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abin007银虫 (初入文坛)
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[交流]
【讨论】分子模拟中力场参数的调节讨论 已有3人参与
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经验力场在分子模拟中的重要性不用我多说了，但困惑我们的是，当我们的结构在现有力场中找不到参数时，或者是即使找到了力场参数，模拟结果并不准确，这时候调整立场参数成了不可避免的问题。 问题的复杂性在于，这么多的力场参数，从哪儿下手？怎么调整？而且有时候是牵一发而动全身啊。我最近涉及到了这一个问题，就我的经验跟大家交流交流，希望得到大家的响应。 就我的例子而言，如果想要修改二面角参数，首先第一步是取消二面角中1-4原子间的静电力和范德华力，可以这样比方：1-4原子间的非键力像是一个大小可变的盒子的尺寸，如果盒子里面的系统始终小于盒子，那么该盒子大小的变化不会带来多大的系统变化；一旦盒子里面的系统要主动变大时（就像我们调整二面角的参数时），这时该盒子的尺寸就会发挥较明显的限制作用了。因此，如果我们希望调整二面角的力场参数并能看到明显地效果时，应该取消1-4原子间的非键力。不知我这个比喻是否恰当。 接下来，我的办法就比较笨了，逐一调整二面角的力参数，来比较最终结果，有时候会添加或删除一些二面角参数。我的原则是，二面角的个数从少到多，不要刚开始就一股脑儿地把所有的二面角都用上。 以上就是我跟大家分享的浅薄经验，希望能跟大家继续交流这个话题。 |
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043114076
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4楼2011-02-15 09:21:12
043114076
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2楼2011-02-14 10:26:04
abin007
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zh1987hs(金币+4): 谢谢 2011-02-18 22:53:52
zh1987hs(金币+4): 谢谢 2011-02-18 22:53:52
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谢谢回复，是的，这可能跟我用的软件有关，在NAMD中使用charmm力场时，是可以调节1-4原子间的非键力的，比如说对1-4原子间的静电力的调节，可以设定一个0-1之间的标定参数，我就是在设定这个标定参数和调节二面角的力场参数上卡壳了，我刚开始使用的标定参数为1，就是完全考虑静电力，在这样的状况下怎么调节二面角的力场参数都不能达到理想值，当我取消1-4原子间的所有非键力时，发现结构对二面角力场参数的响应变得比较明显了。当找到最佳的力场参数时，再加上1-4原子间的非键力，结构依然保持较好。我上述的盒子的比喻不太成熟，大家不用在意也罢。 |
3楼2011-02-14 21:40:25
xiaowu759
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200