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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 量化新手直通车 » 【求助】用qst3算过渡态前需要对应三方面的原子序数，大家有什么好的经验没有
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书万里

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】用qst3算过渡态前需要对应三方面的原子序数，大家有什么好的经验没有

初次寻找过渡态，用qst3时，感觉对应甲基上的氢原子十分困难。我是用gv打开三个分子后后一个个对应。不知大家是怎样做的，万望赐教。
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1楼 2011-04-01 21:41:25
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aimonkey

金虫 (正式写手)
★
书万里(金币+1):谢谢参与
书万里(金币+4): 金币虽少，谨表我心。首次问的三个问题都是兄弟你回答的。 2011-04-03 19:37:50
你的三个分子的顺序是怎样的
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2楼2011-04-03 16:58:05
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pfabc0826

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
1.用GV绘出过渡态的构型（gjf文件），保存一下。
2.打开刚刚的过渡态文件，调整到初始构型和产物构型分别保存为gjf，这样就得到3个gjf文件。
3.以初始构型的gjf文件为基础依次将过渡态和产物构型复制粘贴过来（粘贴时选第一项），这样三个构型应该有一致的编号了。然后在执行calcualte---------gaussian calculation setup...进行设置保存即可。
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3楼2011-04-25 22:26:51
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jjww0001

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by aimonkey at 2011-04-03 16:58:05:
你的三个分子的顺序是怎样的

是否输入分子的次序对过渡态优化有很大的影响？我输入构型的次序一般是反应物、产物、过渡态。
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4楼2011-04-26 07:01:13
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yemiaoqiang

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by pfabc0826 at 2011-04-25 22:26:51:
1.用GV绘出过渡态的构型（gjf文件），保存一下。
2.打开刚刚的过渡态文件，调整到初始构型和产物构型分别保存为gjf，这样就得到3个gjf文件。
3.以初始构型的gjf文件为基础依次将过渡态和产物构型复制粘贴过来（ ...

但是，反应物和产物不是要经过优化吗？您这样，会不会有影响啊？我不是很懂，谢谢！
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5楼2011-04-27 21:37:52
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recoli

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
三个态的结构不都是你自己画出来的吗，从最开始的时候注意保持一致就行了。

如果开始嫌麻烦，反应物画一下，产物另外画一下，那后面要对应起来就要花更多精力了。
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6楼2011-04-28 04:50:03
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书万里

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by recoli at 2011-04-28 04:50:03:
三个态的结构不都是你自己画出来的吗，从最开始的时候注意保持一致就行了。

如果开始嫌麻烦，反应物画一下，产物另外画一下，那后面要对应起来就要花更多精力了。

好   明白。真是这样
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7楼2011-04-28 09:24:26
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
用UltraEdit分别打开三个文件（产物，过渡态，产物），然后把分子坐标部分复制粘贴到EXCEL中，对原子名称做按字母名称排列，然后再把排序好的分子坐标粘贴回输入文件中。至少我是这么做的。
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8楼2012-10-19 10:45:43
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