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【求助/交流】求助环境样品PCR技术
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xp198766
铁杆木虫
(著名写手)
MolEPI: 1
应助: 5
(幼儿园)
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帖子: 2193
在线: 554小时
虫号: 1046859
[交流]
【求助/交流】求助环境样品PCR技术
我有一组环境样品,想扩增其16S基因序列,再做大量克隆,重现样品中各物种的原始组成状况。我用的是巢式PCR,先后用两对引物来扩增,结果跑胶条带很亮。
我的问题是:环境样品,肯定会存在里面物种DNA含量差异的问题,如果我的样品中某一物种的DNA量非常少,在经过PCR放大之后,会不会对原始DNA组成造成很大的破坏。
例如,如果样品中,物种A含量为1,B的含量为100(比值为1:100)那么经过两轮PCR后,A:B的比值会不会达到1:1000或者其他的差异非常远的数呢,如何控制我PCR反应的循环数呢?有没有哪位虫友做过类似的实验,诚心请教!
PS:物种很丰富,但我只想要16S,用一次PCR,跑胶基本上看不到带,只能用巢式
我想知道PCR循环数与原始DNA相对含量之间的关系有多大?循环数一般设为多少比较好……
[
Last edited by xp198766 on 2011-3-19 at 16:40
]
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2011-03-19 15:56:52
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gongeleven
铁杆木虫
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虫号: 1082982
xp198766(金币+9): 非常感谢!我去看看,谢谢! 2011-03-19 20:30:29
PCR循环数与原始DNA相对含量之间的关系有多大?循环数一般设为多少比较好……
这句话我让我想起了 定量PCR。
lz可以去咨询下takara的客服,前几天和他们的销售闲聊时候,听到一个产品,能增加文库的丰度
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2楼
2011-03-19 18:40:59
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ljx2ljx
新虫
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★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
这个可以用QPCR,马上解决你这个问题。
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3楼
2013-05-16 22:22:12
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