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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】在MS中如何定量描述所建分子的极性？偶极矩可以算吗？
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nancy-jj

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】在MS中如何定量描述所建分子的极性？偶极矩可以算吗？

在MS中如何定量描述所建分子的极性？分子的极性和偶极矩有关，偶极矩可以算吗？用哪个模块呢？大家帮忙~~先谢啦~~
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1楼 2011-03-22 11:28:36
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sushuo

铜虫 (小有名气)
★
zzy870720z(金币+1): 谢谢提示 2011-03-29 10:48:23
nancy-jj(金币+20): 2011-03-29 17:07:52
可以算，VAMP、Dmol、QSAR模块里都可以计算偶极距
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2楼2011-03-29 09:42:52
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nancy-jj

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by sushuo at 2011-03-29 09:42:52:
可以算，VAMP、Dmol、QSAR模块里都可以计算偶极距

请问你算过吗？具体怎么算呢？是不是输出文献里不是直接的偶极矩值？请指教，O(∩_∩)O谢谢 用算出的这个偶极矩能定量表示分子的极性吗?
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3楼2011-03-29 17:07:35
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sushuo

铜虫 (小有名气)
★ ★
zzy870720z(金币+2): 谢谢建议 2011-03-31 17:14:41
引用回帖:
Originally posted by nancy-jj at 2011-03-29 17:07:35:
请问你算过吗？具体怎么算呢？是不是输出文献里不是直接的偶极矩值？请指教，O(∩_∩)O谢谢 用算出的这个偶极矩能定量表示分子的极性吗?

采用QSAR模块可以大批量的计算分子的偶极距值，以及偶极距在x、y、z三个方向的分量。可以定量描述。“Total dipole” ，其中以Dmol3计算的最为准确。 你可以从Help中搜索关键词“dipole”，可以找到相关的大量信息。
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4楼2011-03-31 14:36:49
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franch

版主 (著名写手)
nancy-jj(金币+1): O(∩_∩)O~ 2011-04-25 16:43:16
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5楼2011-04-06 09:13:39
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zh542784015

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
为什么不用AIMALL试试呢，数据可以直接出来，比较方便的。
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6楼2011-11-11 11:48:15
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白玉浴血

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by sushuo at 2011-03-31 14:36:49
采用QSAR模块可以大批量的计算分子的偶极距值，以及偶极距在x、y、z三个方向的分量。可以定量描述。“Total dipole” ，其中以Dmol3计算的最为准确。 你可以从Help中搜索关键词“dipole”，可以找到相关的大量信息 ...

Charge partitioning by Hirshfeld method: (   0.00333)
  C     1 charge                          -0.0281
          dipoles x,y,z  [au]             -0.0362   -0.0117   -0.0103
  C     2 charge                          -0.0339
          dipoles x,y,z  [au]             -0.0171   -0.0355   -0.0031
  C     3 charge                          -0.0295
          dipoles x,y,z  [au]              0.0316   -0.0128    0.0111
  C     4 charge                           0.0067
          dipoles x,y,z  [au]              0.0363    0.0037    0.0124
  C     5 charge                          -0.0288
          dipoles x,y,z  [au]              0.0161    0.0263    0.0030
  C     6 charge                          -0.0349
          dipoles x,y,z  [au]             -0.0264    0.0274   -0.0119
  C     7 charge                          -0.0025
          dipoles x,y,z  [au]             -0.0660    0.0318   -0.0206
  C     8 charge                          -0.0487
          dipoles x,y,z  [au]              0.0597   -0.0272    0.0199
  C     9 charge                           0.1793
          dipoles x,y,z  [au]              0.0234   -0.0675    0.0074
  O    10 charge                          -0.2840
          dipoles x,y,z  [au]             -0.0478   -0.1334   -0.0156
  O    11 charge                          -0.1785
          dipoles x,y,z  [au]              0.0073    0.1601    0.0025
  H    12 charge                           0.0466
          dipoles x,y,z  [au]             -0.1358   -0.0352   -0.0423
  H    13 charge                           0.0461
          dipoles x,y,z  [au]             -0.0427   -0.1402   -0.0022
  H    14 charge                           0.0438
          dipoles x,y,z  [au]              0.0787   -0.1120    0.0367
  H    15 charge                           0.0454
          dipoles x,y,z  [au]              0.0356    0.1409    0.0002
  H    16 charge                           0.0466
          dipoles x,y,z  [au]             -0.0936    0.1061   -0.0398
  H    17 charge                           0.0449
          dipoles x,y,z  [au]             -0.0009    0.1324   -0.0015
  H    18 charge                           0.0430
          dipoles x,y,z  [au]             -0.0080   -0.1427   -0.0033
  H    19 charge                           0.1708
          dipoles x,y,z  [au]              0.1860    0.0751    0我这是用Dmol得出来的，请问这个分子的偶极矩是不是最上面的0.00333
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7楼2015-03-19 21:10:28
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小竹子AA

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8楼2016-01-23 12:35:42
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分子模拟新手

新虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请问楼主，用Dmol模块如何操作呢，我看help知道计算过程，可是分析在哪呢

发自小木虫Android客户端
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9楼2018-08-29 14:22:35
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hm2003

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by sushuo at 2011-03-31 14:36:49
采用QSAR模块可以大批量的计算分子的偶极距值，以及偶极距在x、y、z三个方向的分量。可以定量描述。“Total dipole” ，其中以Dmol3计算的最为准确。 你可以从Help中搜索关键词“dipole”，可以找到相关的大量信息 ...

请问详细步骤是啥，看了帮助文件，仍然没有解决，定义两极时build electrode不成功，帮忙解决，大量金币奉送
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10楼2019-01-16 17:32:12
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Yfeel

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
9楼: Originally posted by 分子模拟新手 at 2018-08-29 14:22:35
请问楼主，用Dmol模块如何操作呢，我看help知道计算过程，可是分析在哪呢

请问下计算过程式是怎么个啊，我看了下没咋看懂呢
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11楼2019-06-11 21:15:49
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