版块导航
正在加载中...
客户端APP下载
论文辅导
申博辅导
登录
注册
帖子
帖子
用户
本版
应《网络安全法》要求,自2017年10月1日起,未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用,请尽快对帐号进行手机号验证,感谢您的理解与支持!
24小时热门版块排行榜
>
论坛更新日志
(2865)
>
文献求助
(173)
>
虫友互识
(149)
>
导师招生
(93)
>
休闲灌水
(76)
>
考博
(55)
>
博后之家
(40)
>
论文投稿
(32)
>
硕博家园
(31)
>
招聘信息布告栏
(24)
>
基金申请
(24)
>
绿色求助(高悬赏)
(23)
>
考研
(18)
>
论文道贺祈福
(16)
>
找工作
(16)
>
SciFinder/Reaxys
(11)
小木虫论坛-学术科研互动平台
»
计算模拟区
»
分子模拟
»
Gromacs/Amber/NAMD
»
【求助】box shifted!!!???/
9
1/1
返回列表
查看: 571 | 回复: 8
只看楼主
@他人
存档
新回复提醒
(忽略)
收藏
在APP中查看
memgr
铜虫
(正式写手)
应助: 0
(幼儿园)
金币: 229.8
帖子: 330
在线: 101.4小时
虫号: 859962
[交流]
【求助】box shifted!!!???/
想请教一下在跑动力学时提示错误 Box was shifted at least 10 times. 这是为什么呢 希望各位高手能够指点一二 在下不胜感激,谢谢
回复此楼
» 猜你喜欢
参与限项
已经有5人回复
推荐一本书
已经有7人回复
有没有人能给点建议
已经有5人回复
假如你的研究生提出不合理要求
已经有12人回复
全日制(定向)博士
已经有5人回复
萌生出自己或许不适合搞科研的想法,现在跑or等等看?
已经有4人回复
Materials Today Chemistry审稿周期
已经有4人回复
对氯苯硼酸纯化
已经有3人回复
所感
已经有4人回复
要不要辞职读博?
已经有7人回复
高级回复
» 抢金币啦!回帖就可以得到:
查看全部散金贴
南京大学能源与资源学院-景旭东教授 (英国皇家工程院院士) 团队博士后招聘
+
1
/481
南京大学智能驱动与感知材料实验室诚招硕士/科研助理
+
1
/297
上海科技大学物质科学与技术学院|王平鸾课题组长期招聘(博后/博硕/科研助理)
+
1
/172
博士去军队文职怎么样
+
5
/125
原子层沉积(ALD)磁控溅射PECVD等微纳代工服务:18817872921
+
1
/82
双一流南京医科大学招计算机、AI、统计、生物信息等方向26年9月入学博士
+
1
/80
锌离子混合电容器
+
1
/72
上海科技大学物质科学与技术学院|王平鸾课题组长期招聘(博后/博硕/科研助理)
+
1
/71
浙江师范大学国家杰青杨启华教授团队招收2026年博士研究生
+
1
/67
湖南科技大学资安学院管青军教授2026年招收审核制博士生
+
1
/66
北京-89175-事业单位-诚征女友
+
1
/58
Win10系统Xshell窗口小、无法移动、不显示工具栏的一个解决办法
+
1
/41
江西理工大学 稀土学院(发光材料与器件研究所) 招收2026届 材料类博士研究生 2名
+
2
/30
坐标济南,山东农科院招 有机合成 or 药物化学 联培硕士研究生
+
1
/20
浙江大学信息光子材料与器件实验室诚聘博士后、科研助理
+
1
/19
电子科技大学「基础与前沿研究院」文明健老师课题组招收博士
+
1
/19
英国布里斯托大学诚招博士生和联合培养生 (近期多个博士奖学金)
+
1
/14
香港浸会大学化学系质谱分析测试中心招聘研究助理
+
1
/13
深圳市中西医结合医院博士后招聘【药理学/中药学/天然药物/生物技术】
+
1
/9
西北工业大学2026年博士研究生“翱翔快响”招生
+
1
/5
1楼
2011-03-16 21:15:54
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
memgr
铜虫
(正式写手)
应助: 0
(幼儿园)
金币: 229.8
帖子: 330
在线: 101.4小时
虫号: 859962
怎么没人 自己既顶一个
赞
一下
回复此楼
高级回复
2楼
2011-03-17 08:54:26
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
吕倩茹
银虫
(初入文坛)
应助: 0
(幼儿园)
金币: 203.3
帖子: 25
在线: 10.8小时
虫号: 996514
memgr(金币+1): 2011-03-23 22:39:08
我在跑NPT的时候也经常遇到楼主相同这种问题,求解啊?
赞
一下
回复此楼
3楼
2011-03-17 16:54:30
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
memgr
铜虫
(正式写手)
应助: 0
(幼儿园)
金币: 229.8
帖子: 330
在线: 101.4小时
虫号: 859962
对啊 但是不知道为什么啊 是不是格子建的有点小啊
赞
一下
回复此楼
4楼
2011-03-17 19:37:25
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
吕倩茹
银虫
(初入文坛)
应助: 0
(幼儿园)
金币: 203.3
帖子: 25
在线: 10.8小时
虫号: 996514
我觉得不是,我每次都是调节cut-off值和耦合系数,但每次都觉得很随机,今天用了一下退火,算是可以跑下来了,不过还是不怎么好
赞
一下
回复此楼
5楼
2011-03-17 20:45:15
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
manutdhk
木虫
(小有名气)
模拟EPI: 1
应助: 5
(幼儿园)
金币: 5939.4
帖子: 94
在线: 97.3小时
虫号: 983544
★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-18 14:10:33
memgr(金币+4): 2011-03-23 22:39:17
引用回帖:
Originally posted by
memgr
at 2011-03-16 21:15:54:
想请教一下在跑动力学时提示错误 Box was shifted at least 10 times. 这是为什么呢 希望各位高手能够指点一二 在下不胜感激,谢谢
box shift,按照个人经验,最有可能的是:box的重心在移动。也就是说 total linear momentum不等于零。这是用thermostat控制恒温经常出现的问题。
楼主不妨试一下:每次算完所有atom的速度之后,将linear momentum归零,看box是否稳定在原点。
赞
一下
(1人)
回复此楼
6楼
2011-03-18 01:54:56
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
memgr
铜虫
(正式写手)
应助: 0
(幼儿园)
金币: 229.8
帖子: 330
在线: 101.4小时
虫号: 859962
引用回帖:
Originally posted by
manutdhk
at 2011-03-18 01:54:56:
box shift,按照个人经验,最有可能的是:box的重心在移动。也就是说 total linear momentum不等于零。这是用thermostat控制恒温经常出现的问题。
楼主不妨试一下:每次算完所有atom的速度之后,将linear mome ...
谢谢 但是不明白你说的 由于偶是新手,不知道怎么操作 能够具体指点一下吗 谢谢
赞
一下
回复此楼
7楼
2011-03-18 09:24:28
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
manutdhk
木虫
(小有名气)
模拟EPI: 1
应助: 5
(幼儿园)
金币: 5939.4
帖子: 94
在线: 97.3小时
虫号: 983544
★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-22 12:21:40
引用回帖:
Originally posted by
memgr
at 2011-03-18 09:24:28:
谢谢 但是不明白你说的 由于偶是新手,不知道怎么操作 能够具体指点一下吗 谢谢
我不能肯定是不是linear momentum的问题,但是你可以试一下。
随便google一下,MD, linear momentum zero,都可以得到答案了。或者随便找一本md的书看看。
赞
一下
(1人)
回复此楼
8楼
2011-03-21 10:36:09
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
memgr
铜虫
(正式写手)
应助: 0
(幼儿园)
金币: 229.8
帖子: 330
在线: 101.4小时
虫号: 859962
引用回帖:
Originally posted by
manutdhk
at 2011-03-21 10:36:09:
我不能肯定是不是linear momentum的问题,但是你可以试一下。
随便google一下,MD, linear momentum zero,都可以得到答案了。或者随便找一本md的书看看。
谢谢 我试试 谢谢
回复此楼
9楼
2011-03-23 22:38:42
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
相关版块跳转
第一性原理
量子化学
计算模拟
分子模拟
仿真模拟
程序语言
我要订阅楼主
memgr
的主题更新
9
1/1
返回列表
如果回帖内容含有宣传信息,请如实选中。否则帐号将被全论坛禁言
普通表情
龙
兔
虎
猫
高级回复
(可上传附件)
百度网盘
|
360云盘
|
千易网盘
|
华为网盘
在新窗口页面中打开自己喜欢的网盘网站,将文件上传后,然后将下载链接复制到帖子内容中就可以了。
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭
确定