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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 【求助/交流】求助环境样品PCR技术

我有一组环境样品，想扩增其16S基因序列，再做大量克隆，重现样品中各物种的原始组成状况。我用的是巢式PCR，先后用两对引物来扩增，结果跑胶条带很亮。

我的问题是：环境样品，肯定会存在里面物种DNA含量差异的问题，如果我的样品中某一物种的DNA量非常少，在经过PCR放大之后，会不会对原始DNA组成造成很大的破坏。
例如，如果样品中，物种A含量为1,B的含量为100（比值为1:100）那么经过两轮PCR后，A:B的比值会不会达到1:1000或者其他的差异非常远的数呢，如何控制我PCR反应的循环数呢？有没有哪位虫友做过类似的实验，诚心请教！

PS：物种很丰富，但我只想要16S，用一次PCR，跑胶基本上看不到带，只能用巢式

我想知道PCR循环数与原始DNA相对含量之间的关系有多大？循环数一般设为多少比较好……

[ Last edited by xp198766 on 2011-3-19 at 16:40 ]
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1楼 2011-03-19 15:56:52
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gongeleven

铁杆木虫 (正式写手)
xp198766(金币+9): 非常感谢！我去看看，谢谢！ 2011-03-19 20:30:29
PCR循环数与原始DNA相对含量之间的关系有多大？循环数一般设为多少比较好……
这句话我让我想起了 定量PCR。
lz可以去咨询下takara的客服，前几天和他们的销售闲聊时候，听到一个产品，能增加文库的丰度
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2楼2011-03-19 18:40:59
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ljx2ljx

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
这个可以用QPCR，马上解决你这个问题。
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3楼2013-05-16 22:22:12
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