| 查看: 2127 | 回复: 1 | |||
[交流]
【求助完毕】怎么用第一性原理分子动力学来做复杂结构的粗优化？
|
|
凝聚态和固体表面催化反应相关计算都有建模型和对模型的结构优化的步骤，复杂的初始结构的优化往往是非常痛苦和耗时的过程。如果能够用先第一性原理分子动力学来做复杂结构的粗优化，再按照正常的DFT计算来做结构优化，可能会极大的缩短时间。 下面一篇文章在TiO2面上放两层Au原子条带作为催化剂模型，初始结构就是先用分子动力学来优化的。 Zhi-Pan Liu etc. PRL. Catalytic Role of Metal Oxides in Gold-Based Catalysts: A First Principles Study of CO Oxidation on TiO2 Supported Au. To obtain a physically meaningful structure for the Au/TiO2 composite system, Nose thermostat molecular dynamics simulation (T = 200 K, 5 fs/step, 500 steps) was performed. Five low energy structures were selected and each one was further optimized by a conjugate gradients procedure. The lowest energy structure was then used for all subsequent studies. In all calculations, the Au atoms and the top three layers of TiO2(110) surface were relaxed, keeping the rest of the TiO2 atoms fixed at their bulk-truncated positions. Nose thermostat molecular dynamics simulation 看起来是针对恒温系综的。对于一般的supercell体系，是不是就是NVT系综呢？ Vasp 做分子动力学模拟设置 SMASS>0(Nose mass parameter.)(此时默认IBRION=0),就会用Nose算法模拟正则系综。但是，如何如上面一段英文那样得到Five low energy structures呢？ [ Last edited by cenwanglai on 2011-5-15 at 22:10 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急
已经有4人回复
-
申请环境，微生物方向博士
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有4人回复
-
延安大学回应“副教授留绝笔信”：确已离世，正核实举报内容
已经有6人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求解DNA浓度测量中的一些问题
已经有3人回复
- 蛋白酶k消化
已经有6人回复
- 蒙脱石层间结构的分子力学和分子动力学模拟研究
已经有124人回复
- 关于第一性原理和分子动力学模拟，还有ms软件
已经有9人回复
- VASP分子动力学优化的INCAR如下，怎么CONTCAR和POSCAR没有什么变化啊？
已经有13人回复
- 第一性原理如何描述化学反应动力学？
已经有21人回复
- 第一性原理、分子模拟和量子化学计算之间的区别是什么
已经有23人回复
- 【500金币本版活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”
已经有82人回复
- 【求助】有人用Dmol3做过第一性原理分子动力学吗
已经有9人回复
- 【求助成功】求推荐第一性原理分子动力学的书籍
已经有6人回复
- 【求助】关于用分子动力学来做光谱的问题
已经有14人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
华南理工大学宋恩海研究员课题组招收2027届博士研究生(2026.11.15截止) 及招聘博士后
+1/996
-
东北大学应用经济学博士招生-2027级
+1/973
-
南京大学姚亚刚课题组诚聘博士后、专职科研和博士研究生
+3/273
-
科研搭子来了，科研大模型ScienceOra平台。
+2/272
-
论文祈福
+1/237
-
北京工商大学曹锦轩课题组招收2027年博士生
+1/193
-
中国科大-合肥国家实验室冷原子量子网络团队招聘启事
+2/98
-
合肥工业大学低维磁性与自旋电子器件研究团队 2027 年度博士研究生招生启事
+1/94
-
海南大学 化学化工学院 招收 化学、材料方向的 2027年博士
+1/44
-
昆明医科大学“柔性生物电子与智能传感课题组”招聘科研助理
+1/38
-
天津医科大学傅源教授团队，招2027级申请考核制博士生1名(生命科学或药学)
+1/13
-
天津医科大学傅源教授团队，招2027级申请考核制博士生1名(生命科学或药学)
+1/12
-
东北大学-金属材料方向-招收27届博士生
+1/11
-
北京理工大学（珠海）招收人工智能/智能科学与技术方向博士（长期有效）
+1/5
-
中国石油大学（北京）石油工程专业-开发方向课题组 2027博士招生
+1/5
-
bioRxiv｜Stack：上下文学习如何重塑单细胞基础模型
+1/4
-
海南大学 · 固体废物综合处置与再生能源清洁利用创新团队 · 2027年博士招生
+1/4
-
有没有办法让PCR跑出实验室？
+1/3
-
您感兴趣的遗传病是哪些？您认为产前诊断在阻断遗传病传递作用有多大？
+1/3
-
东北师范大学国家杰青团队招收2027年“申请考核制”博士研究生1人
+1/1
2楼2011-03-19 15:33:16
