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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】请大家帮忙看看这篇文献的环氧树脂的模型是怎么建的？
汕头大学海洋科学接受调剂
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zhangyu08

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】请大家帮忙看看这篇文献的环氧树脂的模型是怎么建的？

我根据附件中（http://good.gd/1031395.htm或者直接从学术期刊网上下题目：环氧树脂的分子模拟研究）的文献来建交联的环氧树脂模型，先把文献29页的步骤贴下面啊，方便大家讨论。
步骤一:基于一个原子一个原子的方式建立DGEBA和IPD的小分子单体的二维活性结构模型。分别对这两个模型进行能量优化以获得合理的三维结构。并用QEq方法[31]分配原子的局部电荷。移除末端官能基团上的活性氢，剩下含有碳或氮反应位点的分子片段（下称作反应性分子片段）用于下一步。“原始的”、“活性的”
和“反应性”官能基团的模型化如图2.7所示。
步骤二:将16个“反应性”的DGEBA分子片段和8个反应性的IPD分子片段放入预先定义好的三维盒子内（选定的盒子尺寸对应的密度值为1.131 g/cm3）。所用
的方法是Theodorou和Suter[2]提出的“随机自避行走”方法，这个算法在Cerius2分子模拟软件的Amorphous Builder模块中执行。为了排除边界效应和使得模型更
“实际”，在立方元胞盒子上强加了周期边界条件。产生的模型系统用来代表树脂
组分和固化剂组分在化学计量比1:1（官能团的数目比）下初始的物理熔融混物。
本来想把图片也贴上来的，但是不知道怎么弄？复制粘贴不好使。

步骤一中的原子模型我都建完了，其中移除末端官能团上的活性氢，我的理解是指把氢删掉，但是我删完了之后用amorphous cell 建步骤二的三维盒子时，失败，提示原因是：力场不对。文献中作者用的力场是dreiding,版本是MS4.0；我用的是版本MS4.3，力场compass.（我使用的软件amorphous cell 模块没有dreiding这个力场）
不知道是我对文献的理解不对还是哪操作错误了，请各位牛人帮忙指导一下，谢谢。

[ Last edited by zhangyu08 on 2011-3-8 at 16:48 ]
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1楼 2011-03-08 16:43:27
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xdr

金虫 (正式写手)
★
zhangyu08(金币+1):谢谢参与
zhangyu08(金币+1): 2011-03-09 15:44:31
zhangyu08(金币+1): 2011-04-11 13:54:45
引用回帖:
Originally posted by zhangyu08 at 2011-03-08 16:43:27:
我根据附件中（http://good.gd/1031395.htm或者直接从学术期刊网上下题目：环氧树脂的分子模拟研究）的文献来建交联的环氧树脂模型，先把文献29页的步骤贴下面啊，方便大家讨论。
步骤一:基于一个原子 ...

作者用的不是ms吧？
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2楼2011-03-08 20:21:55
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zhangyu08

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xdr at 2011-03-08 20:21:55:
作者用的不是ms吧？

是，论文的第三章就是用MS模拟的，分子模型是用的第二章的方法，我查了作者发表的英文文献也是用MS做的。这一点我可以肯定。
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3楼2011-03-09 15:46:18
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franch

版主 (著名写手)
★
zhangyu08(金币+1):谢谢参与
zhangyu08(金币+1): 2011-04-11 13:54:11
zhangyu08(金币+1): 2011-04-11 13:54:24
关注一下。。。
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5楼2011-04-09 19:44:17
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xiaoyue1610

木虫 (正式写手)
★
zhangyu08(金币+1):谢谢参与
zhangyu08(金币+1): 2011-04-16 08:40:55
祝君好运
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6楼2011-04-13 20:41:23
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hanpeng972

木虫 (著名写手)
★
zhangyu08(金币+1):谢谢参与
这个过程我是不是可以用到呢~~现在找文献都不会找啊 新手
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2011-04-13 20:58:17
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zhangyu08

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xiaoyue1610 at 2011-04-13 20:41:23:
祝君好运

文献有很多，大多是外文的
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8楼2011-04-16 08:42:35
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有个椰子

新虫 (初入文坛)
★
zhangyu08(金币+1):谢谢参与
加油~
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9楼2012-02-16 14:19:39
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xuzuorui

新虫 (初入文坛)
★
zhangyu08(金币+1): 谢谢参与
楼主问题解决了吗？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
10楼2013-10-30 22:18:04
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xzzskz

新虫 (初入文坛)
★
zhangyu08(金币+1): 谢谢参与
用的cerius2
论文上写了，楼主木有好好看哦
赞一下 回复此楼
11楼2013-12-27 18:21:26
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楚地无歌

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主模型建出来了么
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12楼2017-12-04 16:36:44
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简单回复
xbx04074楼
2011-03-09 15:51   回复  
zhangyu08(金币+1):谢谢参与
zhangyu08(金币+1): 2011-03-09 15:58:33
zhangyu08(金币+1): 2011-04-11 13:54:35
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