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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】box shifted!!!???/
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memgr

铜虫 (正式写手)

[交流] 【求助】box shifted!!!???/

想请教一下在跑动力学时提示错误 Box was shifted at least 10 times. 这是为什么呢 希望各位高手能够指点一二 在下不胜感激，谢谢
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1楼 2011-03-16 21:15:54
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manutdhk

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-18 14:10:33
memgr(金币+4): 2011-03-23 22:39:17
引用回帖:
Originally posted by memgr at 2011-03-16 21:15:54:
想请教一下在跑动力学时提示错误 Box was shifted at least 10 times. 这是为什么呢 希望各位高手能够指点一二 在下不胜感激，谢谢

box shift，按照个人经验，最有可能的是：box的重心在移动。也就是说 total linear momentum不等于零。这是用thermostat控制恒温经常出现的问题。
楼主不妨试一下：每次算完所有atom的速度之后，将linear momentum归零，看box是否稳定在原点。
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6楼2011-03-18 01:54:56
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memgr

铜虫 (正式写手)
怎么没人 自己既顶一个
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2楼2011-03-17 08:54:26
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吕倩茹

银虫 (初入文坛)
memgr(金币+1): 2011-03-23 22:39:08
我在跑NPT的时候也经常遇到楼主相同这种问题，求解啊？
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3楼2011-03-17 16:54:30
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memgr

铜虫 (正式写手)
对啊  但是不知道为什么啊  是不是格子建的有点小啊
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4楼2011-03-17 19:37:25
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