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【求助】选取the water molecules inside the channels to maintain the structural s 已有2人参与
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这是pdb文件（在附件中）： 在产生psf文件前，我不太清楚怎样选取通道中的水分子，我自己选了一下，大家看一下我选的对不对，期待大家的指点，先谢谢了： 之前我是利用替换矩阵的方法构建了一个四聚体为1YMG-all.pdb mol load pdb 1YMG-all.pdb foreach S { A B C D } { set seg [atomselect top "segname $S and chain A"] $seg writepdb seg$S.pdb $seg delete } foreach S { A B C D } { set wat [atomselect top "segname $S and resname HOH and resid 524 579 417 433 447 448 453 462 469 470 477 480 490 491 492 493 501 507 513 515 518 519 520 522 523 529 531 532 539 542 544 546 551 553 558 559 562 563 564 566 567 569 572 573 576 578 581"] $wat writepdb crystwat$S.pdb $wat delete } 或者： mol load pdb 1YMG-all.pdb foreach S { A B C D } { set seg [atomselect top "segname $S and chain A"] $seg writepdb seg$S.pdb $seg delete } foreach S { A B C D } { set wat [atomselect top "segname $S and resname HOH and within 12.14 of chain A"] $wat writepdb crystwat$S.pdb $wat delete } |
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3楼2011-02-16 09:32:57
qphll
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2楼2011-02-16 09:23:00
4楼2011-02-16 11:48:34
5楼2011-02-16 12:35:13