| 查看: 626 | 回复: 6 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
【求助】选取the water molecules inside the channels to maintain the structural s 已有2人参与
|
|||
|
这是pdb文件（在附件中）： 在产生psf文件前，我不太清楚怎样选取通道中的水分子，我自己选了一下，大家看一下我选的对不对，期待大家的指点，先谢谢了： 之前我是利用替换矩阵的方法构建了一个四聚体为1YMG-all.pdb mol load pdb 1YMG-all.pdb foreach S { A B C D } { set seg [atomselect top "segname $S and chain A"] $seg writepdb seg$S.pdb $seg delete } foreach S { A B C D } { set wat [atomselect top "segname $S and resname HOH and resid 524 579 417 433 447 448 453 462 469 470 477 480 490 491 492 493 501 507 513 515 518 519 520 522 523 529 531 532 539 542 544 546 551 553 558 559 562 563 564 566 567 569 572 573 576 578 581"] $wat writepdb crystwat$S.pdb $wat delete } 或者： mol load pdb 1YMG-all.pdb foreach S { A B C D } { set seg [atomselect top "segname $S and chain A"] $seg writepdb seg$S.pdb $seg delete } foreach S { A B C D } { set wat [atomselect top "segname $S and resname HOH and within 12.14 of chain A"] $wat writepdb crystwat$S.pdb $wat delete } |
回复此楼» 猜你喜欢
313求调剂
已经有4人回复
-
311求调剂一志愿合肥工业大学
已经有6人回复
-
0703化学调剂，求导师收
已经有11人回复
-
284求调剂
已经有5人回复
-
求调剂
已经有4人回复
-
求调剂
已经有4人回复
-
总分322求生物学/生化与分子/生物信息学相关调剂
已经有7人回复
-
070300化学求调剂
已经有6人回复
-
070300一志愿211，312分求调剂院校
已经有7人回复
-
085600 295分求调剂
已经有10人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
6楼2011-02-16 15:01:25
qphll
金虫 (正式写手)
- 模拟EPI: 10
- 应助: 18 (小学生)
- 金币: 2708.7
- 散金: 2294
- 红花: 8
- 帖子: 554
- 在线: 227.1小时
- 虫号: 89654
- 注册: 2005-08-29
- 性别: GG
- 专业: 碳素材料与超硬材料
2楼2011-02-16 09:23:00
3楼2011-02-16 09:32:57
4楼2011-02-16 11:48:34
