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lxjwishes

银虫 (正式写手)

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[交流] 【求助/交流】启动子与5UTR区的困惑

在甘蔗扩增一个基因的启动子，扩了好久都没有扩出来，而我这个基因的基因组结构是这样的，如图1

而我最近看的一篇文献，他们做的基因跟我的情况一样，在5'端非编码区有两段内含子，但是他做的上游调控元件分析如图2-C，不知道是不是我的理解有错，他的分析是从起始密码子的上游就开始做分析，那他们岂不是就是将内含子作为调控序列来分析的。

而启动子的定义是：启动子是一段位于结构基因5'端上游区的DNA序列，那么就是说需扩增出基因5‘端上游的基因组序列，才能够拿来做分析，是不是这样的呢？

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1楼2011-03-01 09:35:01

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秋千细舞

铜虫 (正式写手)

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★
lxjwishes(金币+1):谢谢参与
lxjwishes(金币+3): 多谢 2011-03-15 09:04:43

我的理解是5UTR是cDNA上翻译起始ATG上游的序列，即转录起始位点至翻译起始位点的序列。而promoter序列泛指基因上游调控转录的序列，核心启动子距离5-utr很近。如果是下图的那种基因结构，我做的话一般会在mRNA序列前段开始，对应去找基因组中的序列，把那上游的序列进行启动子预测和转录因子结合原件预测，再决定扩增多少。一般会扩2000bp左右。
加油哦~！