都存在一定问题。
但是突然发现CPC上直接提供GIBBS程序的源码包,并且带有编译好的二进制文件,只要能下载CPC文章的就可以下载该包。
该包只适用于Linux和UNIX系统,这对于使用PWscf的来说足够了。
软件使用非常简单,完全可以与pw.x联合起来使用,对于不超过10个原子的体系,估计在很普通的电脑上,都能半小时内得到一批热力学数据。
GIBBS软件的计算精度不清楚,懒得找文章测试了~有兴趣的可以试一下~
CPC的含义:Computer Physics Communications,地址:http://www.elsevier.com/locate/cpc
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13楼2011-04-04 23:28:03
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ellsaking(金币+1): 谢谢交流 2011-04-05 18:52:51
zzy版主似乎对GIBBS这个程序比较了解啊,俺以前还真没听说过准简谐德拜模型,可以不通过声子就计算热力学性能的,对适用范围就更糊涂了~如果zzy版主有兴趣,能不能多介绍介绍这个方法啊?
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14楼2011-04-05 17:53:47
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franch(金币+1): 加油加油,, 哈哈 2011-04-08 17:02:27
引用回帖:
Originally posted by zzy870720z at 2011-04-06 00:09:00:
我听说过,身边有个同学做过一些,发现对氢键的系统不是特别好,呵呵
最近用不上,也没研究,就是提个观点,大家交流交流

我不得不承认,GIBBS里的那个参考能量值参数,相当折磨人……尤其要计算一批固溶体时,固定住能量参考,有时出的结果都是几万kJ/mol,吓死人的……
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16楼2011-04-07 22:18:38
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