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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】启动子与5UTR区的困惑
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lxjwishes

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】启动子与5UTR区的困惑

在甘蔗扩增一个基因的启动子，扩了好久都没有扩出来，而我这个基因的基因组结构是这样的，如图1

而我最近看的一篇文献，他们做的基因跟我的情况一样，在5'端非编码区有两段内含子，但是他做的上游调控元件分析如图2-C，不知道是不是我的理解有错，他的分析是从起始密码子的上游就开始做分析，那他们岂不是就是将内含子作为调控序列来分析的。

而启动子的定义是：启动子是一段位于结构基因5'端上游区的DNA序列，那么就是说需扩增出基因5‘端上游的基因组序列，才能够拿来做分析，是不是这样的呢？
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1楼 2011-03-01 09:35:01
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w.king124

金虫 (正式写手)
★
lxjwishes(金币+1):谢谢参与
lxjwishes(金币+1): 2011-03-01 15:43:00
1.在研究启动子的时候，应该尽量向5‘端上溯，以防错漏可能的调控序列
2、有时候，transposon参与调控的话会发生在更远的距离
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2楼2011-03-01 10:56:41
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bijing_1111

新虫 (初入文坛)
★
lxjwishes(金币+1):谢谢参与
由于转录起始位点之后会有部分序列对转录有影响，所以一般会将翻译起始位点之前的序列一起做分析。但如果你要研究启动子活性，尽量扩增外显子1的序列就可以了，内含子不会对结果有很大影响的。
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3楼2011-03-09 17:11:26
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jhu132llh

荣誉版主 (知名作家)
★
lxjwishes(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by w.king124 at 2011-03-01 10:56:41:
1.在研究启动子的时候，应该尽量向5‘端上溯，以防错漏可能的调控序列
2、有时候，transposon参与调控的话会发生在更远的距离

正解
有的调控序列离基因有很远的距离
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4楼2011-03-09 17:38:00
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seahow

木虫 (著名写手)
★
lxjwishes(金币+1):谢谢参与
lxjwishes(金币+1): 2011-03-15 09:05:27
5UTR和promoter不矛盾，UTR是对CDS而言。
promoter实际上是control seq，一般包括UTR，但比UTR长许多。
intron很多时候有调控功能。
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5楼2011-03-09 18:06:49
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秋千细舞

铜虫 (正式写手)
★
lxjwishes(金币+1):谢谢参与
lxjwishes(金币+3): 多谢 2011-03-15 09:04:43
我的理解是5UTR是cDNA上翻译起始ATG上游的序列，即转录起始位点至翻译起始位点的序列。而promoter序列泛指基因上游调控转录的序列，核心启动子距离5-utr很近。如果是下图的那种基因结构，我做的话一般会在mRNA序列前段开始，对应去找基因组中的序列，把那上游的序列进行启动子预测和转录因子结合原件预测，再决定扩增多少。一般会扩2000bp左右。
加油哦~！
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6楼2011-03-09 18:21:51
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新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1楼: Originally posted by lxjwishes at 2011-03-01 09:35:01:
在甘蔗扩增一个基因的启动子，扩了好久都没有扩出来，而我这个基因的基因组结构是这样的，如图1

而我最近看的一篇文献，他们做的基因跟我的情况一样，在5'端非编码区有两段内含子，但是他做的上游调控元件分析 ...

请问你看的那篇文献能告诉我题目吗，初来乍到，请多多关照！
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7楼2011-12-17 11:04:30
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