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【求助】选取the water molecules inside the channels to maintain the structural s 已有2人参与
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这是pdb文件（在附件中）： 在产生psf文件前，我不太清楚怎样选取通道中的水分子，我自己选了一下，大家看一下我选的对不对，期待大家的指点，先谢谢了： 之前我是利用替换矩阵的方法构建了一个四聚体为1YMG-all.pdb mol load pdb 1YMG-all.pdb foreach S { A B C D } { set seg [atomselect top "segname $S and chain A"] $seg writepdb seg$S.pdb $seg delete } foreach S { A B C D } { set wat [atomselect top "segname $S and resname HOH and resid 524 579 417 433 447 448 453 462 469 470 477 480 490 491 492 493 501 507 513 515 518 519 520 522 523 529 531 532 539 542 544 546 551 553 558 559 562 563 564 566 567 569 572 573 576 578 581"] $wat writepdb crystwat$S.pdb $wat delete } 或者： mol load pdb 1YMG-all.pdb foreach S { A B C D } { set seg [atomselect top "segname $S and chain A"] $seg writepdb seg$S.pdb $seg delete } foreach S { A B C D } { set wat [atomselect top "segname $S and resname HOH and within 12.14 of chain A"] $wat writepdb crystwat$S.pdb $wat delete } |
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2楼2011-02-16 09:23:00
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4楼2011-02-16 11:48:34
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6楼2011-02-16 15:01:25
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zh1987hs(金币+5): 鼓励以上自己解决问题 2011-02-18 22:51:01
zh1987hs(金币+5): 鼓励以上自己解决问题 2011-02-18 22:51:01
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已解决，单独生成所需水的pdb文件和蛋白的pdb文件（因为没有金属离子等），然后合并这两个pdb文件即可。 生成所需水的pdb文件小脚本： mol load pdb 1YMG.pdb set model [atomselect top "water and (resid 411 or resid 415 or resid 455 or resid 426 or resid 407 or resid 426)"] $model writepdb wat.pdb exit |
7楼2011-02-16 15:03:48