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qnsyhanjiu

木虫 (著名写手)

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[交流] 【求助】请问这个构型用ATK怎么构造呀？

请问这个构型怎么用ATK构造呀？谢谢呀，先送上50个金币，如有需要，在添加。

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1楼 2011-03-01 20:27:30

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fan0221

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★ ★
qnsyhanjiu(金币+1):谢谢参与
gzqdyouxia(金币+1): 谢谢提示 2011-03-04 10:26:14
qnsyhanjiu(金币+30): 先谢谢你了，但是能不能说的详细点，我在MS里面没找到这个.xyz的文件，并且具体在atk里怎么操作，最好一个模块只是显示结果的呀，并不是构图的呀 2011-03-05 09:05:36

你的图是ms里做的吗如果是直接用VNL（2008.10版及以前的版本）最后一个模块把.xyz文件导进去直接变成ATK的格式了

希望对你有帮助

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2楼2011-03-04 09:27:47

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qnsyhanjiu

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引用回帖:

Originally posted by fan0221 at 2011-03-04 09:27:47:
你的图是ms里做的吗如果是直接用VNL（2008.10版及以前的版本）最后一个模块把.xyz文件导进去直接变成ATK的格式了

希望对你有帮助

先谢谢你了，但是能不能说的详细点，我在MS里面没找到这个.xyz的文件，并且具体在atk里怎么操作，最好一个模块只是显示结果的呀，并不是构图的呀？能详细的和我说说吗？先谢谢了

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4楼2011-03-05 09:06:53

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fan0221

木虫 (正式写手)

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★ ★
zzy870720z(金币+2): 谢谢详细指导 2011-03-10 22:09:35
qnsyhanjiu(金币+50): 谢谢了，这个问题我已经解决了，在向你请教一个问题，就是如何把分子加到电极中我想要的位置呀？谢谢了！ 2011-03-11 16:16:28

呵呵  MS有很多输入格式  其中一个是
############
22

C -1.777745515 -2.400590108 -2.995031451
C -1.757468884 -1.087438605 -3.504002591
C -1.649690043 0.002953698 -2.615787114
C -1.607767113 -0.268204570 -1.257439445
C -1.669375032 -1.573928904 -0.728739160
C -1.745734408 -2.651138846 -1.622998580
H -1.833684069 -3.248687132 -3.704887395
H -1.638939582 1.046590774 -2.989774537
H -1.796858327 -3.693361308 -1.247803012
C -1.652668588 -0.258090441 1.245841793
C -1.694163548 0.010718989 2.606694564
C -1.786162715 -1.080856382 3.495827083
C -1.809965641 -2.393708345 2.987639993
C -1.765017898 -2.644774204 1.617138092
C -1.688861051 -1.567769185 0.721920697
H -1.679117401 1.052936628 2.984284427
H -1.866792191 -3.239924161 3.699569958
H -1.792450873 -3.687972721 1.242283709
S -1.356973288 0.995739042 -0.011734104
O -2.404209668 2.057139153 -0.065058455
S -1.875373411 -0.720088841 -5.200077926
S -1.875220754 -0.719734529 5.195343452
##################################

把上面的数据坐标放入文本文件中然后另存为  DBT.xyz 那么就可以把这个导入VNL了
1，点击Result Browser 点击Open 找到电脑DBT.xyz 文件确定  那么就变成VNL的格式了

具体能不能帮到你  我就不知道了

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5楼2011-03-10 15:16:01

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qnsyhanjiu

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虫号: 673346

引用回帖:

Originally posted by fan0221 at 2011-03-10 15:16:01:
呵呵  MS有很多输入格式  其中一个是
############
22

C -1.777745515 -2.400590108 -2.995031451
C ...

在向你请教一个问题，怎么加电极呀，特别是如何将想要的分子加到我自己想加的位置呀？谢谢了！

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6楼2011-03-11 16:19:57

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fan0221

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★ ★
sunyang1988(金币+2): 谢谢指点 2011-03-12 11:01:08
qnsyhanjiu(金币+8): 谢谢了，有啥问题，在向你请教 2011-03-12 18:15:18
qnsyhanjiu(金币+10): 在向你请教一个问题 2011-03-14 10:48:08

电极是先建立好的  然后加入你的分子
1，以金（111）面电极为例在Crystal Cupboard 中选择 Au  然后将右下角的 Drag。。。拖入Atomic Manipulator  右键点击右侧黑色部分 Cleave 在 Surface 和Two-probe终不过设定电极切面电极大小
建立你想要的电极

2,如果你是在MolecularBulider中构造的分子直接点击右下角图标拖入电极的黑色区域  分子就添加到坐标原点（000）然后通过平移选择将分子移动到电极合适的位置
如果是通过别的方法建立的分子  按照前面的帖子把它转成VNL的格式复制于 Script Editor 然后拖入电极黑色区域

具体操作对照手册慢慢练习吧

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7楼2011-03-12 10:36:48

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cj9311997693楼

2011-03-04 10:01 回复

qnsyhanjiu(金币+1):谢谢参与
gzqdyouxia: 请勿纯表，谢谢您的理解和支持 2011-03-04 10:26:37