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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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书万里

木虫 (著名写手)


[交流] 【求助】用qst3算过渡态前需要对应三方面的原子序数,大家有什么好的经验没有

初次寻找过渡态,用qst3时,感觉对应甲基上的氢原子十分困难。我是用gv打开三个分子后后一个个对应。不知大家是怎样做的,万望赐教。
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aimonkey

金虫 (正式写手)



书万里(金币+1):谢谢参与
书万里(金币+4): 金币虽少,谨表我心。首次问的三个问题都是兄弟你回答的。 2011-04-03 19:37:50
你的三个分子的顺序是怎样的
2楼2011-04-03 16:58:05
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pfabc0826

金虫 (小有名气)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
1.用GV绘出过渡态的构型(gjf文件),保存一下。
2.打开刚刚的过渡态文件,调整到初始构型和产物构型分别保存为gjf,这样就得到3个gjf文件。
3.以初始构型的gjf文件为基础依次将过渡态和产物构型复制粘贴过来(粘贴时选第一项),这样三个构型应该有一致的编号了。然后在执行calcualte---------gaussian calculation setup...进行设置保存即可。
3楼2011-04-25 22:26:51
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jjww0001

金虫 (小有名气)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by aimonkey at 2011-04-03 16:58:05:
你的三个分子的顺序是怎样的

是否输入分子的次序对过渡态优化有很大的影响?我输入构型的次序一般是反应物、产物、过渡态。
4楼2011-04-26 07:01:13
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yemiaoqiang

铜虫 (初入文坛)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by pfabc0826 at 2011-04-25 22:26:51:
1.用GV绘出过渡态的构型(gjf文件),保存一下。
2.打开刚刚的过渡态文件,调整到初始构型和产物构型分别保存为gjf,这样就得到3个gjf文件。
3.以初始构型的gjf文件为基础依次将过渡态和产物构型复制粘贴过来( ...

但是,反应物和产物不是要经过优化吗?您这样,会不会有影响啊?我不是很懂,谢谢!
5楼2011-04-27 21:37:52
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recoli

金虫 (正式写手)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
三个态的结构不都是你自己画出来的吗,从最开始的时候注意保持一致就行了。

如果开始嫌麻烦,反应物画一下,产物另外画一下,那后面要对应起来就要花更多精力了。
6楼2011-04-28 04:50:03
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书万里

木虫 (著名写手)


引用回帖:
Originally posted by recoli at 2011-04-28 04:50:03:
三个态的结构不都是你自己画出来的吗,从最开始的时候注意保持一致就行了。

如果开始嫌麻烦,反应物画一下,产物另外画一下,那后面要对应起来就要花更多精力了。

好   明白。真是这样
7楼2011-04-28 09:24:26
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
用UltraEdit分别打开三个文件(产物,过渡态,产物),然后把分子坐标部分复制粘贴到EXCEL中,对原子名称做按字母名称排列,然后再把排序好的分子坐标粘贴回输入文件中。至少我是这么做的。
8楼2012-10-19 10:45:43
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