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nufang19a

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】各位高手膜的尺寸是怎样估算出来的？？(已解决) 已有2人参与

各位高手膜的尺寸是怎样估算出来的？？先谢了。现在人在外面，可老想着这个事 vmd user guide 也看不起来。
我产生膜的程序：
package require membrane
membrane -1 -x 30 -y 40 -o mem
可我不知道这个30 40 是怎么得到的？？ 怎样根据我上一步产生的psf pdb估测出膜的尺寸？？

[ Last edited by nufang19a on 2011-2-26 at 01:55 ]
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1楼 2011-02-23 13:17:47
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-02-24 13:31:55
最终膜的大小就是周期盒的大小

但初始膜的尺寸和最终膜的尺寸还有差距，比较经验，不好确定

可以稍微取大一点，npt一段后再删掉多出来的
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2楼2011-02-23 14:44:28
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nufang19a

金虫 (正式写手)
在vmd user guide中解释measure：
minmax selection: Returns two vectors, the rst containing the minimum x, y, and z coor-
dinates of all atoms in selection, and the second containing the corresponding maxima.
那么我使用vmd先加载没有加水的aqp1.psf aqp1.pdb
然后set sel [atomselect top all]
      measure minmix $sel
会得到【-38.243 17.022 16.185】【38.243 93.509 70.221】
有经验者说产生的膜矩形的边长应比蛋白质xy方向的最大尺寸大30-40埃的正方形。那么38.243 93.509是不是xy方向的最大尺寸呢？？
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3楼2011-02-25 09:36:08
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nufang19a

金虫 (正式写手)
自己顶上去，别落下了
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4楼2011-02-25 09:37:32
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nufang19a

金虫 (正式写手)
这样写是不对的，
measure到的两个点是盒子的左下角（x y z值都为最小）和右上角（xyz值都为最大）
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5楼2011-02-25 10:08:47
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nufang19a

金虫 (正式写手)
如果一个蛋白我加了水盒子了，是采用：
set sel [atomselect top all]
measure minmax $sel
solvate -t 3 -minmax {上一步得到的值} -o solaqp1
来加的水盒子，那么我怎样才能得到这个水盒子的边长呢？？使用哪个命令呢？、望指点
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6楼2011-02-25 11:15:11
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-02-25 13:56:22
set sel [atomselect top water]
measure minmax $sel
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7楼2011-02-25 12:01:22
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nufang19a

金虫 (正式写手)
“如果你只是想为你的蛋白质配一个合适大小的膜，“有经验者说产生的膜矩形的边长应比蛋白质xy方向的最大尺寸大30-40埃的正方形”是有道理的，因为一般情况下你不希望蛋白质和其镜像有相互作用，膜大一点一般没什么问题，但是会加大计算量。measure minmax 给出的是各个方向的最小和最大坐标，对于规则的方盒子你可以理解为左下角和右上角，但对于蛋白质这种不规则形状就不是了。最大尺寸应该是x2-x1,y2-y1得到的值，你可以把蛋白质适当的转一转，让这两个值尽量小一点。你似乎把尺寸和坐标搞混了。 ”这是其他同学给的意见
这里的x2 x1,y2 y1是怎么的来的？？

[ Last edited by nufang19a on 2011-2-25 at 15:24 ]
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8楼2011-02-25 15:11:11
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nufang19a

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
zh1987hs(金币+3): 自主思考~值得鼓励 2011-02-26 22:45:08
现在明白了，我估测膜厚度，先把我加水的psf pdb加载，然后再
set all [atomselect top all]
measure $all minmax
[][]
然后x2-x1  y2-y1
就可以估测膜的尺寸了。我这样说对吧？？
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9楼2011-02-25 16:12:54
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wally8962

木虫 (著名写手)
是这个意思
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10楼2011-02-25 20:02:53
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