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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » CIF专栏 » 【求助】投稿回信中的单晶结构问题？？？急！！
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cjlcjl8592

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】投稿回信中的单晶结构问题？？？急！！

我的投稿回信中的三个晶体学问题，希望知道的朋友告之，谢谢。急！！！

1) For Complex 1, the esd of the c cell parameter is given as (0)!
为什么the esd of the c cell parameter会是（0）？为什么？
应该如何处理？？   如何答复审稿人？？  谢谢。

2) In complex 2, it is apparent from the CIF that some disorder of N3/C3 has been modelled; however, this has been done incorrectly leading to a non integer formula (C80.58 H68 Cl6 Cu2 N5.42 O8 P4). This should be corrected in the refinement and a revised CIF submitted to CCDC. The disorder and its treatment should be briefly mentioned in the experimental.
这个问题最好应该如何处理？？
我最开始是采用N3+C3的总的占有率为1，现在我改为N3为0.5，C3也为0.5，chemical formula(C81 H68 Cl6 Cu2 N5 O8 P4)应该没有问题了。但应该如何回答这个问题，以及如何在the experimental 进行描述。谢谢。

3) A small point - but, the absorption correction stated in the manuscript is SADABS, the reference given in the CIF is for SORTAV - which one is correct.
这个问题应该如何修改和答复？
我现在将the reference given in the CIF is for SORTAV changing into SADABS, 不知道是否可行。谢谢！但应该如何回答。

[ Last edited by cjlcjl8592 on 2011-2-9 at 10:54 ]
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1楼2011-02-09 10:53:13
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454106649

木虫 (著名写手)

·

★
cjlcjl8592(金币+1):谢谢参与
cjlcjl8592(金币+10): 感谢兄弟的帮助。 2011-02-09 12:07:18
第一个好像是晶胞参数没有误差吧！到原始的INS文件找找看有没有，复制过去，或者重新xprep，再不行就是数据本身的问题了！找个牛人看看能不能乱写一个（不提倡）。
第二个是无序裂分没做好，改完就好了！
第三个没遇见过，好像就是要你统一说法吧！
改完回人家说，你已经认真改正了错误，新的文件发过去就好了吧！
以上均小硕个人意见，欢迎批评指正！！！
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2楼2011-02-09 11:12:51
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guosuyi

金虫 (小有名气)
★
cjlcjl8592(金币+1):谢谢参与
路过，学习
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3楼2011-02-09 11:20:21
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freelemon

木虫 (著名写手)
★
cjlcjl8592(金币+1):谢谢参与
学习学习，很高深啊
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4楼2011-02-09 11:25:34
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tangbohejin

木虫之王 (文学泰斗)
★
cjlcjl8592(金币+1):谢谢参与
学习学习---
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5楼2011-02-09 11:26:43
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cjlcjl8592

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 454106649 at 2011-02-09 11:12:51:
第一个好像是晶胞参数没有误差吧！到原始的INS文件找找看有没有，复制过去，或者重新xprep，再不行就是数据本身的问题了！找个牛人看看能不能乱写一个（不提倡）。
第二个是无序裂分没做好，改完就好了！
第三个 ...

最原始的ins文件如下：
TITL shelxl in P-1   
CELL 0.71073   9.3730  11.9931  13.4768  72.546  76.044  81.717
ZERR    8.00   0.0003   0.0005   0.0000   0.009   0.009   0.009
LATT  1
SFAC C H N O P CL CU I
UNIT 8 8 8 8 8 8 8 8
TREF
HKLF 4
END

假如是数据本身的问题要怎么办？？
找个牛人看看能不能乱写一个（我也不提倡，这是篡改数据）。

原始的p4p文件如下：
FILEID  Cell Parameters from crystalclear
SITEID
TITLE   Cell Parameters
CHEM  ?
CELL      9.3730   11.9931   13.4768   72.5458   76.0444   81.7171   1398.319
CELLSD     .0003     .0005     .0000     .0089     .0088     .0087

原始的crystalclear.cif文件部分数据如下：
#-----------------------------------------------------------
_cell_length_a                           9.3730(3)
_cell_length_b                           11.9931(5)
_cell_length_c                           13.4768(0)
_cell_angle_alpha                        72.5458(89)
_cell_angle_beta                         76.0444(88)
_cell_angle_gamma                        81.7171(87)
_cell_volume                             1398.3192(0)
_cell_formula_units_Z                   2
_cell_measurement_temperature           293.1500
_cell_measurement_reflns_used           2729
_cell_measurement_theta_min             2.0529
_cell_measurement_theta_max             27.4642
_symmetry_space_group_name_H-M          'P1'
#-----------------------------------------------------------

[ Last edited by cjlcjl8592 on 2011-2-9 at 12:31 ]
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6楼2011-02-09 12:22:45
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454106649

木虫 (著名写手)
cjlcjl8592(金币+5): 谢谢！ 2011-02-09 12:53:29
引用回帖:
Originally posted by cjlcjl8592 at 2011-02-09 12:22:45:



最原始的ins文件如下：
TITL shelxl in P-1   
CELL 0.71073   9.3730  11.9931  13.4768  72.546  76.044  81.717
ZERR    8.00   0.0003   0.0005   0.0000   0.009   0.009   0.009
LATT  1
SFAC C ...

我经验比较浅，没什么好方法！你可以重新吸收校正试试，问问收数据的老师吧，看看好不好解释一下！实在不行只能重新培养，重收数据了！
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7楼2011-02-09 12:50:11
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cluster8676

至尊木虫 (著名写手)
★
cjlcjl8592(金币+1):谢谢参与
1. 你这个在check晶体的时候也是没有误差的么？问一下收晶体的老师，看看在smart上面显示的有没有误差。
2. 这个应该是N和C的无序，一般情况下是不要改为0.5 0.5 的，应该精修一下，每一个原子在这两个位置上的占有率不一定是50-50.
3. 应该是你做cif文件的时候用的reference的文件里面给的是SORTAV但是实际上你用的是SADABS，
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8楼2011-02-09 13:39:03
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qianbh

至尊木虫 (著名写手)
学习一下！
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9楼2011-02-09 14:30:37
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yunruirui

荣誉版主 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
其他两个如二楼所说，第三个就是你给的参考和实际用的吸收矫正程序用的不一致
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10楼2011-02-09 14:46:01
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cjlcjl8592

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by cluster8676 at 2011-02-09 13:39:03:
1. 你这个在check晶体的时候也是没有误差的么？问一下收晶体的老师，看看在smart上面显示的有没有误差。
2. 这个应该是N和C的无序，一般情况下是不要改为0.5 0.5 的，应该精修一下，每一个原子在这两个位置上的占 ...

谢谢！
1. 晶体收了很久了，我不知道收晶体的老师还有没有原始数据，并且是否记得。晶体结构是自己解析的，在传给我的原始晶体数据里能否找到这样的原始数据呀？
2. N和C的无序的，投稿时cif文件中采用的占有率不是固定的，是精修后得到的，因此出现化学式不是整数的情况(C80.58 H68 Cl6 Cu2 N5.42 O8 P4) ，与实际的化学式不符合（我一个朋友帮我的精修的）.
现在没办法，我只好将N和C的占有率固定，分别设定为0.5，现在我发现化学式是整数了(C81 H68 Cl6 Cu2 N5 O8 P4)，与真正的化学式也符合，但我却不知道这样做是否可行？？？
3、我做cif文件的时候用的reference的文件里面给的是SORTAV，但实际上我用的是SADABS。我现在只要将reference的文件里面给的是SORTAV改为SADABS，并说明一下就可以了？？？
麻烦兄弟了。
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11楼2011-02-09 18:09:21
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cluster8676

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
1. 如果你有原始数据的话，找一下有没有ini文件，smart可以读ini文件。
2. 在做无序处理的时候，如果无序做的对的话，你的化学式是不应该出现小数的。不建议限定占有率。你可以把你的ins文件关于无序部分发上来看看。
3. 你那样该应该没有问题。
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12楼2011-02-10 02:47:08
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