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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】请问这个构型用ATK怎么构造呀？
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qnsyhanjiu

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】请问这个构型用ATK怎么构造呀？

请问这个构型怎么用ATK构造呀？谢谢呀，先送上50个金币，如有需要，在添加。
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1楼 2011-03-01 20:27:30
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fan0221

木虫 (正式写手)
★ ★
qnsyhanjiu(金币+1):谢谢参与
gzqdyouxia(金币+1): 谢谢提示 2011-03-04 10:26:14
qnsyhanjiu(金币+30): 先谢谢你了，但是能不能说的详细点，我在MS里面没找到这个.xyz的文件，并且具体在atk里怎么操作，最好一个模块只是显示结果的呀，并不是构图的呀 2011-03-05 09:05:36
你的图是ms里做的吗 如果是直接用VNL（2008.10版及以前的版本）最后一个模块把.xyz文件导进去 直接变成ATK的格式了

希望对你有帮助
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2楼2011-03-04 09:27:47
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qnsyhanjiu

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by fan0221 at 2011-03-04 09:27:47:
你的图是ms里做的吗 如果是直接用VNL（2008.10版及以前的版本）最后一个模块把.xyz文件导进去 直接变成ATK的格式了

希望对你有帮助

先谢谢你了，但是能不能说的详细点，我在MS里面没找到这个.xyz的文件，并且具体在atk里怎么操作，最好一个模块只是显示结果的呀，并不是构图的呀？能详细的和我说说吗？先谢谢了
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4楼2011-03-05 09:06:53
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fan0221

木虫 (正式写手)
★ ★
zzy870720z(金币+2): 谢谢详细指导 2011-03-10 22:09:35
qnsyhanjiu(金币+50): 谢谢了，这个问题我已经解决了，在向你请教一个问题，就是如何把分子加到电极中我想要的位置呀？谢谢了！ 2011-03-11 16:16:28
呵呵  MS有很多输入格式  其中一个是
############
22                                            
                                             
C   -1.777745515   -2.400590108   -2.995031451
C   -1.757468884   -1.087438605   -3.504002591
C   -1.649690043    0.002953698   -2.615787114
C   -1.607767113   -0.268204570   -1.257439445
C   -1.669375032   -1.573928904   -0.728739160
C   -1.745734408   -2.651138846   -1.622998580
H   -1.833684069   -3.248687132   -3.704887395
H   -1.638939582    1.046590774   -2.989774537
H   -1.796858327   -3.693361308   -1.247803012
C   -1.652668588   -0.258090441    1.245841793
C   -1.694163548    0.010718989    2.606694564
C   -1.786162715   -1.080856382    3.495827083
C   -1.809965641   -2.393708345    2.987639993
C   -1.765017898   -2.644774204    1.617138092
C   -1.688861051   -1.567769185    0.721920697
H   -1.679117401    1.052936628    2.984284427
H   -1.866792191   -3.239924161    3.699569958
H   -1.792450873   -3.687972721    1.242283709
S   -1.356973288    0.995739042   -0.011734104
O   -2.404209668    2.057139153   -0.065058455
S   -1.875373411   -0.720088841   -5.200077926
S   -1.875220754   -0.719734529    5.195343452
##################################

把上面的数据坐标放入文本文件中然后另存为  DBT.xyz   那么就可以把这个导入VNL了
1，点击Result Browser 点击Open 找到电脑DBT.xyz 文件 确定  那么就变成VNL的格式了  

具体能不能帮到你  我就不知道了
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5楼2011-03-10 15:16:01
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qnsyhanjiu

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by fan0221 at 2011-03-10 15:16:01:
呵呵  MS有很多输入格式  其中一个是
############
22                                            
                                             
C   -1.777745515   -2.400590108   -2.995031451
C   ...

在向你请教一个问题，怎么加电极呀，特别是如何将想要的分子加到我自己想加的位置呀？谢谢了！
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6楼2011-03-11 16:19:57
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fan0221

木虫 (正式写手)
★ ★
sunyang1988(金币+2): 谢谢指点 2011-03-12 11:01:08
qnsyhanjiu(金币+8): 谢谢了，有啥问题，在向你请教 2011-03-12 18:15:18
qnsyhanjiu(金币+10): 在向你请教一个问题 2011-03-14 10:48:08
电极是先建立好的  然后加入你的分子
1，以金（111）面电极为例 在Crystal Cupboard 中选择 Au  然后将右下角的 Drag。。。 拖入Atomic Manipulator  右键点击右侧黑色部分 Cleave 在 Surface 和Two-probe终不过设定 电极切面 电极大小
建立你想要的电极

2,如果你是在MolecularBulider中构造的分子 直接点击右下角图标 拖入 电极的黑色区域  分子就添加到坐标原点（000）然后通过平移选择将分子移动到电极合适的位置
如果是通过别的方法建立的分子  按照前面的帖子把它转成VNL的格式 复制于 Script Editor 然后拖入电极黑色区域

具体操作对照手册慢慢练习吧
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7楼2011-03-12 10:36:48
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cj9311997693楼
2011-03-04 10:01   回复  
qnsyhanjiu(金币+1):谢谢参与
gzqdyouxia: 请勿纯表，谢谢您的理解和支持 2011-03-04 10:26:37
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