| 查看: 3327 | 回复: 7 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
abin007银虫 (初入文坛)
|
[交流]
【讨论】分子模拟中力场参数的调节讨论 已有3人参与
|
||
|
经验力场在分子模拟中的重要性不用我多说了，但困惑我们的是，当我们的结构在现有力场中找不到参数时，或者是即使找到了力场参数，模拟结果并不准确，这时候调整立场参数成了不可避免的问题。 问题的复杂性在于，这么多的力场参数，从哪儿下手？怎么调整？而且有时候是牵一发而动全身啊。我最近涉及到了这一个问题，就我的经验跟大家交流交流，希望得到大家的响应。 就我的例子而言，如果想要修改二面角参数，首先第一步是取消二面角中1-4原子间的静电力和范德华力，可以这样比方：1-4原子间的非键力像是一个大小可变的盒子的尺寸，如果盒子里面的系统始终小于盒子，那么该盒子大小的变化不会带来多大的系统变化；一旦盒子里面的系统要主动变大时（就像我们调整二面角的参数时），这时该盒子的尺寸就会发挥较明显的限制作用了。因此，如果我们希望调整二面角的力场参数并能看到明显地效果时，应该取消1-4原子间的非键力。不知我这个比喻是否恰当。 接下来，我的办法就比较笨了，逐一调整二面角的力参数，来比较最终结果，有时候会添加或删除一些二面角参数。我的原则是，二面角的个数从少到多，不要刚开始就一股脑儿地把所有的二面角都用上。 以上就是我跟大家分享的浅薄经验，希望能跟大家继续交流这个话题。 |
回复此楼» 猜你喜欢
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有5人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急
已经有3人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急
已经有3人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有6人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有4人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- AutoDock参数设置问题
已经有6人回复
- 【500金币本版活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”
已经有82人回复
- 【讨论】蛋白质上的非正常氨基酸残基参数如何确定
已经有3人回复
- 【讨论】请教大家几个问题，一直理解不透
已经有4人回复
- 【讨论】分子模拟与工作
已经有7人回复
- 【专家会诊】bay 讨论namd,gmx处理水溶液,蛋白等MD 模拟;讨论水及水通道
已经有50人回复
- 【小卒个人文集】写给初学者:小议形式电荷对量化初学者的误导
已经有27人回复
- 【讨论】Tersoff potential 的参数怎么用Gulp实现
已经有6人回复
- 【求助】MS-sorption中力场编辑的一个基础问题
已经有8人回复
- 【求助】请问有拟合分子力场参数的FORTRAN程序吗？
已经有13人回复
- 【讨论】铜和水之间的LJ势函数的参数是多少？
已经有19人回复
abin007
银虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 967.8
- 散金: 3
- 帖子: 42
- 在线: 614.1小时
- 虫号: 493268
- 注册: 2008-01-10
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
8楼2011-02-17 00:47:12
043114076
木虫 (正式写手)
- 应助: 49 (小学生)
- 金币: 3364.9
- 散金: 52
- 红花: 23
- 帖子: 788
- 在线: 369.5小时
- 虫号: 570592
- 注册: 2008-06-07
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
2楼2011-02-14 10:26:04
abin007
银虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 967.8
- 散金: 3
- 帖子: 42
- 在线: 614.1小时
- 虫号: 493268
- 注册: 2008-01-10
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+4): 谢谢 2011-02-18 22:53:52
zh1987hs(金币+4): 谢谢 2011-02-18 22:53:52
|
谢谢回复，是的，这可能跟我用的软件有关，在NAMD中使用charmm力场时，是可以调节1-4原子间的非键力的，比如说对1-4原子间的静电力的调节，可以设定一个0-1之间的标定参数，我就是在设定这个标定参数和调节二面角的力场参数上卡壳了，我刚开始使用的标定参数为1，就是完全考虑静电力，在这样的状况下怎么调节二面角的力场参数都不能达到理想值，当我取消1-4原子间的所有非键力时，发现结构对二面角力场参数的响应变得比较明显了。当找到最佳的力场参数时，再加上1-4原子间的非键力，结构依然保持较好。我上述的盒子的比喻不太成熟，大家不用在意也罢。 |
3楼2011-02-14 21:40:25
043114076
木虫 (正式写手)
- 应助: 49 (小学生)
- 金币: 3364.9
- 散金: 52
- 红花: 23
- 帖子: 788
- 在线: 369.5小时
- 虫号: 570592
- 注册: 2008-06-07
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
4楼2011-02-15 09:21:12
投票:
