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【求助】各位高手膜的尺寸是怎样估算出来的？？(已解决) 已有2人参与
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各位高手膜的尺寸是怎样估算出来的？？先谢了。现在人在外面，可老想着这个事 vmd user guide 也看不起来。 我产生膜的程序： package require membrane membrane -1 -x 30 -y 40 -o mem 可我不知道这个30 40 是怎么得到的？？ 怎样根据我上一步产生的psf pdb估测出膜的尺寸？？ [ Last edited by nufang19a on 2011-2-26 at 01:55 ] |
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“如果你只是想为你的蛋白质配一个合适大小的膜，“有经验者说产生的膜矩形的边长应比蛋白质xy方向的最大尺寸大30-40埃的正方形”是有道理的，因为一般情况下你不希望蛋白质和其镜像有相互作用，膜大一点一般没什么问题，但是会加大计算量。measure minmax 给出的是各个方向的最小和最大坐标，对于规则的方盒子你可以理解为左下角和右上角，但对于蛋白质这种不规则形状就不是了。最大尺寸应该是x2-x1,y2-y1得到的值，你可以把蛋白质适当的转一转，让这两个值尽量小一点。你似乎把尺寸和坐标搞混了。 ”这是其他同学给的意见 这里的x2 x1,y2 y1是怎么的来的？？ [ Last edited by nufang19a on 2011-2-25 at 15:24 ] |
8楼2011-02-25 15:11:11
wally8962
木虫 (著名写手)
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 5366.7
- 红花: 2
- 帖子: 1062
- 在线: 471.1小时
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- 专业: 生物力学
2楼2011-02-23 14:44:28
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在vmd user guide中解释measure： minmax selection: Returns two vectors, the rst containing the minimum x, y, and z coor- dinates of all atoms in selection, and the second containing the corresponding maxima. 那么我使用vmd先加载没有加水的aqp1.psf aqp1.pdb 然后set sel [atomselect top all] measure minmix $sel 会得到【-38.243 17.022 16.185】【38.243 93.509 70.221】 有经验者说产生的膜矩形的边长应比蛋白质xy方向的最大尺寸大30-40埃的正方形。那么38.243 93.509是不是xy方向的最大尺寸呢？？ |
3楼2011-02-25 09:36:08
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