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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】为什么运行vasp机器卡的厉害
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gaods101@163

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】为什么运行vasp机器卡的厉害

各位同仁大家好！小弟初学vasp，可运行时就出现了问题，也不知道什么问题，我做的是层错的问题，移动原子前的文件是可以运行的，可移动后就不行了，机器卡的几乎动不了，我top了一下cpu几乎不工作，而内存全都用了！我想移动原子前后不一样的只有原子坐标不同啊，可为什么就不能运行呢?麻烦各位给我看看！下面是我的poscar：
Pure Cu
1
3.6147000000000  -3.614700000000  0.00000000000
0.0000000000000  3.6147000000000  -3.61470000000
15.412702691896  15.412702691896  15.412702691896
36
Direct
        0.166666667        0.333333333        0.00000000
        0.666666667        0.333333333        0.00000000
        0.166666667        0.833333333        0.000000000
        0.666666667        0.833333333        0.000000000
        0.333333333        0.166666667        0.078175776
        0.833333333        0.166666667        0.078175776
        0.333333333        0.666666667        0.078175776
        0.833333333        0.666666667        0.078175776
        0.000000000        0.000000000        0.156351553
        0.500000000        0.000000000        0.156351553
        0.000000000        0.500000000        0.156351553
        0.500000000        0.500000000        0.156351553
        0.166666667        0.333333333        0.234527329
        0.666666667        0.333333333        0.234527329
        0.166666667        0.833333333        0.234527329
        0.666666667        0.833333333        0.234527329
        0.366666667        0.133333333        0.312703106
        0.866666667        0.133333333        0.312703106
        0.366666667        0.633333333        0.312703106
        0.866666667        0.633333333        0.312703106
        0.033333333        -0.033333333          0.390878882
        0.533333333        -0.033333333          0.390878882
        0.033333333        0.466666667        0.390878882
        0.533333333        0.466666667        0.390878882
        0.200000000        0.300000000        0.469054659
        0.700000000        0.300000000        0.469054659
        0.200000000        0.800000000        0.469054659
        0.700000000        0.800000000        0.469054659
        0.366666667        0.133333333        0.547230435
        0.866666667        0.133333333        0.547230435
        0.366666667        0.633333333        0.547230435
        0.866666667        0.633333333        0.547230435
        0.033333333        -0.033333333          0.625406212
        0.533333333        -0.033333333          0.625406212
        0.033333333        0.466666667        0.625406212
        0.533333333        0.466666667        0.625406212
INCAR是：
SYSTEM=Cu
ISTART=0
PREC=Accurate
ENCUT=273.2
ISYM=1
GGA=91
ISIF=2
ISMEAR=0
SIGMA=0.1
NPAR=4
LPLANE=.TRUE.
麻烦帮我看看，谢谢！
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1楼 2011-02-28 14:57:06
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
ellsaking(金币+2): 写的很到位啊，哈哈 2011-02-28 18:50:03
引用回帖:
Originally posted by gaods101@163 at 2011-02-28 14:57:06:
各位同仁大家好！小弟初学vasp，可运行时就出现了问题，也不知道什么问题，我做的是层错的问题，移动原子前的文件是可以运行的，可移动后就不行了，机器卡的几乎动不了，我top了一下cpu几乎不工作，而内存全都用了 ...

你的机子什么配置呀？这么多原子，空间体积这么大，还用Accurate，再加上ISYM=1 低对称行，内存肯定大，你该一些参数吧，把要求降低点
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2楼2011-02-28 17:30:37
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
zzy870720z(金币+1): 谢谢指点 2011-02-28 19:53:56
引用回帖:
Originally posted by 贺仪 at 2011-02-28 10:30:37:
你的机子什么配置呀？这么多原子，空间体积这么大，还用Accurate，再加上ISYM=1 低对称行，内存肯定大，你该一些参数吧，把要求降低点

内存用完了，几乎就卡死了。这个时候好像程序本身也跑不动了吧！
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3楼2011-02-28 19:39:21
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gaods101@163

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 贺仪 at 2011-02-28 17:30:37:
你的机子什么配置呀？这么多原子，空间体积这么大，还用Accurate，再加上ISYM=1 低对称行，内存肯定大，你该一些参数吧，把要求降低点

可是在移动前，就这个设置算了不到半天就有结果了啊，移了原子后就跑不动了！
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4楼2011-03-01 08:32:21
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gaods101@163

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2011-02-28 19:39:21:
内存用完了，几乎就卡死了。这个时候好像程序本身也跑不动了吧！

是跑不动，没移原子前也就七八个小时，移了之后一天也没结果
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5楼2011-03-01 08:33:52
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gaods101@163

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 贺仪 at 2011-02-28 17:30:37:
你的机子什么配置呀？这么多原子，空间体积这么大，还用Accurate，再加上ISYM=1 低对称行，内存肯定大，你该一些参数吧，把要求降低点

不行，改了，还是卡，只有换成原来原子位置才行，所以感觉应该是POSCAR的原因，可又不知道问题出在哪里
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6楼2011-03-01 08:38:18
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zxzbl

木虫 (著名写手)
,喜获100个金币特别高兴
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7楼2011-03-01 08:49:12
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veryman

木虫 (正式写手)
★ ★
zzy870720z(金币+2): 谢谢指点 2011-03-01 11:50:40
gaods101@163(金币+10): 2011-03-02 08:38:43
gaods101@163(金币+5): 2011-03-03 11:02:39
移动了原子之后结构的对称性下降，通过对称性减少k点来减少的计算量在你移动原子之后就没了，也就是说计算时k点增加了很多，超过了你计算机内存能够承受的范围。。
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8楼2011-03-01 09:00:11
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
★
zzy870720z(金币+1): 谢谢参与讨论 2011-03-01 14:08:43
gaods101@163(金币+2): 2011-03-02 08:41:43
gaods101@163(金币+3): 2011-03-03 11:02:59
有几个问题：
首先看你的数据不像是优化后的，优化后的我从来没讲过你这么整齐的数据，其次你的体系中原子之间的距离太大，有些最近的大于3A，你的晶包基失可能有问题。估计你第一次优化没有收敛
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2011-03-01 13:00:50
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gaods101@163

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by veryman at 2011-03-01 09:00:11:
移动了原子之后结构的对称性下降，通过对称性减少k点来减少的计算量在你移动原子之后就没了，也就是说计算时k点增加了很多，超过了你计算机内存能够承受的范围。。

谢谢，我感觉应该是这个原因吧，因为我减少K点后，确实不卡了。
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10楼2011-03-02 08:41:12
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gaods101@163

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 贺仪 at 2011-03-01 13:00:50:
有几个问题：
首先看你的数据不像是优化后的，优化后的我从来没讲过你这么整齐的数据，其次你的体系中原子之间的距离太大，有些最近的大于3A，你的晶包基失可能有问题。估计你第一次优化没有收敛

我想无论是优化还是自洽都必须计算，只要是计算就卡，所以，感觉你说的不是原因，但你提醒我，我确实忘了优化了，谢谢！
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11楼2011-03-02 08:42:58
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