| 查看: 909 | 回复: 2 | |||
[交流]
【求助】去除的水分子为什么还在？？ 已有2人参与
|
|
在加水盒子: 加水盒子的过程： set sel [atomselect top all] measure minmax $sel solvate -t 3 -minmax {上一步的得到的值} -o solkcsa 然后source make_solv.tcl: set sol_infile solaqp1.pdb set aqp1_inbase aqp1 set outbase aqp1_solv_raw package require psfgen resetpsf readpsf solaqp1.psf coordpdb solaqp1.pdb readpsf ${aqp1_inbase}.psf coordpdb ${aqp1_inbase}.pdb writepdb ${outbase}.pdb writepsf ${outbase}.psf exit 然后执行remove_wat.tcl: mol load psf aqp1_solv_raw.psf pdb aqp1_solv_raw.pdb set all [atomselect top all] $all moveby [vecinvert [measure center $all]] display resetview set solv [atomselect top "segname SOLV"] $solv set beta 1 set seltext "segname SOLV and same residue as ((z < -20) or (z > 10))" set sel [atomselect top $seltext] $sel set beta 0 set badwater [atomselect top "name OH2 and beta > 0"] set seglist [$badwater get segid] set reslist [$badwater get resid] mol delete all package require psfgen resetpsf topology ../top_all27_prot_lipid.rtf readpsf aqp1_solv_raw.psf coordpdb aqp1_solv_raw.pdb foreach segid $seglist resid $reslist { delatom $segid $resid } writepdb aqp1_solv.pdb writepsf aqp1_solv.psf exit 使用vmd打开产生的 aqp1_solv.psf aqp1_solv.pdb 却发现去除的水分子还是存在的：  |
回复此楼» 猜你喜欢
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有7人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有7人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有5人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有7人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有6人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有7人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有8人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有10人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有9人回复
-
厉娜
已经有6人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 关于3个水分子的粗粒化
已经有13人回复
- autodock 4 对接中考虑水分子吗？
已经有4人回复
- 在word里面化学式带水分子个数前的那个点应该怎样打出来最正式？
已经有8人回复
- 晶体失去结构中的水分子后，粉末XRD会怎么变化？
已经有13人回复
- 【请教】请问游离的水分子可能无序吗？
已经有11人回复
- 【求助】游离水分子理论加氢的命令
已经有4人回复
- 【求助】我是做水分子模拟的这下子无语了
已经有14人回复
- 【请教】十二烷基硫磺酸钠（SDS）包覆疏水分子后粒径的问题
已经有7人回复
- 【求助】求配位水分子在红外光谱中的振动范围
已经有19人回复
- 【求助】关于晶体能级与水分子氧化还原电极电势的相对位置
已经有20人回复
wally8962
木虫 (著名写手)
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 5366.7
- 红花: 2
- 帖子: 1062
- 在线: 471.1小时
- 虫号: 600024
- 注册: 2008-09-12
- 性别: GG
- 专业: 生物力学
2楼2011-02-21 16:40:05
3楼2011-02-21 16:40:52
